Probability Models for DNA Sequence Evolution

Probability Models for DNA Sequence Evolution pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:Springer
作者:Richard Durrett
出品人:
页数:432
译者:
出版时间:2008-9-1
价格:USD 119.00
装帧:Hardcover
isbn号码:9780387781686
丛书系列:Probability and its Applications- A Series of the Applied Probability Trust
图书标签:
  • 统计
  • 演化
  • 数学
  • phylogeny
  • Statistics
  • DNA序列演化
  • 概率模型
  • 生物信息学
  • 进化生物学
  • 序列分析
  • 马尔可夫模型
  • 遗传学
  • 计算生物学
  • 贝叶斯方法
  • 蒙特卡洛模拟
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具体描述

"What underlying forces are responsible for the observed patterns of variability, given a collection of DNA sequences?" In approaching this question a number of probability models are introduced and anyalyzed.Throughout the book, the theory is developed in close connection with data from more than 60 experimental studies that illustrate the use of these results.

《DNA序列演化概率模型:深度解析与前沿应用》 书籍简介 《DNA序列演化概率模型:深度解析与前沿应用》是一部全面而深入探讨DNA序列演化背后复杂机制的学术专著。本书旨在为读者构建一个坚实的理论框架,理解驱动生命信息不断变化的根本力量,并掌握分析这些变化的关键工具。我们跳脱出具体的生物学案例,聚焦于模型本身的设计、构建、评估与应用,揭示隐藏在基因组序列中的演化规律。 本书的结构设计严谨,循序渐进。第一部分,我们首先回顾生物信息学与演化遗传学的基础知识,为后续内容的展开奠定必要的数学与统计学基础。这里我们将详细阐述概率论、统计推断、马尔可夫链、泊松过程等在演化模型中扮演的关键角色。读者将了解到为何这些数学工具能够如此恰当地描述DNA序列随时间推移的突变、漂变与选择过程。 第二部分是本书的核心,详细介绍了各类经典的DNA序列演化模型。我们将从最基础的Jukes-Cantor模型开始,逐步深入到更复杂的模型,如Kimura 2-参数模型、Felsenstein模型、GTR (General Time Reversible) 模型以及Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) 模型。对于每种模型,我们都会深入剖析其背后的数学原理,包括状态空间、转移概率矩阵、似然函数以及参数估计方法。我们将重点讨论不同模型在处理碱基替换率、GC含量偏倚、转换/颠换比率等生物学现象时的优势与局限性。此外,我们还会涵盖分支长度的概念,以及如何在系统发生树的构建中应用这些模型。 第三部分将焦点转移到模型评估与选择。在众多的演化模型中,如何选择最适合特定数据集的模型是至关重要的一步。本书将系统介绍模型选择的常用方法,包括赤池信息准则 (AIC)、贝叶斯信息准则 (BIC) 以及交叉验证等。我们将深入解释这些准则的统计学基础,以及它们如何权衡模型的拟合优度和复杂性。同时,我们会讨论模型在实际应用中可能遇到的问题,例如过拟合、欠拟合以及数据稀疏性带来的挑战,并提供相应的解决方案。 第四部分将重点关注演化模型的先进理论与技术。我们将探讨一些更复杂的模型,例如考虑变异速率异质性的Gamma分布模型、混合模型、以及基于贝叶斯方法的演化模型。这些模型能够更精细地刻画DNA序列演化的复杂性。我们还将介绍如何利用计算统计学方法,如马尔科夫链蒙特卡洛 (MCMC) 方法,来处理那些无法通过解析方法求解的模型。这部分内容将为读者提供解决更具挑战性演化分析问题的强大工具。 第五部分则聚焦于DNA序列演化概率模型的广泛应用。我们将详细探讨这些模型在构建系统发育树中的核心作用,解释如何利用序列相似性与差异性推断物种间的亲缘关系。此外,我们还会阐述模型在识别功能性基因区域、分析基因组变异、理解疾病的分子机制、以及追踪病毒的演化路径等方面的实际应用。本书将通过理论推导与概念性讨论,而非具体的生物学实验数据,来展示模型在各个领域的普适性和强大解释力。 本书的语言风格严谨而不失可读性,既适合作为演化遗传学、生物信息学、计算生物学等领域研究生的专业教材,也能帮助有一定数学和生物学基础的研究人员深化对DNA序列演化机制的理解。我们力求通过对概率模型本身精密的数学阐述,让读者能够洞察生命演化过程中隐藏的数学逻辑,并掌握分析这些复杂过程的科学方法。本书旨在培养读者独立思考和建模的能力,以应对未来生物学研究中不断涌现的新问题。

