《中國藥學菌種目錄(2004版)》分為4個部分，即：細菌、放綫菌、酵母菌、真菌，共36個屬290個種。菌種的學名按拉丁字母順序編排，每一學名附有中文譯名。菌株號前冠有本中心的英文縮寫( CPHCC)，對每株菌盡量注明其來源、特性、用途、培養基、溫度。目錄中分類單元的學名主要依據(Bergey's Manual of SystematicBacteriology》 第九版，蔡妙英等主編的《細菌名稱》第二版（ 科學齣版社， 1996年） 和《真菌名詞及名稱》（ 科學齣版社， 1986年）。《中國藥學菌種目錄(2004版)》還包括5個附錄：附錄一：培養基，附錄二： 菌株編號索引，附錄三：菌株中文名稱索引，附錄四：抗生素中文索引，附錄五：抗生素英文索引。
《中國藥學菌種目錄(2004版)》是在國傢科技部科技基礎工作專項基金的資助下齣版的。
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