Coalescent Theory

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出版者:Roberts & Co
作者:Wakeley, John
出品人:
页数:220
译者:
出版时间:2008-6
价格:$ 67.74
装帧:Pap
isbn号码:9780974707754
丛书系列:
图书标签:
  • 群体遗传学
  • 科学
  • 演化
  • PopulationGenetics
  • Evolution
  • BiologyEcology
  • Biology
  • coalescent theory
  • population genetics
  • molecular evolution
  • genetic genealogy
  • stochastic processes
  • demographic history
  • genetic variation
  • evolutionary biology
  • mathematical modeling
  • phylogenetics
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具体描述

Coalescent theory provides the foundation for molecular population genetics and genomics. It is the conceptual framework for studies of DNA sequence variation within species, and is the source of essential tools for making inferences about mutation, recombination, population structure and natural selection from DNA sequence data. This monograph is intended mainly for biologists but it will also be of interest to mathematicians who wish to see how this branch of applied probability theory plays out in a biological setting.

《Coalescent Theory》是一本深入探讨种群遗传学核心概念的著作。它详细阐述了凝聚理论(Coalescent Theory)这一强大数学框架,该理论能够追溯不同个体基因的共同祖先,从而揭示种群的进化历史。本书将带领读者从基础的理论模型出发,逐步深入到更复杂的现实应用,涵盖了从简单的二倍体种群到具有更复杂结构(如重组、变异、自然选择、迁移等)的种群。 书中首先会建立起凝聚理论的数学基石,解释其在时间维度上向前追溯基因来源的逻辑。读者将了解到,通过模拟基因在种群中的传递过程,我们可以估计出各种遗传参数,例如有效种群大小(effective population size)、世代时间(generation time)以及历史上的种群规模变化。这些参数对于理解物种的演化速率、适应能力以及对环境变化的响应至关重要。 本书将详细介绍不同类型的凝聚模型,包括但不限于: 简单凝聚模型 (Simple Coalescent Model): 这是凝聚理论的基础,用于描述一个理想化的、无重组、无选择、无变异的种群。读者将学习如何计算基因在过去某个时间点相遇(coalesce)的概率,并理解这些概率如何依赖于种群的大小。 带有重组的凝聚模型 (Coalescent Model with Recombination): 真实种群中,基因组会经历重组。本书将解释重组如何影响基因的凝聚过程,以及如何利用重组率来推断种群的历史。这对于理解基因连锁(gene linkage)和连锁不平衡(linkage disequilibrium)至关重要。 带有变异的凝聚模型 (Coalescent Model with Mutation): 变异是进化的驱动力。本书将介绍不同变异模型(如无限等位基因模型、k-等位基因模型、Stepwise模型等)如何在凝聚框架下影响基因的起源和多样性,并展示如何利用变异率来估计种群年龄和突变积累速率。 带有自然选择的凝聚模型 (Coalescent Model with Selection): 自然选择是塑造种群基因组的重要力量。本书将深入探讨如何将选择引入凝聚模型,分析有利、有害或中性突变在种群中的传播和固定过程。这将帮助读者理解适应性进化的机制,以及基因频率变化的模式。 更复杂的模型: 此外,本书还会涉及更高级的主题,例如: 多倍体种群的凝聚 (Coalescent Models for Polyploid Populations): 探讨多倍体生物的基因凝聚过程,这与二倍体种群存在显著差异。 非均匀种群结构 (Non-uniform Population Structures): 介绍具有地理隔离、亚群结构或层次化种群的凝聚模型,用于分析迁移、分化和基因流。 与数据结合的应用 (Applications with Data): 本书将详细展示如何将凝聚理论的预测与实际的分子生物学数据(如DNA序列数据、SNP数据)相结合,进行统计推断。读者将学习到如何使用贝叶斯方法、最大似然估计等统计工具来拟合模型并估计参数。 《Coalescent Theory》不仅会涵盖理论推导和模型构建,还会提供大量的例子和案例研究,展示凝聚理论在实际生物学研究中的应用。这些应用包括但不限于: 推断种群历史: 确定物种的分化时间、种群规模的波动、迁徙事件以及灭绝风险。 识别自然选择: 检测过去或现在影响种群的自然选择信号,例如识别适应性进化或对环境变化的快速响应。 理解遗传多样性: 解释不同地理区域或不同种群的遗传多样性差异,以及这些差异与进化历史和人口动态的关系。 疾病研究: 应用凝聚理论分析人类疾病的遗传基础,例如识别致病基因、追踪疾病的传播路径或理解突变在疾病发生中的作用。 保护生物学: 利用凝聚理论评估濒危物种的遗传结构和变异水平,为保护策略提供科学依据。 本书适合对进化遗传学、群体遗传学、生物信息学以及计算生物学感兴趣的学生、研究人员和数据科学家。它将提供一个坚实的理论基础,使读者能够理解和应用凝聚理论来解决复杂的生物学问题,并能够独立进行相关的分析和研究。通过阅读本书,读者将能够更深刻地理解生命进化的机制,以及基因如何在一个不断变化的动态世界中传递和演变。

