Automation in Proteomics and Genomics

Automation in Proteomics and Genomics pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:Wiley
作者:Gil Alterovitz
出品人:
页数:340
译者:
出版时间:2009-4-20
价格:USD 176.00
装帧:Hardcover
isbn号码:9780470727232
丛书系列:
图书标签:
  • 科学和心理学
  • 数学和计算机
  • Proteomics
  • Genomics
  • Automation
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具体描述

In the last decade DNA sequencing costs have decreased over a magnitude, largely because of increasing throughput by incremental advances in tools, technologies and process improvements. Further cost reductions in this and in related proteomics technologies are expected as a result of the development of new high-throughput techniques and the computational machinery needed to analyze data generated. Automation in Proteomics & Genomics: An Engineering Case-Based Approach describes the automation technology currently in the areas of analysis, design, and integration, as well as providing basic biology concepts behind proteomics and genomics. The book also discusses the current technological limitations that can be viewed as an emerging market rather than a research bottleneck. Topics covered include: molecular biology fundamentals: from ‘blueprint’ (DNA) to ‘task list’ (RNA) to ‘molecular machine’ (protein); proteomics methods and technologies; modelling protein networks and interactions analysis via automation: DNA sequencing; microarrays and other parallelization technologies; protein characterization and identification; protein interaction and gene regulatory networks design via automation: DNA synthesis; RNA by design; building protein libraries; synthetic networks integration: multiple modalities; computational and experimental methods; trends in automation for genomics and proteomics new enabling technologies and future applications Automation in Proteomics & Genomics: An Engineering Case-Based Approach is an essential guide to the current capabilities and challenges of high-throughput analysis of genes and proteins for bioinformaticians, engineers, chemists, and biologists interested in developing a cross-discipline problem-solving based approach to systems biology.

《生物技术领域的革新:蛋白质组学与基因组学自动化》 本书深入探讨了在蛋白质组学和基因组学研究领域,自动化技术如何重塑实验流程、加速数据分析并推动科学发现。我们将一同揭示自动化如何从根本上改变我们理解生命分子机制的方式。 第一部分:自动化基石与技术革新 自动化在蛋白质组学中的应用: 样本制备自动化: 从蛋白质提取、酶解,到标记和分离,自动化工作站如何实现高通量、高重现性的样本准备。我们将详细介绍自动化的移液系统、肽段生成平台以及二维色谱分离技术,并分析它们在提高实验效率和减少人为误差方面的优势。 质谱分析的自动化: 探讨自动化进样系统、数据采集策略以及智能参数优化如何与先进的质谱仪相结合,实现大规模蛋白质鉴定和定量。我们将深入解析自动化的数据处理流程,包括肽段和蛋白质数据库搜索的算法优化,以及如何利用机器学习技术提升结果的准确性。 蛋白质相互作用研究的自动化: 介绍自动化免疫沉淀(IP)、酵母双杂交(Y2H)和亲和纯化-质谱(AP-MS)等技术,如何通过自动化平台实现大规模的蛋白质互作网络的构建和验证。 靶向蛋白质组学自动化: 重点关注自动化的选择反应监测(SRM)和靶向质谱技术,以及它们在生物标志物发现和验证中的应用。 自动化在基因组学中的应用: DNA/RNA提取与纯化自动化: 详述磁珠法、硅胶膜法等自动化核酸提取技术,及其在确保样本质量和通量方面的作用。 文库构建自动化: 介绍自动化DNA/RNA测序文库制备流程,包括片段化、加尾、连接和PCR扩增等步骤,以及如何通过自动化平台实现不同测序平台的兼容。 高通量测序数据处理的自动化: 探讨从原始测序数据(FASTQ)到变异检测、基因组组装和基因注释的自动化流水线。我们将详细解析自动化比对算法、变异调用工具和基因功能预测软件的应用。 单细胞基因组学自动化: 聚焦于单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞DNA甲基化测序(scBS-seq)中的自动化液滴生成、细胞分选和建库技术,以及如何分析由此产生的异质性数据。 基因编辑与合成的自动化: 介绍CRISPR-Cas9等基因编辑技术的自动化筛选和验证,以及自动化DNA合成平台在合成生物学中的应用。 第二部分:自动化平台的整合与智能应用 整合式自动化平台: 液体处理工作站与机器人系统: 详细介绍各种自动化液体处理平台(如移液机器人、多通道移液器)在实现高通量实验中的作用,以及如何根据实验需求进行定制化配置。 数据管理与分析自动化: 探讨自动化数据管理系统(LIMS)和云计算平台在存储、处理和共享海量蛋白质组学和基因组学数据中的关键作用。介绍自动化数据可视化工具和集成化的分析平台。 人工智能与机器学习在自动化中的融合: 智能实验设计与优化: 阐述机器学习模型如何预测实验参数、优化实验流程,并减少实验次数。 自动化数据解读与模式识别: 探讨AI算法在蛋白质结构预测、功能注释、疾病相关基因识别和药物靶点发现中的应用。 自动化质量控制与故障诊断: 介绍机器学习在监测自动化设备运行状态、预测潜在故障以及进行自动化质量控制方面的潜力。 第三部分:未来展望与挑战 自动化在精准医学中的应用: 探讨自动化技术如何加速个体化诊断、疗效预测和药物开发。 新兴自动化技术与趋势: 展望微流控技术、芯片实验室(Lab-on-a-Chip)以及更高级别的机器人集成在蛋白质组学和基因组学研究中的未来发展。 自动化面临的挑战: 分析数据标准化、算法鲁棒性、伦理考量以及高昂的初始投入等问题,并提出相应的解决方案。 本书将为研究人员、实验室管理者和技术开发者提供一个全面而深入的视角,帮助他们理解并应用自动化技术,从而在瞬息万变的生命科学研究领域保持领先地位。我们旨在赋能读者,让他们能够驾驭自动化浪潮,以前所未有的效率和精度探索生命的奥秘。

