《2008-2009地理学学科发展报告(自然地理学)》的编制是在全面、深入的文献调研基础上进行的，而自然地理学涉及的范围极广，力图全面反映上述各个方面近年来的进展。自然地理学的研究对象包含岩石圈、大气圈、水圈、土壤圈、生物圈，所以其分支学科传统上主要是地貌与第四纪学、气候学、水文地理学、土壤地理学和生物地理学，以及把几大圈层看做一个整体的综合自然地理学。当今人类活动与自然地理环境之间的冲突凸显，所以学术界已普遍认同人类圈的概念，成为自然地理学的重要研究领域，并关注人类活动和环境变化特别敏感的一些区域和领域，于是发展出一系列新的分支学科，例如景观生态学、环境地理学、医学地理学、海洋地理学、城市自然地理学、冰冻圈科学、沙漠与沙漠化科学、自然灾害与风险管理科学、山地科学等。
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