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目录信息

读后感

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用户评价

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这本书的封面设计就带着一种沉静而深邃的气息,深蓝色的背景上,几条交织缠绕的细线,仿佛是历史长河中的无数支流最终汇聚成一股强大的力量。我当时在书店里被它吸引,就好像我在茫茫书海中寻觅的,正是某种能够解释生命演化背后深层逻辑的答案。拿到手里,纸张的质感也很棒,印刷清晰,字体大小适中,读起来很舒服。我迫不及待地翻开第一页,期待着能深入了解“协同演化理论”这个概念,究竟是如何从微观的基因变异,一步步构建起宏大的生命之树的。我一直对物种起源和多样性的形成有着强烈的好奇心,而这个理论听起来就像是破解这些谜题的钥匙。我特别想知道,书中会如何阐述个体间的相互作用,如何影响到整个种群的基因频率变化,以及这种变化又如何最终导致新物种的诞生。这不仅仅是关于“是什么”,更重要的是“为什么”和“怎么样”。我希望这本书能用清晰易懂的语言,即使是对生物学非专业人士,也能感受到理论的魅力。我期待着它能带领我进入一个全新的视角,去审视生命演化的过程,去理解那些看似随机却又充满规律的自然选择。或许,这本书会让我对“生命”这个词有了更深刻的理解,不再仅仅是眼前可见的个体,而是无数代基因传递和变异的宏大叙事。我希望它能提供给我一种思考框架,让我以后在观察自然界时,能看到隐藏在表象之下的更深层的联系。

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《Coalescent Theory》这本书,无疑是我近期阅读中最具启发性的一部作品。它以一种非常独特和深入的方式,探讨了生命演化的核心机制,特别是基因在时间维度上的流动与汇聚。我一直对生物多样性形成的根本原因感到好奇,而这本书为我提供了一个强有力的理论解释。作者不仅仅是简单地描述协同演化理论,更重要的是,他通过精妙的数学模型和翔实的案例,将这个理论的逻辑和应用展示得淋漓尽致。我特别喜欢书中关于“溯祖过程”的讲解,它让我理解了,即使是现在看似独立存在的物种,其基因的源头往往会汇聚到更早的共同祖先。这种“追根溯源”的视角,让我对生命的历史有了更深的敬畏。而且,书中还探讨了协同演化理论在实际生物学研究中的应用,例如在理解传染病的传播模式,或者在分析不同种群的遗传分化程度时,这个理论都能提供强大的工具。这本书的语言风格也非常吸引人,既有科学的严谨性,又不失文学的流畅性,让我在阅读过程中,能够沉浸其中,享受知识的乐趣。它不仅仅是一本教材,更像是一次思维的探险,让我对生命的演化有了更加深刻和全面的认识。

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坦白说,《Coalescent Theory》这本书的内容,一开始是让我感到有些挑战的。毕竟,涉及到大量的遗传学概念和数学模型,对于非专业读者来说,可能需要一定的学习曲线。然而,一旦我克服了最初的障碍,深入阅读下去,我便被书中精妙的理论体系深深吸引。作者以一种非常系统和深入的方式,阐述了协同演化理论是如何解释生命演化过程的。我特别欣赏书中对“基因树”的构建和解读,它让我能够以一种全新的视角,去理解不同物种之间的亲缘关系,以及它们是如何从共同的祖先分化而来的。书中关于“汇聚”的概念,贯穿始终,它揭示了生命演化并非是线性的单向发展,而是在时间的长河中,无数的基因流不断汇聚,最终形成了我们今天所见的丰富多彩的生命世界。我发现,这本书不仅仅是关于理论的介绍,它还提供了理解许多生物学现象的有力工具。例如,在研究物种的地理分布和迁徙历史时,协同演化理论就能够提供非常深入的解释。总而言之,这本书是一部严谨而富有洞察力的科学著作,它为我们理解生命演化的深层机制,提供了一个不可或缺的理论框架。