作者简介

目录信息

读后感

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用户评价

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这本书的名字叫《Probability Models for DNA Sequence Evolution》,听起来就让人对其中的奥秘充满了好奇。我一直对生命的起源和演化过程有着浓厚的兴趣,而DNA序列的变异和传播无疑是其中最核心的机制之一。想象一下,那些在漫长岁月中悄然发生的点突变,那些在基因组中蜿蜒流淌的重组事件,它们如何累积,又如何塑造了我们今天所见的物种多样性?这本书的标题精确地指向了这个问题,让我觉得它可能是一本能够深入浅出地解释这些复杂现象的宝藏。我尤其期待它能够解答一些困扰我的问题:比如,我们如何从现有的DNA序列中推断出远古祖先的遗传信息?模型又是如何量化基因漂移和自然选择对序列演化的影响的?那些看似杂乱无章的碱基变化,是否隐藏着宇宙间最深刻的生命密码?我希望这本书不仅仅是罗列枯燥的数学公式,而是能将这些理论模型巧妙地融入生物学的实际案例中,让我能够通过真实的DNA数据来理解抽象的概率论。例如,当我阅读关于分子钟的章节时,我希望能够看到作者如何利用DNA变化的速率来估计物种分化的时间,就像考古学家通过碳-14测年法来确定古代文物的年代一样,这其中的精妙之处着实令人着迷。

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《Probability Models for DNA Sequence Evolution》这个书名,瞬间就勾起了我想要探究生命本质的冲动。 DNA,这个承载着所有生命蓝图的分子,它的演化过程本身就是一部波澜壮阔的史诗。 我一直觉得,要真正理解生命,就不能仅仅停留在宏观的生物形态上,而是要深入到微观的分子层面,去揭示那些驱动生命演化的根本动力。这本书的名字承诺了将概率模型这一强大的工具应用于DNA序列的演化研究,这让我对接下来的阅读充满了期待。 我希望能在这本书中找到关于如何构建和解释这些概率模型的详细论述,了解它们是如何捕捉DNA序列中各种随机过程的,比如突变、重组、漂移以及选择等。 更重要的是,我希望这本书能够展示这些模型在解决实际生物学问题中的力量,比如如何利用它们来重建物种的进化历史,如何评估基因功能的重要性,甚至是如何预测疾病的发生。 我想象着,通过学习书中的模型,我能够学会用一种全新的视角来审视那些在基因组中不断变化的碱基,将它们视为演化史的“化石”,从而解读出生命进化的奥秘。 那些看似杂乱的序列,在概率模型的眼中,或许能够呈现出清晰的脉络和规律。

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《Probability Models for DNA Sequence Evolution》这个书名,直接勾起了我对生命最基本载体的演化历程的好奇心。DNA,这个承载着遗传信息的分子,其在漫长的地质年代中经历的种种变化,最终造就了如今我们所见的生物多样性。这本书的名字预示着它将运用概率模型这一强大的数学工具来解析DNA序列的演化机制,这让我对深入理解这些过程充满期待。我希望这本书能够清晰地阐述各种概率模型的设计原理,例如,如何量化突变的速率和类型,如何模拟基因重组和漂移的影响,以及如何纳入自然选择的考量。更令我着迷的是,我希望看到这些抽象的模型如何在实际的生物学研究中发挥作用,例如,如何利用它们来构建精确的进化树,如何推断物种间的亲缘关系,甚至是如何揭示驱动特定基因或蛋白质进化的选择压力。这本书对我而言,不仅仅是一本关于数学方法的介绍,更是一扇能够让我透过概率的视角,窥探生命演化历史的窗口,理解那些支配生命变迁的深层规律。

