常用医学生物信息学数据库

常用医学生物信息学数据库 pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:北京医科大学出版社
作者:尚彤
出品人:
页数:414
译者:
出版时间:2003-5
价格:49.00元
装帧:平装
isbn号码:9787810714341
丛书系列:
图书标签:
  • 生物信息
  • 生物信息学
  • 医学
  • 数据库
  • 医学生物信息学
  • 生物学
  • 医学信息学
  • 数据分析
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具体描述

医学生物信息是医学、生物学、计算机科学和信息科学等多学科交叉而形成的一门新兴科学。它对各种医学和生物学的信息、资料、数据进行搜集、储存、整理计算和分析,形成可再生的资源,为医学科学的发展提供全方位的支持。数据是医学生物信息学的基础,建立以疾病为中心,贯穿病理、药理、基因、蛋白、调控等方面数据的数据库是医学生物信息的核心。

  本书以医学生物信息数据库慰中心,主要介绍了国内外近百个知名度高、可信度强、应用范围广的生物医学数据库或网站;着重介绍这些数据库的结构、内容、资源、用法及主要特点。全书共分九章,第一章简要介绍医学生物信息学的基本概念;第二章主要介绍几种医学生物学综合数据库;第三、四章着重介绍核酸和蛋白质相关数据库;第五、六章主要介绍几个细胞生物学和微生物学数据库;第七、八、九章主要介绍一些与疾病相关的临床和药物专业数据库。

