生物分子网络的构建和分析

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页数:285
译者:
出版时间:2012-6
价格:68.00元
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isbn号码:9787030344489
丛书系列:非线性动力学丛书
图书标签:
  • 生物
  • 复杂网络
  • 论文在即
  • 生物信息
  • 动力系统
  • 生物网络
  • 系统生物学
  • 生物信息学
  • 网络分析
  • 分子生物学
  • 蛋白质组学
  • 基因组学
  • 调控网络
  • 复杂网络
  • 计算生物学
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具体描述

《非线性动力学丛书:生物分子网络的构建和分析》是一门新兴的学科。它以系统的观点看待生物系统,把生物系统作为一个多尺度的动态的复杂系统。因而在研究中除了正常的生物学知识外,还需要图论(网络)、控制论以及动力系统理论。此书结合生物问题,介绍了与系统生物学有关的各种所需知识。

《生命之网:解码遗传密码的奥秘》 在浩瀚的生命宇宙中,每一个细胞都如同一个精密运转的微型工厂,而其背后驱动这一切的,是一张张看不见的、错综复杂的网络——生命网络。这本书,并非为您揭示如何描绘一张张生物分子图谱,也并非深入探讨复杂的网络构建算法或高级数据分析技术。相反,它将带您踏上一段探索生命最基本运作原理的旅程,从一个全新的视角去理解生命的本质。 我们将从最微观的层面切入,触碰构成生命基础的基石——DNA。您将了解到,这段长长的遗传密码并非孤立存在,它与无数蛋白质、RNA分子相互作用,共同编织出一幅幅动态的生命画卷。这本书不会教您如何手动绘制复杂的蛋白质相互作用网络图,也不会深入讲解构建这些网络的具体软件或数据库。然而,它会生动地描绘出这些分子是如何通过“对话”来完成细胞的各项工作。想象一下,DNA像一本古老的藏书,而蛋白质则是勤恳的图书管理员,它们根据指令(信号)找到需要的章节(基因),然后将信息传递出去,指导细胞生产特定的“工具”(功能蛋白)。 我们还将深入探究这些分子在细胞内的“社交生活”。细胞中并非只有少数几个分子在工作,而是成千上万种分子同时存在,它们彼此识别,相互协作,形成一个庞大而有序的系统。您会惊叹于细胞如何巧妙地组织这些活动,确保信息准确无误地传递,以及细胞如何应对外界环境的变化。本书将通过形象的比喻和引人入胜的故事,让您理解这些分子如何形成“团队”,协同完成从能量生产到物质合成,再到信号传递等一系列至关重要的生命过程。例如,我们将描述一个“信号传递链”,如同多米诺骨牌效应,一个分子的激活会引发一系列后续分子的连锁反应,最终将外界的信息传递到细胞核,指导基因的表达。 更重要的是,这本书将引导您思考,当这些精密的网络出现“故障”时,会发生什么?许多疾病,从癌症到神经退行性疾病,其根源往往在于这些生命网络的失调或崩溃。我们将不涉及具体的网络分析方法,而是通过讲述科学家们如何通过观察和实验,一点点揭示这些网络失调的原因,以及如何寻找修复这些“生命丝线”的方法。例如,我们会讲述一个关于某个关键蛋白质发生突变,导致整个信号通路异常激活,最终引发细胞不受控制生长的故事。 《生命之网:解码遗传密码的奥秘》旨在为您打开一扇认识生命运作规律的大门。它不提供操作指南,也不教授技术细节,而是通过富有启发性的文字,让您对生命系统产生深刻的敬畏和好奇。如果您曾对细胞如何工作感到好奇,对生命如何生生不息感到惊叹,那么这本书将是您探索生命奥秘的最佳伴侣。它将帮助您理解,那些在实验室里被研究的分子,它们之间并非孤立存在,而是构成了一个动态、互联、充满智慧的生命之网,支撑着地球上所有生命的运转。通过阅读本书,您将不再仅仅看到一个个独立的细胞或分子,而是能够“看见”那个无形的、却又无比强大的生命网络。

