《生物数学丛书》序
前言
数学符号
第0章 引言
0.1 分子生物学
0.2 数学，统计和计算机科学
第1章 分子生物学一些知识
1.1 DNA和蛋白
1.1.1 双螺旋结构
1.2 中心定理
1.3 遗传密码
1.4 转化RNA和蛋白序列
1.5 基因不简单
1.5.1 开始与停止
1.5.2 基因表达的控制
1.5.3 割裂基因
1.5.4 跳跃基因
1.6 生物化学
问题
第2章 限制图谱
2.1 引言
2.2 图
2.3 区间图
2.4 片段大小的度量
问题
第3章 多重图谱
3.1 双消化问题
3.1.1 双消化问题的多重解
3.2 多重解分类
3.2.1 反射性
3.2.2 重叠等价
3.2.3 重叠尺寸等价
3.2.4 更多的图论知识
3.2.5 从一条路到另一条路
3.2.6 限制图谱及边界块图
3.2.7 限制图谱的盒变换
3.2.8 一个例子
问题
第4章 求解DDP的算法
4.1 算法和复杂性
4.2 DDP是NP完全的
4.3 解DDP的方法
4.3.1 整数规划
4.3.2 划分问题
4.3.3 TSP
4.4 模拟退火法：TSP和DD
4.4.1 模拟退火法
4.4.2 TSP
4.4.3 DDP
4.4.4 环状图谱
4.5 用真实数据作图
4.5.1 使数据符合图
4.5.2 图谱算法
问题
第5章 克隆与克隆文库
5.1 有限的随机克隆数
5.2 完全消化的文库
5.3 部分消化的文库
5.3.1 可克隆基的组分
5.3.2 采样、方法1
5.3.3 设计部分消化文库
5.3.4 Poisson近似
5.3.5 获得所有片段
5.3.6 最大表达度
5.4 每个微生物中的基因组
问题
第6章 物理基因组图谱：海洋、岛屿和锚
6.1 用指纹制作图谱
6.1.1 海洋和岛屿
6.1.2 分小与控制
6.1.3 两个先驱实验
6.1.4 啤酒酵母
6.1.5 大肠杆菌
6.1.6 计算指纹模式
6.2 用锚制作图谱
6.2.1 海洋、岛和锚
6.2.2 克隆与锚的对偶性
6.3 克隆重叠的概述
6.4 综合
问题
第7章 序列装配
7.1 鸟枪测序法
7.1.1 SSP是NP完全的
7.1.2 贪婪算法的解至多是4倍最优解
7.1.3 实践中的装配
7.1.4 序列精度
7.1.5 预期的进展
7.2 用杂交法测序
7.2.1 其他SBH设计
7.3 重访鸟枪测序法
问题
第8章 数据库和快速序列装配
8.1 DNA和蛋白序列数据库
8.1.1 序列数据库文件中条款的描述
8.1.2 简单序列数据文件
8.1.3 统计小结
8.2 序列的树表现
8.3 序列的切细
8.3.1 切细表
8.3.2 用线性时间切细
8.3.3 切细和链接
8.4 序列中的重复
8.5 用切细进行序列比较
8.6 至多有l个失配的序列比较
8.7 用统计量进行序列比较
问题
第9章 动态规划、两个序列比对
9.1 比对的个数
9.2 网络中最短和最长路
9.3 全局距离比对
9.3.1 插入删除函数
9.3.2 依赖距离的权重
9.4 全局相似比对
9.5 将一个序列吻合另一个序列
9.6 局部比对和丛
9.6.1 自身比较
9.6.2 衔接重复
9.7 线性空间算法
9.8 回溯
9.9 倒位
9.10 图谱比对
9.11 参数序列比较
9.11.1 一维参数集合
9.11.2 进入二维
问题
第10章 多重序列比对
10.1 囊性纤维化基因
10.2 r维的动态规划
10.2.1 减小容积
10.3 加权平均序列
10.3.1 比对的比对
10.3.2 序列的重心
10.4 轮廓分析
10.4.1 统计意义
10.5 通过隐Markov模型比对
10.6 一致词分析
10.6.1 词分析
10.6.2 一致比对
10.6.3 更复杂的打分
问题
第11章 序列比对用到的概率和统计
11.1 全局比对
11.1.1 给定的比对
11.1.2 未知比对
11.1.3 比对打分的线性增长
11.1.4 Azuma-Hoeffding引理
11.1.5 对平均值的大偏差
11.1.6 关于二项式分布的大偏差
11.2 局部比对
11.2.1 大数定律
11.3 极值分布
11.4 Poisson近似的Chen-Stein方法
11.5 Poisson近似和长匹配
11.5.1 连续正面的投币
11.5.2 序列间的准确匹配
11.5.3 近似匹配
11.6 带有打分的序列比对
11.6.1 相位转移
11.6.2 实用的p值
问题
第12章 有关序列模式的概率与统计
12.1 中心极限定理
12.1.1 广义词
12.1.2 估计概率
12.2 非重叠模式统计
12.2.1 一个模式的更新理论
12.2.2 Li方法与多重模式
12.3 Poisson近似
12.4 位点分布
12.4.1 内部位点距离
问题
第13章 RNA二级结构
13.1 组合数学
13.1.1 计算更多的形状
13.2 最小自由能结构
13.2.1 减少发卡计算时间
13.2.2 线性不稳定函数
13.2.3 多分支环
13.3 一致折叠
问题
第14章 树和序列
14.1 树
14.1.1 分裂
14.1.2 树的度量
14.2 距离
14.2.1 可加树
14.2.2 超度量树
14.2.3 非可加距离
14.3 简约算法
14.4 极大似然树
14.4.1 连续时间Markov链
14.4.2 估计变化率
14.4.3 似然性与树
问题
第15章 来源与展望
15.1 分子生物学
15.2 物理图谱和克隆文库
15.3 序列装配
15.4 序列比较
15.4.1 数据库和快速序列分析
15.4.2 对两个序列的动态规划方法
15.4.3 多重序列比对
15.5 概率和统计
15.5.1 序列比对
15.5.2 序列模式
15.6 RNA二级结构
15.7 树和序列
参考文献
附录问题解答和提示
索引
· · · · · · (收起)