Introduction to Computational Neurobiology and Clustering

Introduction to Computational Neurobiology and Clustering pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:World Scientific Pub Co Inc
作者:Ferraro, Enrico
出品人:
页数:229
译者:
出版时间:
价格:$ 105.09
装帧:HRD
isbn号码:9789812705396
丛书系列:
图书标签:
  • 计算神经生物学
  • 神经科学
  • 机器学习
  • 聚类分析
  • 数据分析
  • 生物信息学
  • 计算建模
  • 神经网络
  • 生物统计学
  • 人工智能
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具体描述

This volume provides students with the necessary tools to better understand the fields of neurobiological modeling, cluster analysis of proteins and genes. The theory is explained starting from the beginning and in the most elementary terms, there are many exercises solved and not useful for the understanding of the theory. The exercises are specially adapted for training and many useful Matlab programs are included, easily understood and generalizable to more complex situations. This self-contained text is particularly suitable for an undergraduate course of biology and biotechnology. New results are also provided for researchers such as the description and applications of the Kohonen neural networks to gene classification and protein classification with back propagation neutral networks.

神经生物学与计算方法的前沿探索 图书名称:深入理解复杂系统:从分子机制到认知行为 图书简介: 本书旨在为读者提供一个关于复杂生物系统——特别是神经系统——运作机制的全面、多层次的深入理解。我们超越了对单个神经元或特定回路的孤立研究,而是聚焦于如何运用计算建模、系统生物学方法以及大规模数据分析技术,来揭示大脑如何从分子、细胞、回路到整体行为层面实现信息处理和功能整合。全书结构严谨,内容涵盖了从基础理论到尖端实验技术的广泛领域,力求为研究人员、高级学生以及对神经科学交叉领域感兴趣的专业人士提供一个坚实的知识框架和实用的工具集。 第一部分:神经系统的基础构建块与动态建模 本部分首先回顾了神经科学的基石——神经元和突触。然而,我们并未停留在经典的 Hodgkin-Huxley 模型上。我们将重点探讨新颖的离子通道动力学,包括它们在不同环境(如代谢压力、局部pH变化)下的调节机制,以及这些微观变化如何影响细胞兴奋性的宏观表现。我们引入了非线性动力学理论来描述单个神经元的放电模式,分析了尖峰序列中隐藏的复杂模式,如倍周期分岔和混沌行为。 在细胞间连接层面,我们深入研究了突触可塑性的多尺度机制。这不仅包括长时程增强(LTP)和长时程抑制(LTD)的分子生物学路径(如CaMKII的激活、AMPA受体的内吞与外排),更重要的是,我们构建了基于化学反应扩散方程的突触权重更新模型,用以模拟突触连接在学习和记忆过程中的动态重塑。我们还将讨论神经递质释放的随机性与精确性之间的权衡,并利用概率模型来量化这些随机事件对信息传递保真度的影响。 第二部分:回路功能与网络拓扑结构 复杂的认知功能源于大规模神经元网络的协同作用。本部分将网络理论的强大工具箱应用于神经科学的实际问题。我们首先分析了大脑皮层的基本振荡模式——从伽马波到阿尔法波——并探讨了这些振荡在信息编码和信息流同步中的作用。我们引入了耦合振荡器模型来解释不同脑区之间如何实现相位锁定和频率同步,这被认为是高级认知功能(如注意力切换和工作记忆维持)的基础。 在网络拓扑结构方面,我们详细考察了真实大脑网络的无标度(Scale-Free)特性和高集聚性(Small-World)特征。我们讨论了这些特定拓扑结构如何优化信息传输效率与结构鲁棒性之间的平衡。通过图论分析方法,我们将识别出网络中的核心枢纽(Hubs)和模块(Modules),并结合功能性连接(Functional Connectivity)的数据,探讨这些结构特征如何与特定疾病状态(如癫痫的扩散路径或精神分裂症中的连接障碍)相关联。 第三部分:计算方法论与数据驱动的推理 本部分是全书的计算核心,重点在于如何将复杂的生物学观测转化为可量化的、可预测的模型。我们首先回顾了高维数据降维技术在神经数据分析中的应用,包括主成分分析(PCA)和非线性流形学习(如t-SNE和UMAP)在解析记录到的神经元群活动空间中的作用。 随后,我们深入探讨了因果推断的计算方法。不同于简单的相关性分析,我们阐述了如何利用格兰杰因果检验和结构方程模型(SEM)来尝试建立神经回路中信息流动的方向性假说。特别地,我们将引入动态因果建模(DCM),解释如何利用贝叶斯框架来评估不同模型结构(即不同的连接假设)对实际记录到的神经活动(如fMRI或LFP)的拟合优度。 在模型构建方面,本书强调基于生物学约束的参数估计。我们介绍如何利用变分推断(Variational Inference)和马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)方法来对复杂的神经动力学模型进行参数拟合,并量化模型的不确定性。我们还会讨论神经活动解码技术,例如使用线性判别分析(LDA)和支持向量机(SVM)来从大规模神经元放电序列中实时重构运动意图或感官输入。 第四部分:从细胞到行为的整合视角 最后,本书将视角提升至理解宏观行为的计算基础。我们分析了决策制定的计算模型,特别是累积证据模型(Drift-Diffusion Models, DDM),探讨了这些模型如何解释反应时间与准确性之间的权衡,以及这些参数如何受到神经递质系统(如多巴胺和去甲肾上腺素)调控的影响。 我们还将关注具身认知(Embodied Cognition)的计算挑战。这涉及如何构建能够与环境进行实时交互的仿真模型,模拟运动控制与感觉反馈的闭环系统。我们将讨论强化学习(Reinforcement Learning, RL)框架在解释大脑如何学习奖励预测误差和指导自主行为中的核心地位,并将经典的TD误差信号与神经科学观察到的多巴胺能信号进行映射和对比。 通过这种自下而上与自上而下的综合分析,本书旨在描绘一幅完整、动态的神经系统运作图景,为下一代神经科学家和计算工程师提供必要的理论工具和跨学科的思维范式。

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