Computational Molecular Evolution

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出版者:Oxford University Press
作者:Ziheng Yang
出品人:
页数:376
译者:
出版时间:2006-12-7
价格:USD 65.00
装帧:Paperback
isbn号码:9780198567028
丛书系列:Oxford Series in Ecology and Evolution
图书标签:
  • Evolution
  • 生物
  • 分子演化
  • 生物-计算生物学
  • MCMC
  • 高级
  • 进化
  • 系统发生分析
  • 分子进化
  • 计算生物学
  • 进化算法
  • 生物信息学
  • 基因组学
  • 系统生物学
  • 进化树
  • 蛋白质进化
  • 序列分析
  • 群体遗传学
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具体描述

The field of molecular evolution has experienced explosive growth in recent years due to the rapid accumulation of genetic sequence data, continuous improvements to computer hardware and software, and the development of sophisticated analytical methods. The increasing availability of large genomic data sets requires powerful statistical methods to analyze and interpret them, generating both computational and conceptual challenges for the field.

Computational Molecular Evolution provides an up-to-date and comprehensive coverage of modern statistical and computational methods used in molecular evolutionary analysis, such as maximum likelihood and Bayesian statistics. Yang describes the models, methods and algorithms that are most useful for analysing the ever-increasing supply of molecular sequence data, with a view to furthering our understanding of the evolution of genes and genomes. The book emphasizes essential concepts rather than mathematical proofs. It includes detailed derivations and implementation details, as well as numerous illustrations, worked examples, and exercises. It will be of relevance and use to students and professional researchers (both empiricists and theoreticians) in the fields of molecular phylogenetics, evolutionary biology, population genetics, mathematics, statistics and computer science. Biologists who have used phylogenetic software programs to analyze their own data will find the book particularly rewarding, although it should appeal to anyone seeking an authoritative overview of this exciting area of computational biology.

《深空探索:宇宙文明的演化与未来》 内容简介 本书深入探讨了宇宙中生命与文明演化的宏大图景,聚焦于从宇宙诞生之初的物理化学过程,到复杂生命形式的出现,再到星际文明的兴起与消亡的漫长历程。它并非一部侧重于分子层面机制的著作,而是将视野拉升至宇宙尺度的理论构建与哲学思辨。 第一部分:宇宙的基石——生命起源的宏观条件 在本书的开篇,我们将从宇宙学的基础出发,审视适宜生命诞生的物理环境。我们不关注DNA的双螺旋结构或蛋白质的折叠机制,而是着重分析恒星的生命周期、星系的形成对化学元素富集的影响,以及适居带的动态变化。 宜居行星的形成与演化: 详细分析了不同类型恒星(从红矮星到O型巨星)的辐射特性如何塑造其行星系统的长期稳定性。讨论了行星磁场对维持大气层和生命抵御宇宙射线的关键作用,并引入了“生态系统稳定性窗口”的概念,该窗口描述了行星大气、液态水和地质活动之间复杂耦合的必要性。 化学演化的普适性: 考察了在极端环境下(如彗星冰核、深海热泉)有机分子合成的可能途径。我们的重点在于推断早期宇宙中化学反应的统计学规律,而非实验室精确的反应动力学。探讨了“生命原材料”在星际尘埃云中富集和迁移的机制,以及这些原材料如何被输送到新形成的行星系统。 第二部分:复杂性的涌现——从单细胞到多智能 本部分将视角从天体物理转向生物学现象的宏观结构演变,重点关注生命复杂性增加的驱动力及其在不同星球环境下的适应性。 信息存储与复制的替代方案: 摒弃了对碳基遗传物质的局限性讨论,转而研究信息在非传统介质(如硅基聚合物、能量场波动)中存储和复制的可能性。分析了信息熵在生命系统复杂化过程中的作用,以及信息冗余在保障长期演化中的必要性。 多细胞结构的跃迁: 深入分析了生物体从简单聚集体向具有专业化器官系统演化的动力学。这包括对环境压力、捕食者-猎物关系的拓扑分析,以及不同星球重力、光照强度对体型和组织结构演化的约束。关注点在于系统层面的组织结构优化,而非细胞内部信号转导通路。 智能的跨界定义: 智能的出现被视为一种高效的环境建模和资源预测能力。本书评估了感知、计算和决策在不同生命形态中展现出的多样性,包括不依赖神经系统的分布式智能(如菌丝网络或行星尺度的生物圈反馈环)。我们探索了智能系统如何应对突发的大规模环境灾难,并维持自身的生存架构。 第三部分:文明的尺度——星际互动与时空哲学 这是本书的核心部分,探讨了高等文明在其生命周期中必然面临的挑战、发展模式及其在宇宙图景中的位置。 技术奇点与社会结构转型: 分析了文明突破自身资源限制,进入高能耗、高信息处理速率的技术阶段后,其社会组织面临的根本性变革。讨论了自我改造、意识上传和新物理学应用对文明形态的重塑,以及这些转型对文明长期稳定性的影响。 星际扩散的限制与战略: 评估了光速限制和庞大星际空间对文明扩散的物理制约。提出了“区域主宰模型”和“信息茧房模型”来描述文明在不同阶段对银河系的探索和控制策略。重点在于资源获取的拓扑效率而非单次殖民任务的技术细节。 费米悖论的新诠释: 提出了超越传统“大过滤器”假设的观点,认为文明的终极命运可能与宇宙学尺度的规律相关。例如,讨论了高阶文明可能主动退缩至低熵状态以避免热寂,或者其存在形式已经超越了我们目前可观测的电磁频谱或物质维度。 时间尺度上的伦理与遗产: 最后,本书探讨了寿命极长(或永恒)的文明对时间流逝的感知。研究了如何构建能够跨越数百万年甚至数十亿年而保持其核心价值和知识体系的“遗产系统”。这涉及到对记忆、历史记录和自我认知在宇宙尺度上的哲学反思,关注的是宏观文化惰性与微观创新需求之间的永恒张力。 本书旨在提供一个宏大、跨学科的框架,用以理解生命与智慧在浩瀚时空中的地位与可能路径。它要求读者跳出熟悉的生物学范畴,以宇宙演化的视角,重新审视“存在”的意义。

作者简介

Ziheng Yang is Professor of Statistical Genetics at the Department of Biology, University College London.