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《Probability Models for DNA Sequence Evolution》这个书名,如同一个打开了生命进化秘密宝箱的钥匙,让我充满了探索的冲动。DNA序列,这个承载着生命信息,并在代代相传中不断发生细微改变的分子,它的演化历程就是一部关于生命适应与繁衍的宏伟史诗。这本书的标题明确地指向了用概率模型来理解这一过程,这让我对接下来的学习充满了信心。我非常希望能够在这本书中系统地学习各种用于描述DNA序列演化的概率模型,包括那些能够捕捉碱基替换、插入、删除、重组以及基因复制等基本事件的模型。同时,我也热切期待能够看到这些模型在实际生物学研究中的具体应用,例如,如何利用它们来推断物种间的进化距离,如何评估基因在进化过程中的重要性,甚至是如何识别那些受到正向选择或负向选择的DNA区域。这本书将为我提供一个用严谨的数学框架来审视生命演化现象的绝佳机会。

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《Probability Models for DNA Sequence Evolution》这个书名,简洁而有力地指明了本书的研究范畴,让我对深入探索生命演化机制的渴望油然而生。DNA序列,作为生命信息传递和演化的基石,其变异、积累和传播的过程,构成了生命史最核心的篇章。这本书的标题让我坚信,它将为我提供一套系统而严谨的数学工具,来理解和量化这些复杂的演化现象。我非常期待能够在这本书中学习到如何构建和应用各种概率模型,以精确地描述DNA序列中碱基的替换、插入、删除以及重组等基本事件。更重要的是,我希望这本书能够展示这些模型在实际生物学问题中的强大应用,例如,如何利用它们来推断物种间的进化关系,如何估算基因的适应度,以及如何识别那些受到选择压力影响的DNA区域。这本书对我来说,不仅仅是理论知识的积累,更是能够让我用一种更科学、更量化的方式来解读生命演化史的窗口。

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《Probability Models for DNA Sequence Evolution》这个书名,如同一道数学与生物学交织的独特风景线,深深吸引了我。DNA序列的演化,是理解生命起源、多样性和适应性的核心。这本书的名字预示着它将运用概率论的强大力量,来解析DNA序列在时间长河中发生的种种变迁。我迫切希望能够在这本书中深入学习各种概率模型的构建和应用,例如,如何用数学语言来描述碱基的替换、插入和删除,如何模拟基因漂移和自然选择对序列的影响,以及如何构建能够反映不同进化速率的复杂模型。我尤其期待看到作者如何将这些抽象的数学概念与真实的生物学案例相结合,让我能够通过具体的DNA数据来理解模型的威力。例如,我希望能够学习到如何利用这些模型来推断物种的分化时间,如何识别受到强大选择压力的基因,甚至是如何重建古老基因组的序列。这本书对我来说,是一次用数学的眼睛去审视生命演化史的绝佳机会。

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《Probability Models for DNA Sequence Evolution》这个书名,如同一扇通往生命最深层秘密的大门,让我充满了探索的渴望。DNA序列,这个记录着生命历程的无字天书,其演化的过程无疑是生物学中最核心、也最引人入胜的领域之一。这本书似乎承诺将严谨的数学模型与活生生的生物学现象相结合,为我们揭示DNA序列在时间长河中变迁的规律。我非常期待能够在这本书中深入理解各种概率模型是如何被构建和应用的,例如,那些描述点突变、插入、删除以及重组等基本演化事件的数学框架。我希望作者能够不仅讲解理论,更重要的是,能够展示这些模型在实际研究中的应用,比如如何利用它们来重建古老的进化谱系,如何估算物种分化的时间,以及如何识别那些在演化过程中被“优胜劣汰”的基因。我特别想知道,那些看似随机的碱基变化,在概率模型的镜头下,是否能够显露出隐藏的规律和驱动力。这本书的出现,仿佛为我提供了一把解锁生命进化故事的钥匙,让我能更深入地窥探生命现象背后的科学逻辑。

