Modeling Biological Systems

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出版者:
作者:Haefner, James W.
出品人:
页数:492
译者:
出版时间:2005-5
价格:$ 101.64
装帧:
isbn号码:9780387250113
丛书系列:
图书标签:
  • 生物建模
  • 系统生物学
  • 数学建模
  • 生物数学
  • 计算生物学
  • 生物动力学
  • 非线性动力学
  • 建模方法
  • 生物系统分析
  • 生物信息学
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具体描述

This is the second edition of a textbook currently published by Springer for a course in mathematical modeling and computer simulation for biologists at the advanced undergraduate and introductory graduate level. The audience for this edition is similar to that of the previous one: advanced level courses in computational biology, as well as researchers retooling themselves.

《细胞信号传导的分子机制》 本书导言 生命活动的复杂性,很大程度上依赖于细胞间以及细胞内部信号的精确传递和调控。细胞信号传导系统是生物体对内外部环境变化作出适应性反应的基础,其失调往往是癌症、神经退行性疾病和代谢综合征等多种疾病的根源。本书旨在系统、深入地剖析当前已知的、最为关键的细胞信号传导通路,聚焦于其分子层面的工作原理、关键组分的功能以及信号整合的复杂网络。我们力求超越对单一通路的简单描述,深入探讨信号如何在时间、空间维度上进行精确编码、放大和整合,最终驱动细胞命运的决定。 第一部分:基础概念与信号接收 第一章:信号转导的通用原理与组件 本章首先确立信号转导研究的理论框架,包括信号的产生、释放、跨膜传输、细胞内放大和最终的效应器激活。详细阐述信号分子(如激素、生长因子、细胞因子)的性质及其在特定微环境中的动态分布。随后,深入介绍信号转导网络中的核心分子机器:G蛋白偶联受体(GPCRs)家族的结构多样性、激活机制及其在不同生理过程中的角色。重点讨论GPCRs如何通过与异三聚体G蛋白的偶联,介导细胞对光、嗅觉、味觉以及内分泌信号的响应。 第二章:受体酪氨酸激酶(RTKs)驱动的信号网络 RTKs是调控细胞增殖、分化、存活和迁移的核心枢纽。本章详述RTK的结构特点,特别是其配体结合后发生的二聚化与自身磷酸化事件。随后,我们聚焦于最著名的两条下游通路:RAS-MAPK通路和PI3K-AKT-mTOR通路。对于RAS-MAPK通路,详细解析从RAS的GTP/GDP循环到最终转录因子激活的级联反应,并讨论其在细胞周期调控中的精确时序。对于PI3K-AKT通路,重点分析脂质激酶活性、PIP3的生成及其如何招募下游蛋白,特别是AKT的激活,并阐述其在细胞凋亡抑制和代谢重编程中的关键作用。 第三章:细胞因子与Janus激酶/信号转导及转录激活因子(JAK-STAT)通路 本章专门探讨由细胞因子和生长激素介导的信号传导,主要围绕JAK-STAT通路展开。我们阐释细胞因子受体(如白细胞介素受体)的结构特征及其如何招募和激活JAKs家族激酶。深入分析STATs蛋白如何被磷酸化、二聚化、核转位,并作为转录因子直接调控免疫应答和造血过程中的基因表达。