Metalloproteomics

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出版者:
作者:Permyakov, Eugene
出品人:
页数:802
译者:
出版时间:2009-4
价格:1220.00 元
装帧:
isbn号码:9780470392485
丛书系列:
图书标签:
  • 蛋白质组学
  • 金属蛋白质
  • 金属离子
  • 蛋白质功能
  • 生物化学
  • 分析化学
  • 质谱
  • 生物医学
  • 酶学
  • 金属代谢
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具体描述

Synthesizes the current knowledge in the field and provides new insights into medical applications Metalloproteomics is the large-scale study of metal-binding proteins. These proteins, which represent about one quarter of all the proteins in the Protein Data Bank, play important roles in all biological systems and all biological processes. Metalloproteomics provides the latest information on all major families of metal-binding proteins, including their structural, physico-chemical, and functional properties, enabling readers to better understand these proteins. Moreover, the book demonstrates how understanding the structures, properties, and functions of intracellular and extracellular metal-binding proteins may unlock the key to drug development for the treatment of a myriad of diseases. Written by Eugene Permyakov, an international expert and pioneer in the structural analysis of metal-binding proteins, the book offers Theoretical introduction to cation binding Broad range of methods for investigating the binding of different cations to proteins Characteristics of interactions of physiologically important cations of Ca, Mg, Zn, Fe, Mn, Co, Cu, Ni, Mo, W, Na, and K with proteins Detailed considerations of structural and physico-chemical properties of the metal-binding proteins Interactions of all other metal cations with proteins Interactions of different types of cations with nucleic acids Throughout the text, the author integrates principles of proteomics. In addition, detailed examples underscore the role metal-binding proteins play in health and medicine. Bringing together and analyzing all the latest findings, Metalloproteomics' scope and level of insight are unparalleled. It is recommended for biophysicists, biochemists, enzymologists, cell and molecular biologists, protein and peptide scientists, organic and bioinorganic chemists, and chemical biologists.

