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1生物信息學：基因組到藥物的橋梁3
11疾病的分子基礎3
12疾病治療的分子途徑7
13尋找蛋白質靶點8
131基因組學與蛋白質組學10
132基因/蛋白質所能提供的信息10
14藥物開發11
15生物信息學的概貌12
151生物信息學的內在屬性14
16生物信息學的擴展屬性16
161基本貢獻：分子生物學數據庫和基因組比較16
162應用之一：基因和蛋白質錶達數據17
163應用之二：藥物篩選18
164應用之三：遺傳變異18
參考文獻19
2序列分析20
21引言20
22序列分析21
221二級結構預測22
23雙重序列比對24
231點陣作圖法24
232序列比對25
24數據庫檢索 Ⅰ：單一序列的啓發式算法28
25比對與相似性搜索的統計31
26多重序列比對33
27多重比對和數據庫搜索35
28蛋白質傢族和蛋白質結構域36
29結論37
參考文獻37
3真核基因的結構、性質以及計算識彆42
31真核基因的結構特點42
32哺乳類動物基因組中拼接位點的分類44
33識彆功能信號的方法47
331搜尋保守序列的非隨機的相似性47
332位點特異性識彆器49
333內容特異性測定方法51
334基於框架特異性的蛋白編碼區識彆方法51
335精確性量度52
336綫性辨識分析的應用52
337供體受體拼接位點的預測53
338人類DNA中啓動子序列的識彆56
339poly(A)位點的預測58
34基因識彆方法61
35用於多基因預測的差異分析概率法61
351使用HMM的多基因預測方法62
352基於模式的多基因預測方法64
353基因識彆程序的準確性67
354利用蛋白質或EST相似性信息來改進基因預測69
36基因組測序計劃所産生序列的注釋70
37InfoGene：已知基因和預測基因的數據庫72
38預測的基因功能分析和確證74
39基因發現與功能位點預測的常用網址76
緻謝76
參考文獻77
4分析基因組中的調控區域82
41真核基因組中調控區域的主要特徵82
42調控區域的主要功能82
421轉錄因子結閤位點(TF位點)83
422序列特徵83
423結構元件83
424調控區域的組織原則83
425用於分析和檢查調控區域的生物信息學模型87
43元件檢測的方法88
431轉錄因子結閤位點的檢測88
432結構元件的檢測89
433其他元件的檢測89
44調控區域的分析90
441訓練集的選擇90
442統計學和生物學顯著性90
443上下文依賴性91
45調控區域的檢測方法91
451調控區域的類型92
452調控序列的識彆方法93
46大的基因組序列分析97
461靈敏度與特異性的平衡98
462長的上下文序列98
463比較基因組學的特徵99
464基於高通量方法的數據集分析99
47結論99
參考文獻100
5生物學和醫學中的同源模建103
51引言103
511同源模建的概念103
512同源蛋白是如何産生的？104
513同源模建的目的105
514基因組計劃的影響106
52數據輸入107
53方法109
531在不同層次的復雜性上模建109
532環模建110
533側鏈模建119
534完整模建的方法127
54結果129
541靶蛋白的範圍129
542舉例：澱粉狀前體蛋白β分泌酶130
55優勢和局限性134
56檢驗135
561側鏈預測的精度135
562CASP會議136
563蛋白質健康度137
57可獲得性139
58附錄139
581骨架構象139
582側鏈構象分析145
緻謝149
參考文獻149
6蛋白質結構預測163
61概述164
611術語的定義166
612本章所涉及的內容167
62數據169
621輸入數據169
622輸齣數據169
623其他輸入數據169
624結構比較和分類170
625評分函數和（經驗）能量勢172
63方法175
631二級結構預測175
632基於知識的三維結構預測177
64結果189
641遠緣同源檢測189
642結構基因組學189
643為結構基因組學選擇靶標194
644基因組注釋196
645序列到結構到功能的範式（Paradigm）196
65預測的驗證197
651基準集（Benchmark set）測試197
652盲法預測實驗（CASP）199
66結論：優勢和局限性201
661綫串法201
662優勢202
663局限性202
67獲取方式203
緻謝203
參考文獻204
7藥物設計中的蛋白質配體對接216
71引言216
711對接的分類217
712基於結構的藥物設計的應用218
72蛋白質配體對接的方法219
721剛性結構對接219
722柔性配體對接算法223
723模擬對接228
724組閤庫的對接231
725蛋白質配體復閤物計分232
73驗證與應用234
731X射綫結構的再造234
732盲法預測驗證235
733篩選小分子數據庫235
734組閤庫的對接237
74實際中的分子對接237
741輸入數據的準備237
742分析對接結果238
743選擇正確的對接工具238
75總結239
76可獲取的軟件240
緻謝240
參考文獻240