作者简介

目录信息

读后感

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用户评价

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当我看到《生物分子网络的构建和分析》这本书的书名时,我立刻联想到了我近几年来在基因组学和系统生物学交叉领域的研究经历。作为一名对生命现象的复杂性充满好奇的研究员,我深切体会到,孤立地研究单个基因或蛋白质难以全面揭示生命活动的奥秘。生物分子网络提供了一个强大的框架,能够将这些分散的分子单元整合起来,形成一个动态、相互作用的整体。我期待这本书能够提供一个系统性的视角,深入讲解如何从海量的组学数据中提取有用的信息,并构建出不同类型的生物分子网络,例如基因调控网络、蛋白质相互作用网络、代谢网络等。我尤其关注书中对于网络构建算法的详尽介绍,包括其数学原理、实现细节以及在不同场景下的适用性。更重要的是,我希望这本书能够详细阐述如何利用构建好的网络来进行深入的分析,例如识别网络中的关键调控节点、发现功能性的网络模块、预测基因或蛋白质的功能、以及揭示疾病的发生机制。如果书中能包含一些关于网络与机器学习的融合应用,或者关于动态网络分析、多层网络分析的前沿技术,那将极大地拓宽我的研究视野。一本优秀的教材,应该能够引领读者不仅掌握构建和分析的技能,更能培养其从网络视角思考生物学问题的能力。

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当我在书店看到《生物分子网络的构建和分析》这本书时,我的脑海里立刻浮现出过去几年在生物信息学研究中遇到的种种挑战。我是一名自由职业的数据科学家,经常与生物学家合作,帮助他们处理和分析庞大的生物学数据集。然而,生物数据的复杂性和高维度性常常让我感到力不从心,尤其是在试图从这些数据中构建出能够解释生物学现象的网络模型时。我非常期待这本书能够为我提供一套系统性的解决方案。我希望它能够详细介绍构建生物分子网络的各种方法,从基础的共表达网络到更复杂的相互作用网络,并解释每种方法的优缺点以及适用场景。更重要的是,我希望能看到关于如何选择合适的网络分析算法来提取有意义的信息,例如如何识别网络中的关键驱动因素,如何发现与特定表型相关的网络模块,以及如何利用网络信息来预测基因功能或蛋白质功能。我还需要了解如何处理数据中的不确定性和缺失值,以及如何对构建的网络进行有效的验证。这本书如果能够提供清晰的算法解释,并附带一些可执行的代码示例或伪代码,那将极大地方便我将这些知识应用到实际的项目中。

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这本书的标题《生物分子网络的构建和分析》确实勾起了我极大的兴趣。我是一名对生命科学领域前沿研究充满好奇的在读研究生,尤其关注计算生物学和系统生物学的发展。一直以来,我都在尝试理解如何将看似杂乱无章的生物分子数据整合成有意义的网络模型,以及这些模型又能为我们揭示哪些深层次的生命活动规律。市面上关于生物信息学的书籍并不少,但很多都过于侧重于某一种特定的技术或算法,或者停留在概念的介绍层面,缺乏将构建方法和分析工具融会贯通的系统性指导。我希望找到一本能够从基础概念讲起,循序渐进地介绍各种网络构建策略(例如基于实验数据、同源性比对、文献挖掘等),并详细阐述如何利用这些构建好的网络来进行功能预测、通路分析、疾病关联研究,甚至药物研发等方面的深入探讨。一本好的教材应该能够引导读者理解不同类型生物分子网络(如蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因调控网络、代谢网络等)的特点和适用场景,并提供清晰的实施步骤和案例分析。更重要的是,它应该能够培养读者独立思考和解决问题的能力,让他们在面对新的生物学问题时,能够主动运用网络科学的思维和工具去探索。我期待这本书能成为我学术道路上的得力助手,帮助我更好地理解和应用生物分子网络这一强大的研究范式。

