《海洋科学集刊48》主要内容包括：东海赤潮高发区水体光谱吸收特性分析、数值波浪水槽消波器的改进与检验、东海黑潮及琉球群岛以东海流研究进展、源区黑潮研究进展、冲绳海槽北部西坡的古三角洲沉积、微拟球藻优化培养模式及其在光生物反应器高密度培养中的应用、氮与磷的增加对海水无机碳体系影响的实验模拟研究、分子标记概述及其在藻类中的应用、鱼类的耳石信息分析及生活史重建——理论、方法与应用、海洋微藻之间的化感作用研究进展、鳗弧菌灭活疫苗对牙鲆外周血细胞吞噬活性的影响、迟缓爱德华氏菌及其致病机理、贝类生态免疫研究进展等。
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