简明生物信息学教程

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出版者:化学工业出版社
作者:张革新
出品人:
页数:178
译者:
出版时间:2006-6
价格:25.00元
装帧:简裝本
isbn号码:9787502584047
丛书系列:
图书标签:
  • 生物信息学
  • 计算生物学
  • 基因组学
  • 蛋白质组学
  • 生物统计学
  • 序列分析
  • 进化树
  • 数据库
  • 算法
  • Python
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具体描述

本书力求全面介绍生物信息学的基本知识,侧重于生物信息学研究方法的培养。本书内容紧紧围绕应用的目的,尽可能做到深入浅出,同时也有适量的理论推导,使读者能在理解的基础上掌握各种方法的适用条件、应用范围、优缺点等。对提高初学者在生物信息学研究过程中思考和解决问题的能力有极大的帮助。本书可供高校生物、化学、制药等专业作为教材,也可供其他相关专业作为参考书。

  全书主要分为四部分:①计算机技术;②网络资源及其利用(包括核酸序列分析,蛋白质序列分析,基因组数据库);③生物信息学数据挖掘方法(统计方法,模式识别,分子模拟,结构和功能预测);④生物信息学研究实例(脯氨酸的生物信息学研究,二硫键的生物信息学研究,a-淀粉酶的生物信息学研究)。

