Differential Display Methods and Protocols

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出版者:Humana Pr Inc
作者:Liang, Peng (EDT)/ Meade, Jonathan D. (EDT)/ Pardee, Arthur B. (EDT)
出品人:
页数:336
译者:
出版时间:2005-10
价格:$ 145.77
装帧:HRD
isbn号码:9781588293381
丛书系列:
图书标签:
  • 分子生物学
  • 基因表达
  • 差异显示
  • PCR
  • RNA
  • 实验方案
  • 生物技术
  • 基因组学
  • 实验室技术
  • 研究方法
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具体描述

The second edition of the highly acclaimed Differential Display Methods and Protocols consists of a wider-ranging collection of chapters that highlight both recent methodological refinements and some fine examples of differential display (DD) applications in recent years. Part I covers gene discovery methodologies that have a unique place in the modern molecular biological toolbox for gene expression analysis while Part II demonstrates the power of DD technology by showcasing select applications that have led to the discovery of many important genes involved in viral infection, Prion disease, cancer, ovulation, circadian clock, floral color, transcription re3pression, gene silencing, mRNA polymorphism and protein-RNA interaction.

好的,这是一份关于“基因表达调控的最新研究进展与技术应用”的图书简介,内容详尽,聚焦于当前分子生物学和生物技术领域的热点方向,完全不涉及“差异显示(Differential Display)”方法及其协议。 --- 图书名称:《基因表达调控的最新研究进展与技术应用》 导言:解码生命指令的复杂交响 生命活动的有序进行,依赖于数万基因在特定时间、特定细胞内精确的开启与关闭。基因表达调控不仅是生命科学的基石,也是理解疾病发生发展和设计新型生物疗法的关键所在。本书旨在为生命科学领域的研究人员、博士后及高年级研究生提供一份全面、深入且高度前沿的视角,聚焦于驱动基因表达调控网络的核心机制、新兴的调控因子,以及驱动下一代生物技术革命的关键工具。 本书避免了对传统、已成熟技术的重复论述,而是将重点放在表观遗传学动态修饰的解析、非编码RNA(ncRNA)的功能多样性、染色质高级结构对转录的直接影响,以及高通量、单细胞水平的调控网络重建技术上。我们相信,理解表达调控的“动态性”和“空间异质性”,是迈向精准生物学的新阶段。 第一部分:表观遗传修饰的动态图谱与机制重塑 表观遗传标记不再被视为静态的“开关”,而是高度动态且可逆的调控元件。本部分深入探讨了驱动这些修饰的分子机器及其在生理与病理状态下的重编程。 第一章:DNA甲基化与去甲基化的精密时钟 本章详细剖析了DNA甲基转移酶(DNMTs)家族在不同基因组区域(如CpG岛、基因体、重复序列)的选择性催化机制。重点讨论了TET(Ten-Eleven Translocation)酶家族如何通过氧化5-甲基胞嘧啶(5mC)介导的氧化过程,实现主动去甲基化,并探讨了这些修饰如何影响核小体定位和转录起始位点的可及性。此外,我们涵盖了针对特定区域的精准甲基化编辑技术(如基于CRISPR的CpG甲基化调控系统)的原理与局限性。 第二章:组蛋白修饰码的解读与“阅读器”的叛变 组蛋白的乙酰化、甲基化、磷酸化及泛素化构成了复杂的修饰“密码”。本书着重探讨了“阅读器”(Readers)蛋白识别特定修饰并将其转化为功能性信号的分子机制。深入分析了如溴结构域(Bromodomain)和特异性结合结构域(Chromodomain)蛋白如何招募染色质重塑复合物(如SWI/SNF)或转录因子。同时,我们关注了组蛋白修饰失调(如SUV39H1在衰老中的作用)如何直接驱动疾病进展,而非仅仅是基因表达变化的伴随现象。 第三章:染色质可及性与核骨架相互作用 基因表达的先决条件是转录机器必须能够接触到DNA。本章聚焦于染色质可及性测定技术(ATAC-seq的原理升级版),并将其结果与染色质构象捕获(Hi-C)数据进行整合分析。