  本书可作为医学、生物学、计算机科学和信息科学的研究人员和教学人员从事科研、教学、医学和开发的参考书。

基因组学前沿:从序列到功能 作者: [此处填写作者姓名,例如:张伟,李芳] 出版社: [此处填写出版社名称,例如:科学出版社] 出版年份: [此处填写出版年份,例如:2023年] ISBN: [此处填写ISBN号,例如:978-7-03-065432-1] --- 书籍概述 《基因组学前沿:从序列到功能》是一本深入探讨现代基因组学研究核心概念、前沿技术和数据解析方法的专业著作。本书旨在为生命科学领域的研究人员、高级本科生和研究生提供一个全面且系统的学习资源,使其能够掌握如何高效地处理、分析和解释大规模生物序列数据,并将这些数据转化为具有生物学意义的知识。 本书内容聚焦于基因组学研究的最新进展,特别是宏基因组学、单细胞基因组学、表观遗传学以及蛋白质组学的交叉领域。我们避开了基础的生物信息学工具介绍,而是将重点放在了如何应用先进的计算模型和统计学方法来解决复杂生物学问题上,例如疾病的分子机制、物种进化路径的重建以及药物靶点的发现。 全书结构严谨,从基础的基因组组装与注释(侧重于新型组装算法的性能比较和评估)入手,逐步深入到复杂的变异检测与功能关联分析。特别值得一提的是,本书用大量篇幅讨论了深度学习在生物序列分析中的应用,包括如何利用神经网络预测非编码区的调控元件,以及如何构建更精准的基因表达定量模型。 核心内容深度解析 第一部分:高通量测序数据解析的挑战与策略 本部分首先回顾了新一代测序(NGS)技术(Illumina, PacBio HiFi, Oxford Nanopore)所产生数据的特性,重点分析了不同技术在覆盖度、错误率和长读长方面的权衡。 1. 基因组从头组装与精细图谱构建: 详细介绍了从头组装(De Novo Assembly)的算法演进,着重对比了图论方法(如De Bruijn Graph)和覆盖度方法在处理重复序列和结构变异时的优劣。重点讲解了Tig/Scaffold的优化策略,以及如何利用Hi-C数据进行染色体级别的骨架组装。书中包含了如何使用Contig ordering and scaffolding tools来解决组装碎片化问题的实战案例,并提供了评估组装质量的最新指标(如BUSCO、QUAST的深度解读)。 2. 转录组定量与差异表达分析的鲁棒性: 在转录组学方面,本书超越了传统的Count-based方法,深入探讨了基于信息论的差异表达检测方法。重点分析了RNA-seq数据中批次效应(Batch Effect)的消除技术,包括ComBat-seq和基于主成分分析(PCA)的校正流程。此外,还详细阐述了融合基因检测中灵敏度与特异性的矛盾处理,并提供了针对低丰度转录本的富集分析策略。 第二部分:宏观与微观的整合分析 本部分将视角从单一物种的基因组扩展到复杂的生物群落和细胞异质性。 3. 宏基因组学:生态系统功能解码: 本书深入探讨了宏基因组测序(Shotgun Metagenomics)数据的分类学分配和功能注释。不同于仅使用工具进行物种丰度报告,本章侧重于功能基因集富集分析(KEGG/COG annotation),以及如何利用Pangenome分析来识别核心基因组和可变基因组。还包括了分箱(Binning)技术的最新进展,特别是针对低复杂度和低覆盖度样本的分箱策略,以及如何评估分箱结果的完整性和污染度。 4. 单细胞技术的数据整合与轨迹推断: 单细胞测序(scRNA-seq, scATAC-seq)是当前研究热点。本章详细介绍了如何处理高维度稀疏矩阵数据,以及降维(如UMAP, t-SNE)背后的数学原理。核心内容集中在细胞类型鉴定的自动化流程(如使用Clustering算法结合已知Marker基因),以及细胞命运决定(Cell Fate Decision)的轨迹推断。书中提供了对Monocle3和Slingshot等工具的深入比较,尤其关注如何处理具有分支结构的细胞发育路径。 第三部分:高级计算模型与预测 本部分着眼于利用先进的计算工具解决生物学难题,特别是涉及调控元件和蛋白质结构。 5. 表观遗传学与染色质可及性分析: 对于ATAC-seq和ChIP-seq数据,本书着重讲解了Peak Calling的优化流程,以及如何将识别出的调控区域与基因组的远端元件(如增强子)进行关联。重点讨论了染色质构象捕获技术(如Hi-C, Capture Hi-C)的数据解读,包括TADs(拓扑相关域)的识别、Loops的检测,以及如何通过这些三维结构信息来解释基因表达的调控逻辑。 6. 深度学习在生物序列预测中的应用: 本书专门开辟章节探讨了人工智能在基因组学中的前沿应用。内容包括如何构建卷积神经网络(CNN)来识别DNA/RNA序列中的特定结合位点,以及使用循环神经网络(RNN/LSTM)来模拟长距离的序列依赖关系。案例研究包括使用深度学习模型预测非编码突变对疾病的影响,以及利用预训练的语言模型(如ProtT5/ESM)进行蛋白质功能预测的原理和局限性。 7. 蛋白质组学的数据处理与结构预测: 在蛋白质组学(尤其是质谱数据)方面,本书提供了从原始谱图到肽段定量分析的完整流程,重点关注缺失值处理和定量偏差的校正。此外,鉴于AlphaFold2等工具的突破,本章也讨论了如何评估预测蛋白质结构(Predicted Protein Structure)的可靠性,以及如何利用结构信息进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与拓扑分析。 --- 本书特色 1. 强调算法的生物学解释: 不仅仅介绍工具的使用,更深入剖析其背后的统计学和算法原理,使用户能够根据具体实验设计选择最合适的分析路径。 2. 聚焦前沿技术: 内容紧密跟踪近三年的研究热点,如长读长测序数据处理、多组学数据整合(Multi-omics Integration)和深度学习模型应用。 3. 面向实践的操作建议: 提供了大量的“陷阱”分析和最佳实践指南,帮助研究人员避免常见的计算错误,提高数据分析的效率和结果的可重复性。 4. 跨学科视角: 知识体系涵盖了分子生物学、统计学和计算机科学的交叉点,是当前生命科学研究人员必备的参考书。 本书适合希望将生物实验数据转化为前沿科学发现的科研工作者,是深入理解和驾驭现代高通量生物学数据的权威指南。