《洞悉生命蓝图:从宏观到微观的科学之旅》 这是一本旨在带领读者穿越浩瀚的生命科学领域,从最宏观的生态系统运作,到微观的分子机制,再到前沿的基因工程与疾病治疗,全面认知生命奥秘的科普读物。本书不侧重于特定技术或学科的深度训练,而是致力于构建一个广阔的知识框架,让读者理解生命现象是如何相互关联、层层递进的。 第一部分:宏观生命的脉络——地球生态的和谐交响 本部分将带领读者跳出实验室的显微镜,放眼整个地球的生命网络。我们将从宏观的视角出发,探索地球上丰富多样的生态系统,了解它们是如何在气候、地貌、水文等环境因素的影响下形成独特的生命群落。 生态系统的构成与运作: 从生物多样性的角度出发,我们会介绍不同的生态系统类型,例如热带雨林、草原、沙漠、海洋、淡水湿地等,并深入剖析它们内部的能量流动和物质循环。我们将理解生产者、消费者、分解者在食物链和食物网中的角色,以及它们如何共同维持生态系统的稳定与平衡。比如,在草原生态系统中,我们会探讨草食性动物如何控制植被生长,而食肉动物又如何调控草食性动物的数量,整个过程如同一个精密的自然调控机制。 生物多样性的价值与威胁: 本节将强调生物多样性对于地球健康的极端重要性,它不仅是自然界的宝贵财富,更是人类赖以生存的基础。我们将探讨物种灭绝的原因,如栖息地破坏、外来物种入侵、过度捕捞和污染等,并分析这些威胁对生态系统稳定性和人类社会发展造成的潜在影响。同时,我们也会介绍保护生物多样性的重要性和一些行之有效的措施,例如建立自然保护区、恢复受损生态系统等。 气候变化与生命适应: 随着全球气候的不断变化,各种生物正面临着前所未有的挑战。本部分将详细阐述气候变化对不同生态系统和物种的影响,包括温度升高、降水模式改变、海平面上升等。我们将探讨生物体为了适应这些变化所展现出的神奇能力,例如迁徙、物候改变、基因变异等。同时,我们也将关注那些无法适应变化的物种所面临的危机,以及气候变化如何加剧生物多样性的丧失。 人类活动与生态足迹: 作为地球上最具影响力的物种,人类活动对生态系统的改变最为显著。本节将深入剖析人类活动,如农业、工业化、城市化等,对自然环境造成的各种影响,并引入“生态足迹”的概念,帮助读者理解我们对地球资源的消耗程度,以及如何通过可持续发展的方式,减缓对环境的压力。 第二部分:微观生命的奥秘——分子层面的精巧设计 从宏观的生态系统视角转向微观的生命本质,本部分将带领读者探索生命最基本的构成单位——细胞,以及支配生命活动的分子机器。 生命的基石:细胞的结构与功能: 我们将从细胞的结构入手,介绍真核细胞和原核细胞的主要组成部分,如细胞膜、细胞质、细胞核、细胞器(线粒体、叶绿体、内质网、高尔基体等)的形态和功能。读者将了解到细胞是如何完成能量产生、物质合成、信息传递等生命活动,并理解细胞是构成所有生命体的基本单元。我们将以一个精密的工厂来比喻细胞,每个细胞器都扮演着不可或缺的角色,共同维持着细胞的生命活动。 遗传信息的载体:DNA与RNA的舞蹈: DNA是生命的蓝图,它包含了所有遗传信息。本节将深入浅出地介绍DNA的分子结构(双螺旋)、复制机制以及基因的概念。我们将学习DNA如何决定生物体的性状,以及基因的表达过程,即DNA信息如何被转录成RNA,再翻译成蛋白质。RNA作为DNA的信使,其多样的形式和功能也将得到介绍。 生命的执行者:蛋白质的多样性与功能: 蛋白质是执行生命活动的关键分子。本部分将详细阐述蛋白质的复杂结构(一级、二级、三级、四级结构),以及不同结构如何决定蛋白质的功能。我们将了解蛋白质在催化生化反应(酶)、传递信号、运输物质、构成细胞结构等方面的作用。以酶为例,我们会探讨其高效的催化机制,以及在代谢过程中扮演的核心角色。 能量的转换与传递:细胞呼吸与光合作用: 生命活动离不开能量。本节将详细介绍细胞如何从食物中获取能量(细胞呼吸),以及植物如何利用光能合成有机物(光合作用)。我们将理解这些过程中的关键分子和生化反应,了解能量是如何在细胞内被有效利用和储存的,从而驱动生命体的各种活动。 第三部分:现代生命的探索——科技赋能的未来 在理解了生命的基本原理之后,本部分将聚焦于现代科技如何以前所未有的方式,帮助我们更深入地探索和改造生命。 基因编辑的魔力:CRISPR-Cas9及其应用: CRISPR-Cas9技术的出现,极大地推动了基因编辑的进程。本节将介绍CRISPR-Cas9的工作原理,以及它如何实现对基因的精确修改。我们将探讨这项技术在基础研究、农业育种、疾病治疗等领域的广泛应用前景,同时也关注其伦理和社会层面的挑战。 合成生物学:从组装到创造生命: 合成生物学旨在设计和构建新的生物部件、设备和系统,或重新设计已有的自然生物系统。本部分将介绍合成生物学的基本概念,以及如何通过工程化的方法,设计和制造具有特定功能的生物体。我们将探索其在药物生产、生物燃料、环境修复等领域的巨大潜力。 疾病的分子机制与精准医疗: 许多疾病的根源在于基因的突变或分子信号通路的异常。本节将从分子水平解析一些常见疾病的发病机制,例如癌症、遗传性疾病等。在此基础上,我们将介绍精准医疗的概念,即根据个体的基因信息和疾病特征,制定个性化的治疗方案,以提高疗效并减少副作用。 生命信息的解读与应用: 随着基因组测序技术的飞速发展,我们能够以前所未有的规模解读生命信息。本部分将介绍基因组学、转录组学、蛋白质组学等“组学”技术,以及它们如何帮助我们理解复杂的生命过程。我们将探讨这些海量数据如何被分析和利用,从而推动生命科学的研究和应用。 结语 《洞悉生命蓝图:从宏观到微观的科学之旅》并非一本枯燥的技术手册,而是一场引人入胜的科学冒险。它以通俗易懂的语言,结合生动的案例和形象的比喻,带领读者跨越学科界限,从宏观的生态系统到微观的分子世界,再到前沿的科技应用,全方位地认识生命的奥秘。无论您是初学者,还是希望拓展视野的科学爱好者,本书都将为您打开一扇理解生命世界的崭新窗口,激发您对生命科学的无限好奇与探索热情。本书希望传递的,是对生命本身深邃而又美好的敬畏,以及对科学探索永不止步的激励。

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读后感

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用户评价

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我对这本书的语言风格有着非常复杂的感受。一方面,它力求“简明”,语言简洁有力,没有过多的文学修饰,直奔主题,这在处理严谨的科学内容时无疑是高效的。然而,在某些涉及到特定算法细节的描述上,我个人觉得它略显过于精炼,以至于初次接触这些概念的读者可能会感到信息密度过高,需要反复阅读才能完全消化。例如,在讲解如何评估统计学显著性时,对于P值和FDR(错误发现率)的解释,虽然准确,但如果能再增加一两个对比鲜明的应用案例来辅助说明它们在不同情境下的选择倾向,效果可能会更佳。这或许是“简明”所必须付出的代价,即牺牲部分探讨的深度。不过,可以肯定的是,它成功地建立了一个扎实的知识框架,如果你已经对生物信息学的大致流程有所耳闻,这本书会迅速帮你把那些散落的概念串联起来,构建起一个结构完整的认知地图,引导你去探索那些更深入、更专业的文献。

