本版教材在保持第1版教材的基本框架和基本内容的基础上进行修订。本版共设17章，为便于课程教与学，其中两章次序作了移动：“脂类代谢”移至“生物氧化”前；“基因工程及其在医学中的应用”移至“癌基因、抑癌基因与生长因子”前。随学科的发展，新知识不断涌现，在相应章节中增加了新进展或新内容，如基因组学、蛋白质组学、真核基因表达特点与调控、小分子RNA、RNA干扰，基因工程在医学中的应用等。为了更适应医学学历教育的特点，本版教材“细胞信号转导”、“血液的生物化学”、“肝的生物化学”等章内容更注重与临床实践相结合。此外，就糖酵解途径、生物氧化能量计算等叙述参照最新的定义和方法。
本教材对教学内容中占篇幅较大的数学推导、某些物质代谢烦琐过程等内容给予了一定程度上的删减；在叙述生物大分子结构与功能关系时，以了解基本分子结构为基础，以阐明结构与功能的关系为重点；在介绍生化和分子生物学理论知识时，选择了既反映最新进展，又强调与疾病发生发展、诊断治疗之间的联系的知识内容。
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