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《Probability Models for DNA Sequence Evolution》这个书名,让我立刻联想到生命最根本的编码系统——DNA,以及它在漫长岁月中所经历的惊人变化。我一直对生物的进化过程充满好奇,而DNA序列的演化无疑是理解这一过程的关键。这本书的标题预示着它将运用概率模型这一严谨的数学工具来解析这些变化,这让我对即将展开的阅读旅程充满了期待。我希望在这本书中能够深入理解那些描述DNA序列变异和传播的概率模型,例如,如何量化不同类型突变的发生率,如何模拟基因重组和漂移等随机过程,以及如何将自然选择的效应纳入考量。更重要的是,我希望看到这些理论模型如何在实际的生物学研究中得到应用,比如如何利用它们来构建精确的进化树,如何推断物种间的亲缘关系,以及如何识别在进化过程中具有重要意义的DNA区域。这本书对我来说,将是一次用数学的视角去解读生命演化史的深刻体验。

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我被《Probability Models for DNA Sequence Evolution》这个书名深深吸引了,它直接点出了研究的焦点——DNA序列的演化,并且强调了数学模型在其中的关键作用。作为一个对生命科学充满好奇的人,我一直对DNA如何变化,如何传递,以及这些变化如何导致物种的形成和分化感到非常着迷。这本书的名字让我觉得它能够提供一个深入理解这些过程的框架。我期望这本书能够详细介绍各种用于描述DNA序列演化的概率模型,比如那些用来模拟碱基替换、插入和删除的马尔可夫链模型,以及更复杂的模型,能够考虑不同位置碱基的关联性,或者不同类型的突变速率差异。我希望作者能够清晰地解释这些模型的数学基础,但更重要的是,能够通过生动的例子来展示它们如何应用于实际的生物学研究。例如,我希望看到如何利用这些模型来推断物种之间的进化距离,如何识别出那些受到自然选择压力影响的基因,以及如何构建精确的进化树。这本书对我来说,不仅仅是关于数学工具的学习,更是关于如何用这些工具来解锁生命演化史的密码。

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《Probability Models for DNA Sequence Evolution》这个书名,如同一个引人入胜的谜题,瞬间激发了我想要揭开生命演化奥秘的强烈愿望。DNA序列,这个承载着生命蓝图的微小结构,它的变迁和演化过程,本身就是一部充满戏剧性的史诗。这本书承诺将概率模型这一严谨的数学工具应用于DNA序列的演化研究,这让我对接下来的阅读充满了期待。我希望这本书能够清晰地阐述那些描述DNA序列演化基本过程的概率模型,比如如何模拟碱基的突变、重组、漂移以及选择等。更让我兴奋的是,我期望能够在这本书中看到这些模型如何被实际运用到生物学研究中,例如,如何利用它们来重建物种的进化历史,如何评估基因功能的演化意义,甚至是预测疾病的发生。这本书对我而言,不仅仅是数学方法的学习,更是用一种全新的、量化的视角来理解生命现象本质的一把钥匙。

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书名叫做probability models不太合适,应该叫做properties for probability models. 不建议作为初步了解来读,入门的话个人推荐gene genealogies, variation and evolution。构图全面,能有一个直观的感觉去看coalescent theory;相对来讲,这本过于生涩,讲具体模型的比较少,直接给出分析。所以很多时候是要先google了具体了解模型才能知道从哪里来的结论

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