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读后感

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这本书的书名《Automation in Proteomics and Genomics》让我第一眼就产生了浓厚的兴趣,因为它触及了我近期工作和研究中最核心的两个领域。我一直关注着生物科学的最新进展,特别是那些能够显著提高效率、降低误差并加速科学发现的技术。自动化无疑是引领这一变革的关键力量。在蛋白质组学和基因组学领域,样本量的庞大、实验步骤的繁琐以及数据处理的复杂性,都使得自动化成为必然的趋势。我期待这本书能够深入探讨自动化技术如何重塑这两个领域的研究范式,从样本制备、数据采集到数据分析和解读,是否有新的自动化平台或软件的出现?这些自动化解决方案在实际应用中表现如何?是否能够应对目前研究中遇到的瓶颈,例如深度覆盖、低丰度蛋白的检测、或者处理复杂的基因组变异信息?更重要的是,我希望这本书能够提供一些关于未来发展方向的洞察,例如人工智能和机器学习在自动化流程中的集成,或者微流控技术在样品处理中的应用前景,以及如何通过自动化来克服数据质量控制的挑战。这本书的书名本身就承诺了一个充满前沿技术和实践指导的内容,我迫不及待地想了解它将如何解答我对这个领域的好奇心。

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我一直在思考如何更有效地将实验室研究成果转化为实际应用,特别是在公共卫生和疾病监测领域。《Automation in Proteomics and Genomics》这本书名让我联想到自动化技术在规模化疾病诊断和流行病学研究中的重要作用。我希望书中能够深入探讨自动化平台如何被用于大规模的基因组测序和分析,以便快速识别病原体基因组变异、追踪传染病传播路径,以及评估人群的遗传疾病风险。在蛋白质组学层面,我同样期待看到自动化技术在开发和部署高通量疾病标志物检测方法中的应用,例如,用于早期诊断、疗效监测或预后评估。书中是否会介绍一些关于如何设计和实施大规模自动化检测系统的案例,以应对突发公共卫生事件或进行长期的流行病学监测?是否有关于如何确保自动化检测结果的准确性、可靠性和标准化,并将其与公共卫生决策相结合的讨论?我对这本书能够提供关于如何利用自动化技术提升公共卫生响应能力和疾病防控效率的研究视角和实践指导充满期待。

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随着基因测序成本的不断下降,单细胞多组学研究已成为揭示细胞异质性和复杂生物过程的重要手段。《Automation in Proteomics and Genomics》的书名引起了我对这本书在该新兴领域潜在贡献的关注。我希望书中能够深入探讨自动化技术如何在单细胞水平上实现蛋白质组学和基因组学的联合分析。这可能涉及到单细胞分离和捕获的自动化、单细胞核酸或蛋白质的提取和扩增的自动化、以及单细胞数据的自动化质控和分析。我特别好奇书中是否会介绍一些创新的自动化平台或技术,能够实现对大量单细胞样本的高效、高通量处理,并克服单细胞样本量极小的挑战。此外,我期待书中能阐述如何通过自动化来整合单细胞蛋白质组学和基因组学数据,从而更深入地理解基因表达调控、信号通路激活以及细胞命运决定等复杂过程。是否有关于单细胞多组学数据分析中常见的技术难点以及如何通过自动化来解决的讨论?我对这本书能够为我提供关于如何利用自动化技术推动单细胞多组学研究发展的最新见解和技术指导充满期待。