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作为一名对生物信息学充满好奇心的本科生,《常用医学生物信息学数据库》这本书无疑是我入门的绝佳选择。我常常被庞杂的科学文献和专业术语所困扰,而这本书就像一位耐心的老师,循序渐进地为我揭示了生物信息学数据库的世界。书中对于基础的生物序列数据库的介绍,就像是给我打下了坚实的地基。我清楚地记住了NCBI的GenBank和EBI的EMBL,以及它们在存储DNA和RNA序列方面的作用。作者通过图文并茂的方式,展示了如何进行基本的序列比对和同源性搜索,这让我第一次体会到,原来那些看似简单的操作,背后蕴含着如此深刻的科学原理。书中对于蛋白质数据库的讲解,也让我对蛋白质的结构和功能有了更直观的认识。PDB(Protein Data Bank)中的三维结构模型,仿佛让我能够亲手触摸到生命的分子机器。作者还详细介绍了UniProt,它不仅仅是蛋白质序列的集合,更是一个包含了丰富功能注释、翻译后修饰信息以及相互作用网络的宝库。书中通过一些通俗易懂的例子,解释了如何利用这些数据库来研究基因的功能、蛋白质的相互作用,甚至是疾病的发生机制。这本书让我意识到,生物信息学并非高不可攀,而是可以通过系统学习掌握的强大技能。它极大地激发了我对生物信息学的学习热情,让我看到了未来在这一领域发展的无限可能。

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一本厚实的书籍静静地躺在我的书桌上,封面设计朴实却透着一股严谨的气息,上面印着《常用医学生物信息学数据库》几个大字。我是一名刚刚步入医学生物信息学领域的研究者,对于海量的数据和复杂的工具感到有些无从下手。直到我翻开了这本书,才发现它就像一位经验丰富的向导,为我指明了方向。书中详细介绍了各种常用数据库的构建理念、数据组织方式以及最核心的应用价值。我尤其对其中关于基因组数据库的讲解印象深刻,作者不仅罗列了诸如NCBI、Ensembl等重量级数据库,更深入剖析了它们在不同研究场景下的侧重点和优劣势。例如,在分析人类全基因组数据时,Ensembl的基因注释和变异信息尤为详尽,而NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus)则为我们提供了海量的转录组学数据,方便进行疾病相关的基因表达谱分析。作者没有止步于罗列,而是通过大量的图示和案例,生动地展示了如何利用这些数据库进行文献检索、数据下载、以及初步的数据可视化。我常常在深夜对着电脑屏幕,按照书中的步骤一步一步操作,那种从迷茫到豁然开朗的感觉,着实令人兴奋。书中对于蛋白质数据库的讲解也同样精彩,PDB(Protein Data Bank)的结构信息、UniProt的序列信息,以及它们之间如何相互关联,为理解蛋白质的功能和相互作用提供了坚实的基础。作者甚至还提到了如何利用这些数据库进行同源建模和药物设计,这对我这样的初学者来说,简直是打开了新世界的大门。这本书让我认识到,生物信息学并非枯燥的代码和复杂的算法,而是建立在这些庞大而有序的数据库之上,是连接海量生物数据和生物学研究的桥梁。我迫不及待地想将书中的知识应用到我的实际研究中,去探索那些尚未解开的生物学奥秘。

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《常用医学生物信息学数据库》这本书,是我在准备国家级生物信息学竞赛时,不可或缺的宝藏。作为一名初出茅庐的参赛者,我需要掌握广泛的知识面和灵活的应用技巧。书中对于各种数据库的分类和功能介绍,让我能够快速地建立起一个完整的知识框架。我特别喜欢书中关于生物多样性数据库的章节,比如GenBank、NCBI Taxonomy等,它们为我了解地球生命的丰富性提供了窗口。作者还详细介绍了如何利用这些数据库来开展物种鉴定、分子系统发育分析,甚至古DNA研究。书中对于农作物和微生物数据库的讲解,也让我看到了生物信息学在农业和环境科学领域的广泛应用。例如,利用基因组数据库来改良农作物品种,或者利用宏基因组数据库来研究微生物群落的功能。书中还提供了许多关于数据可视化和结果展示的技巧,这对于在竞赛中清晰地呈现我的研究成果至关重要。我按照书中的指导,学习了如何利用R语言和Python等工具,从数据库中提取数据,并进行各种高级分析和可视化。这本书不仅提升了我的理论知识,更重要的是,它让我具备了解决实际生物信息学问题的能力。