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我是一名对计算生物学领域充满热情的业余爱好者,一直在努力学习如何将我的编程技能应用于生物学问题。 《生物分子网络的构建和分析》这本书的书名,正是我想深入了解的核心内容。我过去接触过一些生物信息学的入门书籍,但往往感觉过于理论化,或者缺乏将各种工具和方法整合起来的实践指导。我非常期待这本书能够从最基础的概念讲起,用通俗易懂的语言解释什么是生物分子网络,它为什么重要,以及我们可以从中获得什么样的信息。我希望能学习到如何从各种公开数据库中获取构建网络所需的数据,例如基因表达数据、蛋白质相互作用数据、代谢物数据等,并掌握一些基本的数据处理和可视化技术。更重要的是,我希望这本书能够详细介绍构建不同类型生物分子网络的常用方法和算法,并提供一些实用的代码示例,让我能够动手实践。对于网络分析部分,我希望能够理解一些基本的分析指标,比如节点的度、介数中心性、紧密度中心性等,并了解如何利用这些指标来解读网络。如果书中还能介绍一些常见的网络分析软件或库,并演示如何使用它们进行分析,那将极大地提高我的学习效率。

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从一名生物学实验室的博后研究员的视角来看,《生物分子网络的构建和分析》这个书名听起来就像是打开通往更深层次生命理解大门的钥匙。我一直以来都在实验室中进行基础的分子生物学实验,但越来越觉得,仅仅停留在对单个基因或蛋白质功能的探索上,难以全面把握细胞和机体运作的精妙之处。生物分子网络的概念对我来说极具吸引力,它提供了一个宏观的视角来审视生命系统。我迫切希望这本书能够指导我如何将实验室产生的实验数据(例如,大规模的蛋白质印迹、质谱数据、RNA-seq数据等)转化为生物分子网络。我特别关注书中对于不同网络构建策略的详尽介绍,比如如何利用已知相互作用数据库,如何从文献中提取信息,以及如何利用实验数据进行网络推断。同时,我也渴望学习如何对这些构建好的网络进行深入的分析,例如如何识别网络中的核心调控因子,如何分析网络模块的功能,以及如何预测基因或蛋白质在网络中的作用。一本优秀的教材应该能够教会我如何可视化复杂的网络,以及如何用严谨的统计方法来解释分析结果。更重要的是,我期待这本书能够启发我思考,如何将网络分析的结果应用到我的实验设计中,从而提出更具创新性和前瞻性的研究问题。

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这本书的书名《生物分子网络的构建和分析》恰好是我近年来研究的重点方向,让我眼前一亮。作为一名在学术界专注于系统生物学和计算生物学领域的研究者,我一直在寻找一本能够系统性地梳理和整合生物分子网络构建与分析这一复杂领域知识的书籍。我希望它能够覆盖从基础理论到高级应用的各个层面。具体来说,我期待书中能够详细介绍当前主流的生物分子网络构建方法,包括但不限于基于蛋白质-蛋白质相互作用、基因调控、代谢通路、信号传导等多种类型的网络,并深入讨论不同方法所依赖的数据类型、算法原理、优势劣势以及适用范围。此外,我非常关注书中对于网络分析部分的阐述。我希望它能够涵盖各种常用的网络分析工具和技术,例如图论算法在生物网络分析中的应用,如何进行网络可视化和探索,如何识别网络中的关键节点和模块,如何进行网络功能预测,以及如何利用网络分析来理解疾病机制和发现药物靶点。如果书中还能包含一些关于动态网络分析、多层网络分析、以及网络与机器学习方法结合的研究范例,那将是锦上添花。一本真正优秀的教材,应该能够引领读者从“如何做”到“为什么这么做”,并最终激发读者在这一领域进行创新性研究。

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作为一名在生物制药公司从事早期研发工作的科学家具备一定基础的生物信息学知识,我认为《生物分子网络的构建和分析》这本书的书名非常具有吸引力。在药物发现的过程中,我们面临着海量的多组学数据,如何从中提炼出与疾病相关的分子机制,并识别潜在的药物靶点,是持续的挑战。我一直认为,将这些分散的分子信息整合到一个相互关联的网络中进行分析,是理解复杂生物系统和加速药物研发的关键。我希望这本书能够提供一个全面的视角,系统地介绍生物分子网络的构建策略,包括如何整合不同类型的数据(如基因组学、转录组学、蛋白质组学、表观遗传学等),以及如何应用各种算法来推断网络结构。在网络分析方面,我期待书中能够深入探讨如何利用网络分析来揭示疾病的分子基础,例如识别疾病的关键驱动基因或通路,预测药物在网络中的作用,以及发现新的药物靶点。我特别关注书中是否能提供一些关于如何评估网络质量、如何处理网络中的不确定性、以及如何将网络分析结果与药物研发流程相结合的实用建议。如果书中能包含一些实际的案例研究,展示如何将生物分子网络应用于具体的药物发现项目,那将非常有价值。

