在编排形式方面，根据本学科的基本要求和教学规律，把医学微生物学相关的基础知识安排在第一篇。对不同学制或不同专业的医学生，基本要求都是相同的，都需要重点学习这部分内容。学生在掌握了微生物的共性和研究方法的基础上，各个院校或专业，有选择地再分别介绍各类微生物的特点，这有利于学生前后联系，进行纵向和横向比较或自学。为了保持真菌内容的完整性，有利于教学，本书把真菌的基本生物学特性、致病性以及检测方法等内容均集中安排在第四篇。
在教材内容方面，增加了微生物基因组学和生物安全两章以及细胞微生物学内容。加强了基础与临床知识的结合，对近年来新发现和再出现的感染性疾病及其相关病原体作了重点介绍。强调了以预防为主的理念，对突发性公共卫生事件的监测、预警和控制，以及加微生物实验室的生物安全和防护等，在有关章节中均进行了介绍。
本教材增加了英文摘要、医学网址和相关领域新进展内容，旨在促进双语教学，拓宽视野，启迪学生思维，有利于培养学生的自学和创新能力。同时，本教材还配备了光盘。因此，本书不仅供长学制医学生用，也可供研究生、教师、科研工作者作用参考书。
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