目录信息

http://www.oup.com/us/catalog/general/subject/LifeSciences/GenomicsBioinformatics/?view=usa&sf=toc&ci=9780198567028
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读后感

评分

杨子恒N年磨一剑的书,计算的算法、理论的意义、生物的背景都叙述得非常好。 看了复旦的译本,可惜,翻译的非常的业余,建议看英文版!

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杨子恒N年磨一剑的书,计算的算法、理论的意义、生物的背景都叙述得非常好。 看了复旦的译本,可惜,翻译的非常的业余,建议看英文版!

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用户评价

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拿到这本书的初体验,就像是走进了一座知识的迷宫,但迷宫的指引系统却异常清晰。我花了整整一个下午的时间来浏览它的目录和引言部分,那种感觉很奇妙,既有被知识的广度所震撼的敬畏感,又有被其深度所吸引的探求欲。作者在开篇的几页中,就用一种近乎诗意的语言,勾勒出了分子进化领域那些宏大而又细微的图景,让我感觉自己不仅仅是在阅读一本教材,更像是在参与一场跨越亿万年的生命对话。那种对学科历史的梳理和对前沿挑战的精准定位,非常到位,一下子就建立了作者作为领域专家的权威感。

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坦率地说,阅读学术著作往往伴随着“挫败感”,因为总有那么几个章节似乎是为你以外的人写的。然而,这本书的结构设计却极具包容性。它巧妙地将基础概念的介绍与高级模型的推导分离开来,使得不同知识背景的读者都能找到自己的“安全区”。我发现自己可以先跳过一些对我当前研究暂时不那么相关的复杂算法推导,专注于理解其核心思想和应用场景,待基础牢固后再回过头来啃那些数学细节。这种灵活的阅读路径设计,体现了作者对实际学术工作流程的深刻理解,使得这本书真正成为了一个可塑性极强的工具书,而非一成不变的线性文本。

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这本书的阅读体验出乎意料地流畅,这对于一本涵盖如此多复杂数学模型的著作来说,实属难得。我特别欣赏作者处理那些高深理论时的叙事方式——他们似乎总能找到一个绝佳的类比,将那些晦涩的统计学原理和算法逻辑,转化为读者可以轻松把握的直观概念。举个例子,他们在解释最大似然法时,并没有直接堆砌公式,而是先构建了一个生动的“猜测与检验”的场景,使得复杂的概率计算过程变得像是侦探破案一样引人入胜。这种叙事技巧,极大地降低了初学者的门槛,同时也让资深研究者能够从全新的视角审视经典模型。

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我是一个对插图要求极高的人,因为抽象的理论如果缺乏直观的视觉辅助,很容易让人在脑海中构建出错误的模型。在这方面,《Computational Molecular Evolution》的表现堪称典范。书中的每一个图表,无论是关于树形结构展示的拓扑图,还是不同计算方法的性能比较曲线,都经过了精心设计,信息密度高但绝不混乱。更重要的是,这些插图似乎不仅仅是解释性的,它们本身就带有叙事性,能够独立地传达出某些关键信息,使得我在阅读遇到困难时,只需将目光投向旁边的图示,便能豁然开朗。

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这本书的封面设计简直是一场视觉盛宴,深邃的蓝色调配上抽象的分子结构图腾,立刻就抓住了我的眼球。我通常对这类硬核的学术书籍不太抱有太高的期待,总觉得它们在装帧上过于保守,但《Computational Molecular Evolution》完全打破了我的刻板印象。从拿到书的那一刻起,我就能感受到作者团队在排版和细节上的用心,字体选择既清晰易读,又带着一种严谨的学术美感,让人有一种立刻沉浸其中的冲动。尤其是那些复杂的公式和图表,处理得极其精妙,没有丝毫的拥挤感,这对于需要反复对照公式的读者来说,简直是福音。

评分

很简明,语言通俗易懂,适合当工具书经常refer

评分

phylogenetic analysis的经典读物了,而且难度适中很好上手,配合UW的在线生信库基本就是phylogeny PhD的全部了。另外当初就是冲着杨子恒的大名想去UCL,奈何牛剑是不敢想的了,就是申了IC和UCL。

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phylogenetic analysis的经典读物了,而且难度适中很好上手,配合UW的在线生信库基本就是phylogeny PhD的全部了。另外当初就是冲着杨子恒的大名想去UCL,奈何牛剑是不敢想的了,就是申了IC和UCL。

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phylogenetic analysis的经典读物了,而且难度适中很好上手,配合UW的在线生信库基本就是phylogeny PhD的全部了。另外当初就是冲着杨子恒的大名想去UCL,奈何牛剑是不敢想的了,就是申了IC和UCL。

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很简明,语言通俗易懂,适合当工具书经常refer

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