农业微生物资源是生物多样性的重要组成部分，它与科学、教育、国民经济、人类健康关系密切，在农业种植业、水产养殖业、畜牧业、环境保护、农业生物能源、食品安全中起着不可替代的作用。
为了更好地挖掘和利用这些资源，本着提高资源的共享效率的目标，对本中心保藏的菌种进行整理和编撰，在《中国农业菌种目录》2001年版的基础上，进行了增删和修订，编辑出版《中国农业菌种目录》2005年版。这是本中心保藏的部分菌种的名录，共有252属716种3 336株。该目录内容较前两版内容更丰富，信息描述更规范。这本目录为从事农业科技、检测、生产及其它相关行业的工作者提供了更多的微生物资源信息。
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