8蛋白質蛋白質和蛋白質DNA對接的模建248
81引言248
811蛋白質蛋白質和蛋白質DNA對接的必要性248
812計算方法概述248
813本章的範圍250
82蛋白復閤物的結構研究250
83蛋白質蛋白質對接的方法251
831用傅裏葉相關理論來進行剛性結構對接251
832用殘基對勢為對接復閤物再排序256
833距離限製的使用258
834復閤物的精細化和附加篩選258
835對接的實現260
84蛋白質蛋白質對接的結果261
85蛋白質DNA復閤物的模建264
851方法264
852結果265
86蛋白質蛋白質對接方案267
861對接模擬結果的評估267
862傅裏葉關聯法268
863其他剛性對接方法268
864柔性蛋白質蛋白質對接270
865用剛性處理法對假定的對接復閤物重排名270
866在假定的對接復閤物重排名過程中引入柔性271
87蛋白質蛋白質對接的盲法實驗271
88蛋白質對接的能量方麵273
89結論274
緻謝275
參考文獻275
第2篇應用
9分子生物學資源的集成與獲取281
91引言281
92分子生物學資源282
921數據庫282
922應用程序286
923全球範圍的數據庫與應用程序286
93SRS概述287
931元定義層288
932SRS核心288
933包封程序288
934客戶端程序288
94集成分子生物學資源289
941SRS標記服務器289
942分子生物學資源的元定義290
943索引數據庫291
944查詢與鏈接數據庫291
945瀏覽器和對象加載器291
946應用程序——分析數據292
95SRS數據倉庫292
96訪問集成數據293
961網頁界麵293
962應用程序的界麵（API）295
963其他界麵296
97其他方法296
98總結297
參考文獻297
10基因組測序計劃的生物信息學支持298
101引言298
102方法302
1021相似讀序對的快速鑒定303
1022低質末端區的去除305
1023重疊區的計算和評估306
1024疊連群的構建306
1025一緻序列的構建308
103示例308
104其他拼裝程序313
105結論315
緻謝315
參考文獻315
11序列差異性分析317
111引言317
112序列差異性317
113連鎖分析318
114關聯分析320
115為什麼由遺傳分析轉移到單核苷酸多態性？321
116SNP的發現321
117基因型定型技術323
118在人類基因組中SNP是頻繁齣現的並且其組織結構很復雜325
119混閤池策略（Pooling Strategies）327
1110結論327
參考文獻328
12蛋白質組分析332
121引言和原理332
122蛋白質分離336
1221實驗方麵：一種實驗操作技術——二維電泳技術的介紹336
1222應用二維電泳技術作為診斷學和疾病描述的工具337
123二維電泳圖譜的計算機分析339
1231二維電泳分析軟件341
124分離後蛋白質的驗證和性質測定347
1241引言347
1242工具349
125蛋白質組數據庫352
1251引言352
1252蛋白質序列數據庫352
1253核酸序列數據庫356
1254蛋白質傢族、結構域及功能位點的數據庫：InterPro357
1255二維電泳數據庫357
1256翻譯後修飾數據庫358
1257結論359
126蛋白質組分析中的自動化359
1261引言359
1262應用肽質量指紋技術的機器化蛋白質鑒定360
1263分子掃描362
1264其他技術364
127結論365
參考文獻366
13基因組和蛋白質組中靶標的搜尋369
131引言369
132大規模基因錶達研究和藥物靶點鑒定的實驗設計369
133藥物靶點發現中的計算分析372
1331Shannon 熵372
1332聚類374
1333分析方法聯閤應用於實驗藥物的開發377
1334如何選擇這些方法378
1335未來展望：遺傳網絡的逆嚮工程378
1336基因組和蛋白質組380
134結論380
參考文獻380
14數據庫的篩選382
141引言382
142計算機虛擬篩選的方法384
1421基於配體相似性的虛擬篩選384
1422基於結構的虛擬篩選387
143虛擬篩選應用389
144第一個測試方案：快速相似性篩選算法的應用389
1441庫生成389
1442計算細節391
1443篩選結果的討論391
145第二個測試方案：對接作為一種虛擬篩選工具397
1451庫生成398
1452對接程序398
1453對接結果討論398
146總結和展望402
緻謝403
參考文獻403
15未來方嚮407
151基因組學和生物信息學的進展將如何改變我們對生物學
和醫學的觀點？407
152生物信息學將麵臨的主要挑戰是什麼？409
1521新的實驗數據409
1522新的分析方法411
1523生物學上的整閤觀點413
153生物信息學的展望和內在局限性416
參考文獻417
附錄生物信息學中算法術語詞錶419
第2篇應用
第9章1
第2章藥物開發過程27
本書適用於藥物研究與開發領域，生物學、生物化學專業的研究人員，同時可供藥學專業的高年級本科生和研究生參考。
· · · · · · (收起)