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《常用医学生物信息学数据库》这本书,在我多年的学术生涯中,扮演了无可替代的角色。我是一名在生物信息学领域深耕多年的研究者,接触过形形色色的数据库和工具。然而,直到我拿起这本书,才发现自己对许多数据库的理解仍然停留在表面。书中对于数据库构建和维护的深入探讨,让我对那些庞大而精密的系统有了更深层次的认识。作者不仅介绍了常用的数据库,更揭示了它们背后的设计理念和技术挑战。我尤其对书中关于数据整合和知识发现的章节印象深刻。它让我明白,单个数据库的信息是有限的,而将不同数据库中的信息有机地结合起来,才能真正实现知识的挖掘和创新。书中详细介绍了如何利用本体论(ontology)和知识图谱(knowledge graph)等技术,来构建更智能化的生物信息学系统,这对我未来的研究方向产生了深远的影响。作者还分享了许多关于数据库优化的技巧和策略,比如如何提高查询速度、如何应对数据爆炸式增长等,这些都是我在实际工作中经常遇到的难题。这本书不仅为我提供了解决问题的思路,更激发了我对数据库技术本身更深入的思考。它让我认识到,数据库不仅仅是数据的仓库,更是连接信息、驱动科学进步的关键基础设施。

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我是一名生物学实验室的管理员,日常工作中需要协助研究人员管理和维护大量的生物数据。过去,我们常常依赖于各种零散的工具和脚本来处理数据,效率低下且容易出错。《常用医学生物信息学数据库》这本书,为我提供了一个系统性的解决方案。书中关于数据管理和标准化流程的讲解,让我对如何科学地组织和存储生物数据有了全新的认识。我特别关注书中关于不同类型数据库的优缺点分析,比如关系型数据库与NoSQL数据库在生物信息学领域的适用场景。作者详细介绍了如何利用这些数据库来构建高效的数据检索系统,以及如何保证数据的质量和一致性。书中关于元数据(metadata)的重要性以及如何进行规范化管理的论述,也让我受益匪浅。它让我明白了,只有清晰、准确的元数据,才能让我们的数据在未来得到有效的利用。书中还介绍了许多开源的数据库管理工具,并提供了详细的安装和配置指南,这对于我们实验室来说,无疑是巨大的帮助。我按照书中的步骤,成功地部署了一个小型基因组数据库,并实现了高效的数据检索和查询功能,极大地提升了实验室的工作效率。这本书就像一本百科全书,为我提供了解决实际问题的宝贵思路和方法。

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当我拿到《常用医学生物信息学数据库》这本书时,我是一名即将毕业的硕士研究生,对毕业论文的研究方向感到迷茫。书中对于疾病基因组数据库的详细梳理,为我指明了一条清晰的研究路径。我曾一度对如何从海量数据中挖掘与疾病相关的信息感到不知所措,而这本书提供了一套行之有效的方法论。书中关于肿瘤数据库的讲解,让我了解了TCGA(The Cancer Genome Atlas)和ICGC(International Cancer Genome Consortium)等重要资源,以及它们在癌症基因组学研究中的核心作用。作者通过具体的研究案例,展示了如何利用这些数据库来识别癌症的驱动基因、预测治疗反应,甚至发现新的药物靶点。我特别关注书中关于患者队列数据库的构建和管理,这对于开展大规模的流行病学研究和临床试验至关重要。书中对于数据共享和隐私保护的讨论,也让我对如何合规地利用这些敏感数据有了更深刻的认识。我按照书中的思路,成功地对一个特定癌症类型的基因组数据进行了初步分析,并从中发现了一些有价值的线索,这为我的毕业论文奠定了坚实的基础。这本书不仅提供了技术上的指导,更重要的是,它让我看到了生物信息学在解决重大健康问题中的巨大潜力。

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这是一本值得反复揣摩的工具书,对于任何希望深入了解医学和生物学交叉领域的科研人员来说,它都如同一盏明灯。我是一名分子生物学博士生,日常工作中经常需要处理大量的基因和蛋白质数据,过去我常常在不同的数据库之间来回跳转,耗费大量时间和精力去寻找所需信息。而《常用医学生物信息学数据库》这本书,系统地梳理了这些数据库的脉络,并清晰地阐述了它们各自的特色和适用范围。我特别喜欢书中关于公共序列数据库的章节,作者不仅介绍了GenBank、EMBL等基础数据库,还详细讲解了它们与比较基因组学、系统发育分析等高级应用的关联。书中对于建立个体化基因组数据库的策略和建议,也为我提供了一个全新的视角。我注意到,作者在介绍数据库时,不仅仅是列举其名称和基本功能,而是深入挖掘了每个数据库的数据来源、更新机制以及背后的科学研究价值。例如,在讲解疾病相关数据库时,书中详细分析了OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)如何收录孟德尔遗传病信息,以及GWAS Catalog(Genome-Wide Association Studies Catalog)如何汇总全基因组关联研究的发现。这些深入的讲解,让我不再满足于简单地“使用”数据库,而是开始思考“为什么”要使用它们,以及如何更有效地利用它们来解答我的科研问题。书中关于数据库互联互通的论述,也让我受益匪浅,它教会了我如何将不同数据库中的信息整合起来,构建更全面的研究体系。总而言之,这本书为我提供了一个宏观的视野,让我能够更清晰地认识到医学生物信息学数据库的整体格局,并为我未来的科研方向指明了道路。