同时,讨论STAT通路的负反馈调控机制,如SOCS蛋白的作用,以维持信号传导的稳态。 第二部分:信号整合与细胞内信使 第四章:重要的第二信使系统:环核苷酸与钙离子 信号的快速放大和跨膜传递依赖于细胞内信使。本章详细考察cAMP和cGMP的生成、降解以及其效应器PKA和PKG的作用机制。特别关注腺苷酸环化酶和磷酸二酯酶的生理调控。紧接着,深入研究细胞内钙离子(Ca²⁺)作为通用第二信使的复杂性。分析内质网和线粒体中钙库的动态变化,以及IP3受体和Ryanodine受体如何精确控制钙的释放与摄取。探讨钙离子如何通过钙调蛋白(CaM)及其下游激酶(如CaMKs)影响酶活性和细胞运动。 第五章:磷脂酰肌醇信号网络的高级调控 磷脂酰肌醇(PIs)信号网络是细胞膜区域信息传递的中心舞台。本章超越基础的PI3K活性,关注磷脂酶C(PLC)家族的激活及其水解PIP2产生DAG和IP3的过程。详细解析DAG如何激活蛋白激酶C(PKC)家族,阐述PKC亚型在不同细胞膜区室中的靶向性。同时,探讨不同磷脂酰肌醇激酶和磷酸酶如何通过磷酸化/去磷酸化修饰膜脂,精确定义信号转导的“身份标签”。 第六章:细胞骨架的动态调控与细胞运动 细胞信号的最终目标之一往往是改变细胞形态或运动。本章连接分子信号与细胞生物学。深入探讨Rho家族小GTPases(RhoA, Rac1, Cdc42)如何作为下游的“开关”,精确调控肌动蛋白、微管和中间纤维的装配与解聚。分析上游信号(如生长因子)如何激活GEFs和GAPs来控制Rho GTPases的活性周期,并阐述这些变化如何影响细胞的爬行、粘附和形态发生。 第三部分:信号网络的交叉与调控失衡 第七章:信号通路的交叉、反馈与逻辑门 现实中的信号传导并非孤立的线性通路,而是高度互联的网络。本章侧重于信号的整合机制。分析不同通路组分(如MAPK激酶和AKT)如何磷酸化共同的下游靶点,实现信号的“加法”或“乘法”效应。深入探讨负反馈和正反馈回路在维持系统稳定性中的作用,例如通过激酶磷酸化激活上游的抑制因子,或通过转录因子激活其自身的降解酶。本章运用系统生物学的视角,探讨细胞如何构建出类似于逻辑门(如“与门”、“或门”)的行为,以实现对复杂刺激的精准响应。 第八章:表观遗传修饰与转录因子调控 本章将信号传导的瞬时效应延伸至基因表达的长期调控。探讨关键信号通路(如Wnt、Hedgehog)如何影响染色质重塑。详述信号激活的激酶如何靶向组蛋白修饰酶(如组蛋白乙酰转移酶HATs和组蛋白去甲基化酶HDMs),从而改变基因的转录活性。重点分析信号通路如何调控关键转录因子(如NF-κB, c-Myc)的核内稳定性和DNA结合特异性,以及这些机制如何影响细胞的身份维持和疾病发生。 第九章:信号传导的失衡:疾病机制的分子基础 本章应用前述理论,剖析信号传导异常在人类疾病中的核心作用。癌症领域:系统回顾RTK和RAS突变如何导致信号通路持续激活(“永不关闭的开关”),以及肿瘤抑制通路(如PTEN/PI3K/AKT轴)的失活。代谢疾病:探讨胰岛素抵抗中,信号通路(如IRS蛋白的异常磷酸化)如何受损,导致葡萄糖代谢的障碍。神经退行性疾病:分析信号失衡(如Tau蛋白过度磷酸化或炎症信号通路失调)如何导致神经元功能障碍和死亡。 结论与展望 本书以对信号传导研究未来方向的展望作结。强调单分子生物学技术、高通量组学分析(如磷酸化蛋白质组学)以及先进的活细胞成像技术如何为我们揭示更深层次的调控细节。未来的研究将更侧重于跨膜蛋白与细胞内骨架及细胞核之间的动态互作,以及如何设计出靶向特定信号交叉点的精准药物。 读者对象 本书适合于生物化学、分子生物学、细胞生物学、生物医学工程以及药理学领域的高年级本科生、研究生、博士后研究人员以及致力于深入理解生命过程的科研工作者。阅读本书需要具备基础的分子生物学知识。

