《中国高等学校菌种目录》在国家基础条件平台建设项目“教学实验用微生物菌种标准化整理整合及共享试点”的基础上，第一次将我国高等学校保藏的部分微生物菌株汇编成册，旨在使一批信息丰富、具有一定特色的微生物资源为社会公众服务，更好地应用于我国的教学、科研与生产。
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