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这本书的结构安排非常巧妙,它仿佛是按照一个生物学研究者的思维路径来构建内容的。开篇从分子生物学基础知识的快速回顾开始,精准地切入了生物信息学的核心应用场景,避免了在基础知识上做过多冗余的阐述,这对于有一定生物学背景的读者来说,节奏感把握得恰到好处。随后,章节的过渡自然流畅,从基础的数据获取、处理,到核心的基因组学和转录组学分析,每一步都紧密衔接,逻辑链条清晰可见。我特别留意了关于高质量数据预处理的那一章节,作者详尽地列举了常见的实验误差类型以及如何通过软件工具进行有效过滤和校正,这部分内容在很多教材中往往被一带而过,但它却是决定后续分析结果可靠性的关键所在。阅读过程中,我感觉作者非常注重“实践操作的意义”,每介绍一个工具或算法,都会紧接着说明在实际研究中它能解决什么样具体的问题,这种理论与实践的紧密结合,让学习过程充满了目的性和成就感。

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这本书的封面设计得相当朴实,没有过多花哨的元素,这让我对它的内容充满了期待。我希望它能像书名所暗示的那样,提供一个清晰、直观的入门指南。在实际阅读体验中,我发现它确实在努力践行这一点。作者在介绍复杂概念时,倾向于使用类比和生活化的例子,而不是一上来就抛出大量晦涩的术语。比如,在讲解序列比对算法时,它没有直接跳到动态规划的数学推导,而是先用一个简单的“拼图”过程来解释核心思想,这极大地降低了我的心理门槛。对于一个初学者来说,这种循序渐进的教学方式非常友好。它没有试图在篇幅有限的篇幅内塞进所有最新的研究进展,而是聚焦于那些经过时间检验、构建了整个学科基础的核心工具和原理。我特别欣赏它对R语言和Python在生物信息学中应用的平衡介绍,这确保了读者在掌握理论的同时,也能获得实用的编程能力,为后续的深入学习打下坚实的基础。整体来看,它更像一位耐心十足的导师,而不是一本冷冰冰的参考手册。

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这本书最大的价值在于其对分析流程的系统性梳理,而非对单个软件的深入教程。它更像是一份“如何思考”的指南,而不是一本“如何点击”的说明书。例如,在对RNA-seq数据进行差异表达分析的章节中,它并没有花费大量篇幅教你如何安装和运行特定的商业软件,而是着重讨论了如何选择合适的标准化方法,如何理解批次效应(Batch Effect)并进行矫正,以及如何根据实验设计来选择最恰当的统计模型。这对于希望成为独立研究人员的读者来说至关重要,因为工具会不断更新换代,但分析的底层逻辑和设计思想是永恒的。我惊喜地发现,书中穿插了一些关于“数据可视化”的讨论,它强调了图表在传达科学发现中的核心作用,并对如何设计清晰、无歧义的图形提出了颇具洞察力的建议,这部分内容远超我预期的“教程”范畴,更接近于科学传播学的入门指导。

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坦白说,如果一位读者期望这本书能深入到编程语言的底层机制或者讲解最新的深度学习在蛋白质结构预测中的前沿应用,那么他可能会感到略微的失望。这本书的定位非常明确:它是一个优秀的“桥梁”。它成功地架设在了传统生物学知识与计算分析技能之间,为那些渴望跨界融合但又缺乏计算背景的学者提供了一条平坦的通道。对于我个人而言,它最成功的地方在于,它教会了我如何提出正确的问题,而不是直接给出所有答案。例如,在讲解微生物组数据分析时,它没有直接给出分类单元的丰度表,而是花篇幅讨论了宏基因组测序和16S测序在回答不同科学问题时的局限性与优势。这种对方法论本身的深刻反思,使得这本书的价值超越了单纯的技术手册,具有更持久的学习参考意义。它为你打开了大门,但真正要走多远,还是需要读者自己迈出下一步。

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