《金属蛋白质组学:理解生命体系中的金属元素》 引言 金属元素,这些看似简单却又至关重要的化学物质,在生命的无数过程中扮演着不可或缺的角色。从构成蛋白质的基本骨架,到参与催化酶的活性中心,再到作为信号传递的关键分子,金属离子无处不在,深刻地影响着生命的结构、功能和动态平衡。然而,相对于其至关重要的作用,我们对生命体系中金属元素的认知仍然存在巨大的鸿沟。如何全面、系统地揭示这些金属元素在生物体内的存在形式、结合蛋白、代谢途径以及它们与疾病的关联?《金属蛋白质组学:理解生命体系中的金属元素》正是为了填补这一认知空白而诞生的。 本书并非一本浅尝辄止的科普读物,也不是一份笼统的综述。它深入探索了金属蛋白质组学这一交叉学科的最新进展、核心技术、理论模型及其在多个生命科学领域的广泛应用。本书旨在为研究者提供一个详尽的、多维度的视角,去理解生命体系如何精密地调控着金属元素的摄入、转运、储存、利用和排泄,以及这些过程如何通过蛋白质组学的手段被一一解析。 第一部分:金属蛋白质组学的理论基石与技术革新 在本书的第一部分,我们将首先奠定坚实的理论基础,系统梳理金属蛋白质组学的核心概念。我们将深入探讨金属蛋白的结构与功能多样性,从最为普遍的锌、铁、铜、钙、镁等必需金属,到一些新兴的、具有潜在生物学意义的痕量金属。我们将解析金属离子是如何通过配位键、静电相互作用等方式与蛋白质氨基酸残基结合,从而影响蛋白质的三维结构、稳定性和催化活性。 随后,我们将聚焦于支撑金属蛋白质组学研究的关键技术。这一领域的发展离不开分析化学、生物化学、分子生物学以及先进的质谱技术的不断革新。我们将详细介绍一系列核心技术,包括但不限于: 金属生物成像技术: 从传统的原子吸收光谱(AAS)和电感耦合等离子体原子发射光谱(ICP-AES/OES)等宏观定量方法,到更先进的显微X射线荧光(μXRF)、显微X射线吸收光谱(μXAS)、冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结合能量色散X射线光谱(EDX)等微观成像技术,我们将探讨它们在原位、高分辨率尺度上可视化金属离子在细胞、组织甚至单个蛋白质中的分布和存在状态。 金属蛋白分离与富集技术: 如何从复杂的生物样品中特异性地分离出金属蛋白是关键。本书将介绍亲和层析、离子交换层析、尺寸排阻层析等传统层析技术,以及金属螯合色谱、亲和吸附等针对金属蛋白的特异性富集方法。 质谱技术在金属蛋白质组学中的应用: 质谱技术是揭示蛋白质身份和修饰信息的金标准。本书将深入讲解如何结合同位素标记(如¹⁵N、¹³C)和非标记的液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)技术,全面鉴定生物样品中的蛋白质组。更重要的是,我们将重点阐述如何通过直接或间接的策略,将金属信息与蛋白质组学数据相结合。例如,使用ICP-MS/MS进行元素定量和同位素比值分析,以及开发能够检测金属-蛋白质结合的质谱方法(如ICP-MS/MS与LC-MS/MS的联用,或者利用特定金属诱导的蛋白质碎片化模式)。 光谱技术与蛋白质相互作用研究: 共振能量转移(FRET)、表面等离振子共振(SPR)、等温滴定量热法(ITC)等技术在研究金属离子与蛋白质的结合亲和力、动力学以及识别金属结合位点方面发挥着重要作用。我们将详细解析这些技术的工作原理及其在金属蛋白质组学研究中的具体应用。 计算工具与生物信息学分析: 随着数据量的爆炸式增长,高效的计算工具和生物信息学分析变得至关重要。本书将介绍用于处理、分析和解释金属蛋白质组学数据的常用软件、算法和数据库,包括蛋白质序列比对、结构预测、金属结合位点预测以及网络分析工具。 第二部分:金属蛋白在生命过程中的关键角色 在掌握了必要的理论和技术之后,本书的第二部分将把焦点转移到金属蛋白在各种生命过程中的具体作用。我们将通过大量的实例,展示金属离子如何通过与蛋白质的精妙互动,驱动着生命活动的方方面面。 金属蛋白与细胞信号传导: 钙离子作为重要的第二信使,其浓度变化通过与钙结合蛋白(如钙调蛋白、钙网蛋白)的相互作用,调控着无数细胞内的信号通路。锌离子也广泛参与信号转导,例如在转录因子和酶的活性调控中。本书将深入剖析这些金属信号通路,以及如何利用金属蛋白质组学技术来绘制复杂的信号网络。 金属蛋白与氧化还原稳态: 铁和铜是许多氧化还原酶(如细胞色素C氧化酶、超氧化物歧化酶)的核心金属元素,它们在电子传递和氧的还原中扮演关键角色。同时,过量的活性氧(ROS)也可能导致金属的毒性。本书将探讨金属蛋白在维持氧化还原平衡中的作用,以及金属中毒和氧化应激之间的复杂关系。 金属蛋白与能量代谢: 细胞呼吸、光合作用等关键能量转化过程都离不开金属蛋白的参与。例如,血红素蛋白在氧气输送和电子传递中发挥核心作用,而铁硫簇则广泛存在于各种参与氧化还原反应的酶中。我们将详细解析这些金属蛋白在能量代谢中的贡献。 金属蛋白与蛋白质折叠与稳定性: 许多蛋白质的正确折叠和稳定性依赖于锌离子等金属离子的结合。金属离子的存在可以稳定蛋白质的三维结构,防止其聚集,并在必要时参与蛋白质的降解。 金属蛋白在发育与分化中的作用: 金属离子的稳态对于胚胎发育、干细胞分化以及组织器官的形成至关重要。金属的异常水平与多种发育异常和疾病相关。本书将探讨金属在这些过程中的调控机制。 第三部分:金属蛋白质组学在疾病诊断与治疗中的应用前景 本书的第三部分将目光投向金属蛋白质组学在解决人类健康问题中的巨大潜力。我们将通过深入分析,展示这一新兴领域如何为疾病的早期诊断、病理机制的阐明以及新型治疗策略的开发提供强大的工具。 金属异常与疾病: 许多疾病的发生发展都与体内金属元素的失衡密切相关。例如,阿尔茨海默病和帕金森病等神经退行性疾病被认为与大脑中特定金属(如铜、锌、铁)的异常积累或分布有关。癌症的发生也常常伴随着细胞内金属含量的改变,这些改变可能影响肿瘤细胞的增殖、迁移和转移。铁过载疾病(如血色病)和铜代谢异常疾病(如威尔逊病)更是直接由金属代谢紊乱引起。 金属蛋白质组学在疾病诊断中的应用: 通过分析患者体液(如血液、尿液)或组织样本中的金属蛋白谱,可以发现与特定疾病相关的生物标志物。例如,某些金属蛋白的表达水平或金属结合状态的变化,可能预示着疾病的早期发生,或者有助于区分疾病亚型。本书将介绍如何利用高通量金属蛋白质组学技术,开发更精准、更灵敏的疾病诊断方法。 金属蛋白质组学在病理机制研究中的应用: 深入理解疾病发生过程中金属蛋白的动态变化,有助于揭示疾病的分子机制。例如,分析肿瘤细胞中金属离子如何影响信号转导通路,或者研究炎症性疾病中金属蛋白的异常激活如何加剧炎症反应。这些研究成果将为开发靶向治疗奠定基础。 金属蛋白质组学与新药开发: 许多药物的设计都依赖于对靶点蛋白的深入理解。金属蛋白作为重要的药物靶点,其金属结合位点和功能区域为药物设计提供了新的思路。例如,开发能够螯合过量金属的药物,或者设计能够特异性抑制金属依赖性酶活性的分子。本书将探讨如何利用金属蛋白质组学信息,指导新药的发现和优化。 金属蛋白在精准医疗中的作用: 个体间的基因差异和生理状态差异可能导致金属代谢的个体化差异。金属蛋白质组学研究有望帮助我们理解这些个体差异,从而为患者提供更精准的治疗方案。 结论 《金属蛋白质组学:理解生命体系中的金属元素》是一部集理论、技术、应用为一体的力作。它不仅系统梳理了金属蛋白质组学的最新研究进展,更以其前瞻性的视角,展望了这一领域在未来生命科学和医学研究中的广阔前景。本书适用于对生命体系中的金属元素及其与蛋白质相互作用感兴趣的广泛读者,包括生物化学家、分子生物学家、细胞生物学家、医学研究者、药物化学家以及相关领域的学生。通过阅读本书,您将能够深刻理解金属离子在生命活动中的重要性,掌握解析金属蛋白质组学数据的先进技术,并为探索生命的奥秘、解决人类健康挑战提供全新的视角和强有力的工具。

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