Understanding Molecular Simulation pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026
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具体描述
Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications explains the physics behind the "recipes" of molecular simulation for materials science. Computer simulators are continuously confronted with questions concerning the choice of a particular technique for a given application. A wide variety of tools exist, so the choice of technique requires a good understanding of the basic principles. More importantly, such understanding may greatly improve the efficiency of a simulation program. The implementation of simulation methods is illustrated in pseudocodes and their practical use in the case studies used in the text.
Since the first edition only five years ago, the simulation world has changed significantly -- current techniques have matured and new ones have appeared. This new edition deals with these new developments; in particular, there are sections on:
· Transition path sampling and diffusive barrier crossing to simulaterare events
· Dissipative particle dynamic as a course-grained simulation technique
· Novel schemes to compute the long-ranged forces
· Hamiltonian and non-Hamiltonian dynamics in the context constant-temperature and constant-pressure molecular dynamics simulations
· Multiple-time step algorithms as an alternative for constraints
· Defects in solids
· The pruned-enriched Rosenbluth sampling, recoil-growth, and concerted rotations for complex molecules
· Parallel tempering for glassy Hamiltonians
Examples are included that highlight current applications and the codes of case studies are available on the World Wide Web. Several new examples have been added since the first edition to illustrate recent applications. Questions are included in this new edition. No prior knowledge of computer simulation is assumed.
作者简介
目录信息
读后感
因为不知道译者自己是否从事分子动力学的工作。我想有可能不是，或者不是第一线的科研工作者。 这本书的问题在于，包括原版 1. 涵盖的内容过多，以至于每一点都不甚详尽。这与 Computer Simulation of Liquids 无法比拟 2. 我个人认为计算方法的书籍尽可能少一些程序的介绍...
评分因为不知道译者自己是否从事分子动力学的工作。我想有可能不是，或者不是第一线的科研工作者。 这本书的问题在于，包括原版 1. 涵盖的内容过多，以至于每一点都不甚详尽。这与 Computer Simulation of Liquids 无法比拟 2. 我个人认为计算方法的书籍尽可能少一些程序的介绍...
评分因为不知道译者自己是否从事分子动力学的工作。我想有可能不是，或者不是第一线的科研工作者。 这本书的问题在于，包括原版 1. 涵盖的内容过多，以至于每一点都不甚详尽。这与 Computer Simulation of Liquids 无法比拟 2. 我个人认为计算方法的书籍尽可能少一些程序的介绍...
评分因为不知道译者自己是否从事分子动力学的工作。我想有可能不是，或者不是第一线的科研工作者。 这本书的问题在于，包括原版 1. 涵盖的内容过多，以至于每一点都不甚详尽。这与 Computer Simulation of Liquids 无法比拟 2. 我个人认为计算方法的书籍尽可能少一些程序的介绍...
评分因为不知道译者自己是否从事分子动力学的工作。我想有可能不是，或者不是第一线的科研工作者。 这本书的问题在于，包括原版 1. 涵盖的内容过多，以至于每一点都不甚详尽。这与 Computer Simulation of Liquids 无法比拟 2. 我个人认为计算方法的书籍尽可能少一些程序的介绍...