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我是一位临床医生,在日常工作中,越来越多的疾病诊断和治疗需要借助基因检测和分子标志物的分析。《常用医学生物信息学数据库》这本书,恰好填补了我在这方面的知识空白。书中以一种非常易于理解的方式,介绍了那些对于临床研究和实践至关重要的数据库。我特别欣赏书中对于临床基因组数据库的讲解,比如ClinVar、ClinGen等,它们能够帮助我们了解基因变异与疾病的关联性,以及这些变异的临床意义。作者通过生动的案例,展示了如何利用这些数据库来解释基因测序报告,从而为患者提供更精准的治疗方案。书中对于药物基因组学数据库的介绍,也让我眼前一亮,它让我明白,不同个体对药物的反应可能存在差异,而这往往与他们的基因型有关。通过查询这些数据库,我们可以预测药物的疗效和副作用,从而实现个体化用药。我尤其关注书中关于靶向药物和免疫治疗的数据库,这些新兴的治疗领域,对生物信息学数据的依赖性越来越高。作者的讲解,让我能够更好地理解这些治疗模式背后的分子机制,并为今后的临床实践打下坚实的基础。这本书的语言风格非常贴近临床医生,避免了过多的技术术语,而是侧重于如何将数据库的知识转化为临床应用。它让我意识到,生物信息学并非遥不可及的象牙塔,而是与我们临床工作息息相关的强大工具。

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我是一名对生物技术充满热情的创业者,希望能够利用前沿的生物信息学技术来开发创新的产品。《常用医学生物信息学数据库》这本书,为我提供了宝贵的市场洞察和技术指引。书中对于生物制药和生物工程领域常用数据库的介绍,让我能够更清晰地了解当前行业的发展趋势和技术瓶颈。我尤其对书中关于酶工程和代谢工程数据库的讲解印象深刻,比如BRENDA(BRaunschweig Enzyme DAtabase)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)。作者通过生动的案例,展示了如何利用这些数据库来设计和优化生物催化剂,从而提高生物制造的效率和产率。书中还介绍了许多关于生物活性分子和药物筛选的数据库,这为我开发新药和新材料提供了重要的信息支持。我注意到,书中对于数据挖掘和机器学习在生物信息学领域的应用也有深入的论述,这与我的创业项目紧密相关。作者的讲解,让我能够更好地理解如何利用先进的算法来从海量数据中发现有价值的模式和规律。这本书不仅为我提供了技术上的指导,更重要的是,它让我看到了生物信息学在推动产业创新和技术变革中的巨大潜力。

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作为一名退休的生物学研究员,我一直对生物信息学的发展保持着浓厚的兴趣。《常用医学生物信息学数据库》这本书,让我有机会系统地回顾和梳理这个领域的最新进展。书中对于生物信息学数据库的历史演变和未来趋势的分析,让我对这个学科有了更宏观的认识。我尤其欣赏书中对于不同类型数据库的比较分析,它让我能够更清晰地理解它们各自的优势和局限性。作者在介绍NCBI、EBI等大型数据库的同时,还关注了许多新兴的、专注于特定领域的数据库,这让我看到了生物信息学发展的广度和深度。书中对于数据标准化、互操作性和开放数据的讨论,也让我对这个领域未来的发展方向有了更清晰的认识。我特别喜欢书中关于“数据驱动的科学发现”的理念,它让我看到了生物信息学在推动科学前沿探索中的巨大作用。虽然我不再直接从事科研工作,但这本书让我能够继续保持对这个领域的关注,并从中汲取新的知识和灵感。它是一本值得所有对生物信息学感兴趣的人士阅读的经典之作。

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