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在我翻开《Coalescent Theory》这本书的那一刻,我并没有预料到它会带给我如此深刻的启发。我一直对生命演化这个宏大的主题充满着好奇,也阅读过不少相关的书籍,但总感觉在理解上差了那么一点关键的东西。这本书,恰恰填补了这个空白。作者以一种非常独特的方式,将个体层面的遗传变异与种群层面的演化模式紧密地联系起来,揭示了生命演化背后那条看不见的“时间线”。我尤其喜欢书中对“基因树”的构建和阐释,它让我能够以一种非常直观的方式,去理解不同物种之间的亲缘关系,以及它们是如何从共同的祖先逐渐分化而来的。这种“追根溯源”的过程,让我对生命的延续性和多样性有了更深刻的理解。书中对数学模型的应用,也并非是生硬的推导,而是以一种生动形象的方式,展示了概率和统计在理解演化过程中的重要作用。例如,作者如何利用模型来预测基因在种群中的传播速度,以及不同种群之间基因流动的概率。这些模型让我能够更加量化地理解演化过程的复杂性,而不仅仅是感性上的认知。这本书不仅仅解答了我许多关于生命演化的疑问,更重要的是,它教会了我一种全新的思考方式,让我能够以一种更加系统和深入的方式去理解生命的奥秘。

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《Coalescent Theory》这本书,以其深刻的理论洞察力和严谨的科学论证,给我留下了极其深刻的印象。我一直对生命演化的深层机制抱有浓厚兴趣,也曾涉猎过不少相关的书籍,但总感觉缺少一个能够将所有零散的知识点串联起来的核心理论。《Coalescent Theory》恰恰做到了这一点。它以一种极其精妙的方式,将个体层面的遗传变异与种群层面的演化模式紧密联系起来,揭示了生命演化背后那条看不见的“时间线”。书中对“基因树”的构建和解读,让我能够以一种非常直观的方式,去理解不同物种之间的亲缘关系,以及它们是如何从共同的祖先逐渐分化而来的。这种“追根溯源”的过程,让我对生命的延续性和多样性有了更深刻的理解。我发现,这本书不仅仅是对理论的介绍,它还提供了理解许多生物学现象的有力工具。例如,在研究物种的地理分布和迁徙历史时,协同演化理论就能够提供非常深入的解释。而且,书中还探讨了协同演化理论在实际生物学研究中的应用,例如在保护生物学中,如何利用这些理论来评估种群的遗传多样性,并制定有效的保护策略。总而言之,这是一部能够深刻改变你对生命演化认知的书籍,它用科学的严谨性和理论的深度,为读者揭示了一个宏大而精妙的演化图景。

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《Coalescent Theory》这本书,在我看来,是一部严谨而富有洞察力的科学著作。它不像很多科普读物那样哗众取宠,而是以一种循序渐进、扎实严密的方式,为读者构建起协同演化理论的知识体系。从最基础的遗传变异概念开始,作者逐步引入了种群遗传学的核心思想,并最终引向了协同演化理论的精髓。我特别欣赏书中对数学模型的处理方式,它并非让人望而却步的晦涩推导,而是通过清晰的图示和通俗的解释,让读者能够理解模型背后的逻辑。例如,书中对“溯祖过程”的阐述,让我深刻体会到,即使是看似独立发展的个体,在追溯其基因起源时,往往会汇聚到一个共同的祖先。这种“汇聚”的概念,贯穿了整本书,也是协同演化理论最核心的魅力所在。我发现,这本书不仅仅是对理论的介绍,它还提供了理解许多生物学现象的全新视角。比如,在研究物种的地理分布时,协同演化理论可以帮助我们理解为什么某些物种会在特定的区域内形成高度分化的亚群。而且,书中还探讨了协同演化理论在实际应用中的价值,例如在保护生物学中,如何利用这些理论来评估种群的遗传多样性,并制定有效的保护策略。总的来说,这是一本能够深刻改变你对生命演化认知的书籍,它用科学的严谨性和理论的深度,为读者揭示了一个宏大而精妙的演化图景。

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我最近读完《Coalescent Theory》这本书,内心久久不能平静。这本书简直是打开了我认知的大门,让我对生命演化有了前所未有的理解。我一直以来都对生物多样性的成因感到着迷,也曾阅读过不少相关的书籍,但总感觉少了那么一个能够将所有零散的知识点串联起来的核心理论。《Coalescent Theory》恰恰做到了这一点。它以一种极其精妙的方式,将个体层面的遗传变异与种群层面的演化模式联系起来,揭示了基因流动的历史轨迹。书中的概念,比如“基因树”的构建,让我对物种的祖先关系有了更加直观和深刻的认识。我尤其印象深刻的是,作者如何通过数学模型来解释不同种群之间的遗传分化,以及这种分化如何随着时间推移而累积,最终形成新的物种。这不仅仅是理论上的阐述,书中还穿插了许多引人入胜的案例研究,让我能够将抽象的理论应用到具体的生物学问题上。例如,在讨论人类迁徙和基因传播时,书中展示了协同演化理论如何帮助我们理解不同人群的遗传构成差异。我发现,这本书并没有简单地罗列事实,而是引导读者去思考,去探索生命演化的深层机制。它教会了我如何从基因的视角去理解物种的过去,以及如何预测物种的未来。这是一种非常宝贵的思维方式,它让我对生命充满了敬畏之心。