用户评价
关于软件和实践工具的应用层面，这本书的处理方式可以说是独树一帜。很多教材在提到软件时，往往只是简单地列举出软件名称，然后让读者自己去摸索庞大的用户手册。但这本书不同，它似乎真的站在一个渴望上手的实践者的角度来编写。它对几种主流模拟软件包的底层工作流程进行了深入浅出的剖析，重点不是教你敲下一行特定的命令，而是让你明白为什么需要输入这个参数，以及该参数的改变会对模拟结果产生何种物理影响。例如，在讨论蒙特卡洛方法时，书中详细对比了不同采样算法的效率和适用场景，并给出了如何根据实际体系（比如晶体结构优化与溶液构象搜索）来选择最佳策略的实用建议。这种“知其所以然”的教学深度，远超出了普通操作指南的范畴，它培养的是一种批判性的使用工具的思维，而不是机械性的指令复述能力。对于希望将理论知识快速转化为有效模拟结果的研究人员来说，这部分内容具有极高的实战价值。
评分这本书的学术视野非常开阔，它成功地将基础的分子动力学与前沿的研究热点巧妙地编织在一起。在讨论到经典力场（如MM3/AMBER）的局限性后，它立刻无缝衔接到如何通过半经验方法或从头算（DFT）结果来修正和发展新的力场参数，清晰地展示了理论化学在解决实际工程问题中的作用。我关注的领域是生物物理，书中关于溶剂化能和蛋白质折叠动力学的案例分析，引用了最新的研究成果，而不是停留在几十年前的经典模型中。这种与时俱进的编辑策略，确保了这本书不会因为时间流逝而贬值，它更像是一个动态的知识平台，指引着读者去追踪该领域最新的进展。它没有满足于介绍“已知”的知识，而是更着重于展示“正在发生”的研究前沿，这极大地激发了我继续深入探索的动力，让我感觉自己手握的不仅仅是一本书，而是一张通往未来研究方向的路线图。
评分从一个资深研究人员的角度来看，这本书的价值在于它对“误差分析与收敛性判断”的详尽讨论。在任何分子模拟工作中，结果的可靠性永远是核心问题。这本书在这方面表现出了令人敬佩的审慎态度。它花费了大量篇幅来探讨如何识别和量化不同误差来源——无论是截断误差、采样不足还是力场本身的局限性。书中对“足够长”的模拟时间、适当的统计平均方法，以及如何通过不同的路径依赖性测试来验证结果稳健性的论述，都极其到位。我尤其欣赏它没有将收敛性判断简单地归结为某个能量波动的阈值，而是强调了物理意义上的自洽性检查。它像是一位老到的科学家在耳边提醒你：“别只看数字，要看你的模拟是否真正反映了自然界的规律。” 这种对科学严谨性的不懈追求，使得这本书不仅适合初学者建立基础，更适合资深用户进行方法论上的反思和校验。
评分这本书的装帧设计简直是一场视觉盛宴。封面那种深邃的蓝色调，配上分子结构图的线条勾勒，立刻就给人一种严谨而又充满探索欲的感觉。拿在手上，纸张的质感也极其考究，不是那种廉价的、摸起来粗糙的纸，而是略带哑光、手感温润的道林纸，感觉作者和出版社对这本书的物理呈现倾注了极大的心血。内页的排版布局也做得非常人性化，章节之间的过渡流畅自然，图表和公式的印刷清晰度极高，即便是最复杂的量子化学图示，也能一眼看出细节。我特别欣赏它在细节上的处理，比如书脊的装订非常牢固，即使经常翻阅也不会轻易散页，这对于一本需要反复查阅的专业书籍来说至关重要。整体而言，这本书的“阅读体验”首先就超越了普通的教科书范畴，更像是一件值得收藏的工艺品，光是放在书架上，那种沉甸甸的专业感和美感，都能让人在心情低落时感到一丝慰藉。我对这种将学术严谨性与艺术审美完美结合的设计理念深表赞赏，它极大地提升了阅读的愉悦度和持久性。
评分我曾尝试阅读过几本关于计算化学的入门读物，但它们往往陷于过于宏观的理论介绍，或者跳跃到高度专业的编程实现，让人在理论和实践之间感到巨大的鸿沟。然而，这本书的叙事方式极其精妙地跨越了这一鸿沟。它并非简单地堆砌公式，而是用一种近乎“讲故事”的口吻，循序渐进地引导读者理解每一个模拟步骤背后的物理意义和数学基础。我印象最深的是它对“势能面”概念的阐述，作者并没有直接抛出哈密顿量，而是从微观粒子间相互作用力的直观感受出发，逐步过渡到如何用数学模型来近似描述这种相互作用，这种循序渐进的逻辑推导，让原本晦涩的概念变得触手可及。书中穿插的那些历史背景介绍和重要学者的轶事，也为冰冷的科学增添了人情味，让人感觉自己不是在啃一本死板的教材，而是在跟随一位经验丰富的导师进行一次深度对话。这种细腻且富有同理心的教学方法，极大地降低了初学者的入门难度。
评分正如作者所言，此书讲的是分子模拟背后的理论，not a cookbook, it is physics that behind the recipes of molar simulation, nice one. 写作学习亦可用，尤其Discussion section is elegant.
评分Gain lots of insights for molecular simulation
评分Gain lots of insights for molecular simulation
评分做分子模拟很好的入门 需要统力基础
评分正如作者所言，此书讲的是分子模拟背后的理论，not a cookbook, it is physics that behind the recipes of molar simulation, nice one. 写作学习亦可用，尤其Discussion section is elegant.
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