The field of molecular evolution has experienced explosive growth in recent years due to the rapid accumulation of genetic sequence data, continuous improvements to computer hardware and software, and the development of sophisticated analytical methods. The increasing availability of large genomic data sets requires powerful statistical methods to analyze and interpret them, generating both computational and conceptual challenges for the field.
Computational Molecular Evolution provides an up-to-date and comprehensive coverage of modern statistical and computational methods used in molecular evolutionary analysis, such as maximum likelihood and Bayesian statistics. Yang describes the models, methods and algorithms that are most useful for analysing the ever-increasing supply of molecular sequence data, with a view to furthering our understanding of the evolution of genes and genomes. The book emphasizes essential concepts rather than mathematical proofs. It includes detailed derivations and implementation details, as well as numerous illustrations, worked examples, and exercises. It will be of relevance and use to students and professional researchers (both empiricists and theoreticians) in the fields of molecular phylogenetics, evolutionary biology, population genetics, mathematics, statistics and computer science. Biologists who have used phylogenetic software programs to analyze their own data will find the book particularly rewarding, although it should appeal to anyone seeking an authoritative overview of this exciting area of computational biology.
Ziheng Yang is Professor of Statistical Genetics at the Department of Biology, University College London.
杨子恒N年磨一剑的书,计算的算法、理论的意义、生物的背景都叙述得非常好。 看了复旦的译本,可惜,翻译的非常的业余,建议看英文版!
评分杨子恒N年磨一剑的书,计算的算法、理论的意义、生物的背景都叙述得非常好。 看了复旦的译本,可惜,翻译的非常的业余,建议看英文版!
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拿到这本书的初体验,就像是走进了一座知识的迷宫,但迷宫的指引系统却异常清晰。我花了整整一个下午的时间来浏览它的目录和引言部分,那种感觉很奇妙,既有被知识的广度所震撼的敬畏感,又有被其深度所吸引的探求欲。作者在开篇的几页中,就用一种近乎诗意的语言,勾勒出了分子进化领域那些宏大而又细微的图景,让我感觉自己不仅仅是在阅读一本教材,更像是在参与一场跨越亿万年的生命对话。那种对学科历史的梳理和对前沿挑战的精准定位,非常到位,一下子就建立了作者作为领域专家的权威感。
评分坦率地说,阅读学术著作往往伴随着“挫败感”,因为总有那么几个章节似乎是为你以外的人写的。然而,这本书的结构设计却极具包容性。它巧妙地将基础概念的介绍与高级模型的推导分离开来,使得不同知识背景的读者都能找到自己的“安全区”。我发现自己可以先跳过一些对我当前研究暂时不那么相关的复杂算法推导,专注于理解其核心思想和应用场景,待基础牢固后再回过头来啃那些数学细节。这种灵活的阅读路径设计,体现了作者对实际学术工作流程的深刻理解,使得这本书真正成为了一个可塑性极强的工具书,而非一成不变的线性文本。
评分这本书的阅读体验出乎意料地流畅,这对于一本涵盖如此多复杂数学模型的著作来说,实属难得。我特别欣赏作者处理那些高深理论时的叙事方式——他们似乎总能找到一个绝佳的类比,将那些晦涩的统计学原理和算法逻辑,转化为读者可以轻松把握的直观概念。举个例子,他们在解释最大似然法时,并没有直接堆砌公式,而是先构建了一个生动的“猜测与检验”的场景,使得复杂的概率计算过程变得像是侦探破案一样引人入胜。这种叙事技巧,极大地降低了初学者的门槛,同时也让资深研究者能够从全新的视角审视经典模型。
评分我是一个对插图要求极高的人,因为抽象的理论如果缺乏直观的视觉辅助,很容易让人在脑海中构建出错误的模型。在这方面,《Computational Molecular Evolution》的表现堪称典范。书中的每一个图表,无论是关于树形结构展示的拓扑图,还是不同计算方法的性能比较曲线,都经过了精心设计,信息密度高但绝不混乱。更重要的是,这些插图似乎不仅仅是解释性的,它们本身就带有叙事性,能够独立地传达出某些关键信息,使得我在阅读遇到困难时,只需将目光投向旁边的图示,便能豁然开朗。
评分这本书的封面设计简直是一场视觉盛宴,深邃的蓝色调配上抽象的分子结构图腾,立刻就抓住了我的眼球。我通常对这类硬核的学术书籍不太抱有太高的期待,总觉得它们在装帧上过于保守,但《Computational Molecular Evolution》完全打破了我的刻板印象。从拿到书的那一刻起,我就能感受到作者团队在排版和细节上的用心,字体选择既清晰易读,又带着一种严谨的学术美感,让人有一种立刻沉浸其中的冲动。尤其是那些复杂的公式和图表,处理得极其精妙,没有丝毫的拥挤感,这对于需要反复对照公式的读者来说,简直是福音。
评分很简明,语言通俗易懂,适合当工具书经常refer
评分phylogenetic analysis的经典读物了,而且难度适中很好上手,配合UW的在线生信库基本就是phylogeny PhD的全部了。另外当初就是冲着杨子恒的大名想去UCL,奈何牛剑是不敢想的了,就是申了IC和UCL。
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