重点剖析了拓扑关联结构域(TADs)的形成机制,以及LADs(Lamin-Associated Domains)如何通过与核纤层蛋白的结合,实现对基因表达的长期、空间抑制。我们详细阐述了CTCF在TAD边界维持中的核心作用以及“环出”(Loop Extrusion)模型在三维基因组组织中的最新证据。 第二部分:非编码RNA:复杂调控网络的调音师 非编码RNA(ncRNA)在基因表达调控中的作用已远超简单的“分子海绵”概念,它们是细胞信号通路中不可或缺的整合器。 第四章:长非编码RNA (lncRNA) 的结构、靶向与功能多样性 本章深入探讨了lncRNA如何通过其复杂的三级结构实现对转录的调控。重点介绍了lncRNA作为“支架”(Scaffold)招募多个蛋白复合物形成转录激活或抑制复合体的工作原理。详细阐述了lncRNA如何通过“顺式调控”(Cis-regulation)影响邻近基因的转录,以及它们如何通过“反式调控”(Trans-regulation)在细胞间或跨染色体区域发挥作用。我们收录了当前识别具有明确分子作用靶点的lncRNA的高级生物信息学流程。 第五章:微小RNA (miRNA) 调控的精密筛选与新兴靶点 除了经典的mRNA抑制机制,本章关注miRNA调控的复杂性:包括多靶点调控(Pleo-targeting)和靶点选择性的微环境依赖性。我们详细介绍了利用Reporter Assays结合高精度Target Prediction算法来确认新miRNA-mRNA相互作用的实验设计。同时,探讨了miRNA在前体分化、代谢重编程中的关键调控节点。 第六章:环状RNA (circRNA) 的稳定性和翻译潜力 circRNA作为一类特殊的内源性RNA,以其高度的稳定性著称。本章聚焦于circRNA在细胞核内对母本基因转录的“内含子先驱体”(Intronic Splicing Competitor)作用,以及在细胞质中作为“miRNA海绵”之外的独立功能。此外,对新近发现的circRNA翻译起始机制,特别是m6A修饰驱动的内部核糖体进入位点(IRES)依赖性翻译进行了详尽的讨论。 第三部分:高分辨率技术赋能表达调控的解析 理解表达调控的细微差别,需要前所未有的分辨率和通量。本部分集中于那些使研究人员能够观察到单细胞、单分子水平调控事件的尖端技术。 第七章:单细胞转录组学的调控视角整合 单细胞测序技术(scRNA-seq)已成为主流,本章侧重于如何利用其数据反推上游调控事件。我们讨论了单细胞ATAC-seq (scATAC-seq) 数据如何与scRNA-seq数据进行整合,以重建特定细胞亚群的表观遗传状态与基因表达的同步变化。重点解析了基于迭代网络推断(如PAGA或Velocyto)的转录速率和细胞命运轨迹的预测方法。 第八章:新型体内成像技术对转录因子的实时追踪 实时、非侵入性的成像技术为观察调控因子动态行为提供了可能。本章详述了基于CRISPR干扰系统(CRISPRi/a)与荧光蛋白融合的活细胞成像技术,用于实时监测特定转录因子在染色质上的结合、解离动力学。探讨了如何利用光激活/光清除技术精确控制基因表达调控事件的发生时间点,从而进行因果关系的验证。 第九章:精准基因编辑工具的进阶应用 超越传统的CRISPR/Cas9基因敲除,本章探讨了用于精细调控的基因编辑工具。详细介绍了碱基编辑器(Base Editors)和先导碱基编辑器(Prime Editors)在不引入双链断裂的情况下,实现对启动子区域或增强子元件中特定SNP的校正或模拟。强调了如何利用这些工具构建疾病模型,以研究单个位点突变对整个转录网络级联效应的影响。 结语:迈向可编程的细胞工程 《基因表达调控的最新研究进展与技术应用》全面梳理了从分子机器到高通量技术栈的前沿知识,为读者提供了深度洞察当前生命科学研究的核心驱动力。本书强调,对基因表达调控的终极理解,将最终导向可编程细胞工程,实现对细胞功能、发育过程以及复杂疾病的精确干预与重塑。本书是该领域研究人员必备的、聚焦于“下一代”发现的参考指南。

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读后感

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用户评价

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这本书就像是打开了一扇通往分子生物学奥秘的大门,让我这个对基因表达调控充满好奇的读者,深深着迷。我一直对如何追踪和鉴定差异表达的基因很感兴趣,而这本书恰恰满足了我的这一需求。它详细地介绍了差速显示(Differential Display)这一强大的技术,不仅解释了其基本原理,还深入剖析了各种改进和优化的方法。我特别喜欢它对实验设计和数据分析的指导,这对于新手来说至关重要,能够避免很多常见的陷阱。书中不仅有理论知识,更有大量的实验方案和操作细节,比如如何选择合适的引物、如何优化PCR条件、如何进行条带的回收和鉴定等等。每一个步骤都写得清晰明了,仿佛我正站在实验室里,跟着作者一步步进行操作。更让我惊喜的是,它还讨论了差速显示技术的应用领域,从疾病诊断到药物研发,再到基础生命科学研究,都为我打开了新的视野。我曾经在阅读其他文献时遇到一些关于差速显示技术的困惑,但在这本书中,我找到了详尽的解答,极大地加深了我对这一技术的理解。它是一本既有深度又有广度的著作,对于任何想要深入了解基因表达调控机制的研究者来说,都是不可或缺的参考。