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我是一名生物医学工程的本科生,即将进入研究生阶段的学习,并对系统生物学这一新兴领域产生了浓厚的兴趣。 《生物分子网络的构建和分析》这本书的标题,正是我目前最想深入了解的核心主题。我希望这本书能够为我打下坚实的基础,让我理解生物分子网络的基本概念,例如节点、边、网络拓扑结构等。我希望它能详细介绍构建不同类型生物分子网络的理论基础和常用方法,比如如何从实验数据(如基因表达谱、蛋白质互作数据)中提取信息,如何利用同源性、共表达等信息构建网络,以及如何利用机器学习方法来预测网络连接。在网络分析部分,我期待能够学习到如何运用图论的知识来分析网络,例如如何计算各种中心性指标,如何识别网络中的模块和社区,以及如何进行网络的功能富集分析。我希望这本书能够提供清晰的算法解释和数学推导,让我能够理解其背后的原理。此外,我希望能看到一些实际的生物学案例,展示如何将这些网络构建和分析的方法应用于解决具体的生物学问题,例如理解疾病的发生机制、发现新的生物标志物等。

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作为一个长期从事生物医学研究的博士后,我一直在寻求能够深化我对复杂生物系统理解的工具和理论框架。《生物分子网络的构建和分析》这个书名,听起来就直击要害,正是我目前迫切需要学习和掌握的领域。我曾经在论文撰写和项目申报中多次遇到需要解释分子层面相互作用的难题,往往只能零散地引用一些文献中的通路图,而缺乏一个系统性的网络构建和分析的视角。这本书如果能够清晰地阐述构建不同类型生物分子网络的理论基础,比如为什么选择某种数据源,如何处理数据中的噪音和偏差,以及各种算法在网络构建中的优势和局限性,那将非常有价值。更令人期待的是,它能否详细介绍如何利用构建好的网络进行多维度的分析,例如识别关键节点(hub genes/proteins)、发现功能模块(modules)、预测潜在的相互作用、评估网络对扰动的响应等。我尤其希望书中能够包含一些实际案例,展示如何将这些分析结果与具体的生物学问题(如癌症发生机制、药物靶点发现、疾病诊断生物标志物筛选等)联系起来,并给出可操作性的指导。一本优秀的教材不仅应该传授知识,更应该激发读者的创新思维,帮助他们建立起一套严谨的科学研究方法论,在浩瀚的生物分子数据中发现规律,提出新的科学假设。

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我对《生物分子网络的构建和分析》这本书的标题感到非常兴奋,因为它触及了我对生命科学最感兴趣的交叉学科领域。我是一位在制药公司从事药物研发的资深研究员,深知理解疾病发生发展过程中的分子机制至关重要。传统的单基因或单通路研究虽然有其价值,但在面对复杂疾病时往往显得力不从心。我越来越认识到,将大量的基因、蛋白质、代谢物等分子视为一个相互关联的网络,是理解生命系统整体行为的必经之路。我希望这本书能提供一个全面的指南,不仅介绍如何从海量组学数据(如基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学)中提取信息,构建出具有生物学意义的分子网络,还能深入讲解各种分析工具和算法(如网络可视化、中心性分析、社区检测、功能富集分析等)的原理和应用。我特别关注书中是否能提供如何评估网络质量、如何处理网络中的异质性数据、以及如何将不同来源的网络进行整合(network integration)等关键技术。此外,我期待书中能展示如何利用构建和分析的生物分子网络来发现新的药物靶点,预测药物的疗效和毒性,甚至指导药物联合治疗方案的设计。如果这本书能够提供一些实际的应用案例,并对未来生物分子网络研究的发展趋势有所展望,那将更令我欣喜。

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