《中医药基础化学实验》分基本知识、基本操作、实验内容和附录四个部分。实验内容又根据由浅入深、循序发展、充分应用现代实验技术手段的原则分为三个阶段：①基础实验：要求学生掌握化学实验的基本操作。如试管反应、玻璃仪器洗涤、玻璃工、天平使用、移液管使用、滴定管使用、溶液配制、溶液浓度的标定等；②中级实验：要求学生掌握有机合成单元反应的操作，对现代仪器的使用操作能力的培养，以及物理常数的测定技能；③综合实验：主要有设计性实验，提高学生独立思考能力和设计实验能力；有机多步合成和有机化合物（药物）的系列实验，培养学生综合实验技能和系统实验的能力；应用物化实验手段与有机合成相结合的实验，增加学生反复使用近代仪器的能力和分析问题、解决问题能力。
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