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作为一名对生物信息学和基因组学有浓厚兴趣的读者,我一直渴望能够深入理解那些能够揭示基因功能和调控机制的技术。这本书恰好填补了我在这方面的知识空白。它详细阐述了“差速显示”这一在基因表达研究中扮演重要角色的技术,并不仅仅局限于其操作层面,更重要的是,它深入探讨了这项技术背后的生物学原理,以及如何将其实验结果与生物信息学分析相结合,从而更有效地解读数据。书中对于如何设计实验以最大化信息量,如何处理PCR扩增的复杂性,以及如何从大量候选基因中筛选出真正具有生物学意义的差异表达基因,都给出了非常专业的指导。我特别欣赏书中对于数据分析方法的讨论,它不仅介绍了传统的二维凝胶电泳和条带切割,还提及了更现代的荧光标记和数字信号分析技术。这本书为我提供了一个坚实的理论基础和实践框架,让我能够更自信地进行基因表达的探索性研究,并对未来的生物信息学分析充满期待。

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这本书给我带来的最深刻感受是,它不仅仅是一本关于“方法与协议”的参考书,更像是一部基因表达调控研究的“行动指南”。对于我这样一名渴望在生命科学领域有所建树的研究者来说,一本能够提供清晰、实用、可操作性强的技术指导的书籍至关重要。这本书在“差速显示”这一特定技术上,做得尤为出色。它没有空泛的理论说教,而是将重心放在了实验的每一个具体环节。我曾多次在实验室里尝试运用差速显示技术,但常常因为操作细节的不当而导致结果不理想。这本书的出现,极大地改变了我的现状。它详细地列出了从RNA提取到最终条带鉴定的每一个步骤,并针对每一个步骤提出了详细的优化建议和注意事项。例如,在RNA的质量控制、cDNA的合成效率、PCR扩增的条件优化,以及如何有效地识别和回收具有差异表达的条带等方面,书中都提供了非常具体且可行的方案。这本书让我明白了,要想成功运用差速显示技术,关键在于对每一个细节的精准把握,而这本书正是提供了这样的指引。

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初次接触这本书,我便被它扎实的学术功底和严谨的逻辑结构所折服。作为一名在科研领域摸爬滚打多年的老兵,我深知一本好的技术手册对于研究进展的重要性。这本书在“差速显示方法与协议”这一主题上,展现出了极高的专业性和系统性。它并非简单地罗列实验步骤,而是将差速显示技术的发展历程、核心原理、关键技术节点,以及不同实验平台下的具体操作指南,都进行了深入浅出的阐述。书中对于每一个实验流程的细节都力求完美,从样品准备、RNA提取,到cDNA合成、PCR扩增,再到凝胶电泳、条带分析,每一个环节都有详细的说明和注意事项。我尤其欣赏它对各种可能出现的实验问题及其解决方案的详尽讨论,这无疑能为读者节省大量宝贵的研究时间。此外,书中还提供了大量的案例分析,展示了差速显示技术在不同研究背景下的成功应用,这对于启发新的研究思路非常有帮助。这本书的排版和图示也非常清晰,使得复杂的实验过程一目了然。我毫不犹豫地会将它推荐给任何对差速显示技术感兴趣,或者需要将其应用于自身研究的同行。

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这本书给我的感觉是,它是一位经验丰富的导师,循循善诱地引导我进入基因表达研究的殿堂。对于我这样一名对分子生物学充满热情,但又常常感到无从下手的学习者来说,这本书简直是一份宝藏。它没有使用过于晦涩的语言,而是用清晰易懂的方式解释了“差速显示”这个概念,以及它如何帮助我们发现那些在不同条件下表达水平发生变化的基因。我最喜欢的是它循序渐进的教学方式。从最基础的原理讲起,然后逐步深入到各种具体的技术细节,比如如何选择合适的引物对,如何控制PCR反应的灵敏度和特异性,以及如何有效地从凝胶上回收目标条带。书中提供的“协议”部分,更是像一本详细的操作手册,每一个步骤都写得非常具体,并且附带了许多实用的“小贴士”,这些都让我感到非常安心,因为我知道,即使我在实验中遇到困难,也能从中找到解决的线索。这本书让我对基因的表达差异有了更直观的认识,也激发了我利用这种技术去探索更多未知生物学现象的渴望。

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