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读后感

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我对这本探讨**《高精度机械设计中的公差配合与几何量控制》**的书籍感到非常满意,它完全符合工程实践的要求,兼顾了理论的严谨性与操作的实用性。全书结构非常清晰,从基础的测量误差理论出发,逐步过渡到各种复杂的几何尺寸和形状公差(GD&T)标准体系的解读。作者在讲解如何选择合适的基准和建立合理的检测方案时,提供了大量实际的工程案例,这些案例不仅仅展示了“如何做”,更重要的是解释了“为什么这样做是最佳选择”。尤其值得称赞的是,作者对“最小化/最大化材料原则”的阐述极其透彻,帮助读者理解了在不同工况下如何平衡制造成本与零件功能需求。书中的图表绘制规范、准确,结合文字描述,使得那些抽象的公差带图示变得一目了然。对于任何从事精密仪器制造、模具设计或者质量控制的工程师而言,这本书无疑是一部可以随时翻阅的“案头宝典”,能有效提升设计和检验的专业水准。

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读完这本**《中世纪欧洲艺术史:从罗曼式到哥特式转型》**,我仿佛穿越回了那个信仰与理性激烈碰撞的时代。这本书的视角非常独特,它拒绝将艺术史简单地视为风格的演变,而是将其置于社会结构、神学思辨和技术进步的交叉点上进行考察。作者对光线在哥特式教堂建筑中所扮演的“神圣象征”的角色进行了深入的解构,不仅仅分析了飞扶壁和肋拱的结构力学意义,更探讨了它们如何服务于“天堂之光”的神学理念。书中对修道院抄本的插图分析也极其到位,从早期的抽象符号到晚期对自然形态的细致描摹,清晰地揭示了知识传播方式的变革。更难能可贵的是,作者善于将艺术家的个体创作与当时城市的经济活力和行会制度联系起来,使得整个历史叙事立体而饱满。语言风格典雅而富于感染力,读起来毫不费力,却又让人回味无穷。

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这本书的**《宏观经济学原理与政策分析》**的质量简直令人惊叹,它颠覆了我对标准教科书的刻板印象。作者并没有采用那种枯燥的、基于静态均衡的叙述方式,而是从一开始就将视角锁定在动态调整和冲击响应上。书中对“理性预期”和“真实商业周期理论”的阐述,清晰地勾勒出了宏观经济波动的内在机制。最让我印象深刻的是关于财政政策有效性的讨论,作者不仅仅罗列了简单的乘数效应,而是引入了跨期预算约束和代际公平的概念,对不同的政策工具(如减税、增加政府支出)在不同经济阶段的长期效果进行了细致的对比分析。阅读过程中,我感觉自己不仅仅是在学习理论,更像是在参与一场高水平的政策辩论。作者的语言风格非常犀利,观点鲜明,时常能看到他对传统凯恩斯主义和新古典学派核心假设的有力批判和修正。对于任何想要深入理解现代宏观经济政策制定逻辑的人来说,这本书是必不可少的参考读物。

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我最近翻阅了一本关于**《复杂系统动力学》**的书籍,这本书的视角非常独特,它没有拘泥于传统的线性模型,而是深入探讨了非线性、涌现现象以及系统层次之间的相互作用。作者在引言部分就明确指出,许多生物现象的本质在于其内在的反馈回路和参数的敏感依赖性,这一点在后续的章节中得到了充分的论证。比如,在讨论细胞信号传导网络时,作者详细分析了多个关键激酶的磷酸化-去磷酸化循环如何共同决定细胞命运的切换点,并引入了拓扑学的方法来识别网络中的“瓶颈”和“枢纽”。阅读过程中,我尤其欣赏作者对于数学工具的驾驭能力,他能够将高深的微分方程和随机过程理论,以一种直观且富有启发性的方式呈现出来,使即便是对纯数学不太熟悉的读者也能领会其背后的物理或生物学含义。书中还花了大量的篇幅来介绍计算模拟技术,并提供了多个开源代码示例,这对于希望将理论付诸实践的研究者来说,无疑是巨大的福音。整本书的行文流畅,逻辑严密,是一本非常值得反复研读的深度教材。

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我最近接触了一本关于**《量子信息与纠缠理论》**的著作,这本书的深度和广度都远远超出了我的预期。它不仅仅是一本理论导论,更像是一份详尽的“工具箱”,为理解未来计算范式提供了坚实的基础。开篇对希尔伯特空间和算符代数的复习部分做得很扎实,为后续引入量子比特和量子门操作铺平了道路。随后,作者对贝尔不等式的实验验证和各种纠错码(如表面码和Steane码)的介绍,逻辑性极强,层层递进。特别是在处理“退相干”这一核心难题时,作者并没有回避其复杂性,而是通过引入马尔可夫过程和密度矩阵,清晰地展示了环境噪声如何逐步破坏量子态的纯粹性。这本书的排版和图示设计也非常精良,复杂的张量积运算和路径积分的图像化表达,极大地降低了理解难度。对于希望从物理学基础迈向前沿工程应用的读者来说,这本书提供了完美的桥梁。

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