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我在阅读《Coalescent Theory》这本书的过程中,体验到了一种前所未有的智识上的满足感。我一直以来都对生命演化的深层机制抱有浓厚兴趣,也曾涉猎过不少相关的书籍,但总感觉缺少一个能够将所有零散的知识点串联起来的核心理论。《Coalescent Theory》恰恰做到了这一点。它以一种极其精妙的方式,将个体层面的遗传变异与种群层面的演化模式紧密联系起来,揭示了生命演化背后那条看不见的“时间线”。书中对“基因树”的构建和解读,让我能够以一种非常直观的方式,去理解不同物种之间的亲缘关系,以及它们是如何从共同的祖先逐渐分化而来的。这种“追根溯源”的过程,让我对生命的延续性和多样性有了更深刻的理解。我发现,这本书不仅仅是对理论的介绍,它还提供了理解许多生物学现象的有力工具。例如,在研究物种的地理分布和迁徙历史时,协同演化理论就能够提供非常深入的解释。而且,书中还探讨了协同演化理论在实际生物学研究中的应用,例如在保护生物学中,如何利用这些理论来评估种群的遗传多样性,并制定有效的保护策略。总而言之,这是一部能够深刻改变你对生命演化认知的书籍,它用科学的严谨性和理论的深度,为读者揭示了一个宏大而精妙的演化图景。

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我对《Coalescent Theory》的阅读体验可以用“醍醐灌顶”来形容。我一直对生命演化和物种起源的问题充满好奇,也曾阅读过不少相关的书籍,但往往停留在宏观的描述层面,缺乏一种能够解释微观遗传变异如何驱动宏观演化的清晰理论框架。这本书的出现,恰好填补了这个空白。作者以一种令人信服的逻辑,将看似杂乱无章的基因变异,汇聚成一条条清晰可辨的演化轨迹。我尤其惊叹于书中对“基因树”的构建方法的阐释,它如同考古学家挖掘历史遗迹一般,能够从现代的遗传数据中,重构出遥远的祖先关系。这种溯祖而上的过程,让我深刻理解了物种的延续性以及它们之间的内在联系。书中对数学模型的应用,也并非是干涩的公式堆砌,而是以一种直观的方式,展示了概率和统计在理解演化过程中的重要作用。例如,作者如何利用模型来预测基因在种群中的传播速度,以及不同种群之间基因流动的概率。这些模型让我能够更加量化地理解演化过程的复杂性,而不仅仅是感性上的认知。这本书不仅解答了我许多关于生命演化的疑问,更重要的是,它教会了我一种全新的思考方式,让我能够以一种更加系统和深入的方式去理解生命的奥秘。

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《Coalescent Theory》这本书,以其深刻的理论洞察力和严谨的科学论证,给我留下了极其深刻的印象。我一直对生命演化的机制感到着迷,而这本书为我提供了一个前所未有的视角来理解它。作者以一种非常精妙的方式,将个体基因的变异与整个种群的演化历程联系起来,揭示了生命之树是如何从无数细小的枝干汇聚而成。我尤其欣赏书中对“溯祖过程”的细致讲解,它让我明白,即使是相隔遥远的物种,它们的基因来源也可能汇聚于同一个遥远的祖先。这种“汇聚”的概念,贯穿全书,也正是协同演化理论最核心的魅力所在。书中对数学模型的运用,也并非是冰冷的公式,而是通过清晰的图示和生动的解释,让读者能够理解其背后的逻辑。例如,书中如何利用模型来预测基因在种群中的传播速度,以及不同种群之间基因流动的概率。这些模型让我能够更加量化地理解演化过程的复杂性,而不仅仅是感性上的认知。这本书不仅仅解答了我许多关于生命演化的疑问,更重要的是,它教会了我一种全新的思考方式,让我能够以一种更加系统和深入的方式去理解生命的奥秘,对我个人的学术思考产生了深远的影响。

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前面四章是coalescent theory的核心内容;后面四章涉及migration, recombination以及diploid等复杂模型的内容。后面半本书马尔科夫链满天飞,看的我都想把书撕了……Thanks to reading group! 私觉得如果不是做群体理论的人读前四章就足够了。

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