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我对《Automation in Proteomics and Genomics》这本书的期待,很大程度上源于对数据科学和机器学习在生物学领域日益增长的影响力的关注。蛋白质组学和基因组学产生海量数据,而从中挖掘有价值的生物学洞察,往往需要借助先进的数据分析工具和算法。《Automation in Proteomics and Genomics》的书名暗示了自动化在这两个领域中的应用,我希望书中能深入探讨如何利用机器学习和人工智能来驱动自动化数据分析流程。这可能包括利用监督学习或无监督学习算法来识别蛋白质翻译后修饰模式、基因调控网络、或者疾病相关的基因突变。我尤其关注书中是否会介绍如何将这些智能算法集成到自动化的数据处理管道中,从而实现对复杂生物数据的自动化分析、模式识别和预测建模。是否有关于如何选择和训练合适的机器学习模型,以及如何评估和验证自动化分析结果可靠性的讨论?例如,如何利用自动化手段来处理和整合来自不同实验平台和组学层级的数据,并从中发现新的生物学关联?我对这本书能够提供关于如何利用人工智能和自动化技术解锁蛋白质组学和基因组学数据潜力的前沿见解和实用指导充满期待。

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我对《Automation in Proteomics and Genomics》这本书的关注点在于它是否能为我提供一些关于如何构建和维护自动化研究平台的实用建议。在实验室管理层面,引进和部署自动化设备需要考虑很多因素,包括设备兼容性、软件集成、人员培训以及长期维护成本。我希望这本书能够详细介绍在蛋白质组学和基因组学研究中,如何设计一个高效且灵活的自动化工作流程,以适应不同规模和复杂度的研究项目。这可能涉及到自动化样品调度系统、机器人式样品转移、以及智能化的仪器控制和数据采集。更重要的是,我希望能从中了解到如何建立一个易于管理和升级的自动化生态系统,确保科研人员能够专注于科学问题本身,而不是被繁琐的仪器操作和维护所困扰。书中是否会讨论一些成功的实验室案例,展示他们是如何通过自动化显著提升研究效率和数据产出的?是否有关于如何进行成本效益分析,以支持自动化设备投资的建议?我期待这本书能够为实验室管理者和PI们提供一份全面的指南,帮助他们将自动化从一个概念转化为实际的研究能力。

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在当前的科研环境中,可重复性是衡量研究质量的关键指标。《Automation in Proteomics and Genomics》的书名让我对其在这方面能提供的价值寄予厚望。我希望这本书能详细阐述自动化在减少人为错误、提高实验一致性以及确保数据可重复性方面的具体作用。在蛋白质组学和基因组学研究中,复杂的实验步骤和大量的样本处理使得人工操作极易引入变异。我期待书中能介绍如何通过标准化的自动化流程来最小化这些变异,例如,使用自动化的移液系统来精确控制反应体积,或者利用自动化的样本追踪系统来避免样本混淆。此外,在数据分析层面,我同样希望这本书能探讨自动化工作流如何确保分析过程的透明性和可重复性,例如,通过使用版本控制系统来管理分析脚本,以及通过容器化技术来封装分析环境。书中是否会提供一些关于如何设计和验证自动化流程以最大化可重复性的指导原则?是否有关于如何量化和报告自动化带来的可重复性提升的实例?我对这本书能够为我的研究提供关于如何构建更加稳健和可信赖的实验和分析流程的切实可行的方案充满期待。

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我的研究重点之一是如何加速药物研发和临床试验的进程。《Automation in Proteomics and Genomics》的书名让我联想到自动化技术在药物筛选、作用机制研究以及患者分型的潜在应用。我希望这本书能够深入探讨自动化平台如何被用于高通量的化合物筛选、目标蛋白的体外活性测定以及药物代谢和毒性评估。在基因组学层面,我同样期待看到自动化技术在患者基因组分型、药物基因组学研究以及基于基因组学数据的个性化治疗方案设计中的应用。书中是否会介绍一些成功的案例,展示自动化如何显著缩短药物研发周期,降低研发成本,并提高药物开发的成功率?是否有关于如何设计和实施自动化药物研发流程的详细指南?例如,如何选择合适的自动化设备来模拟体内环境,或者如何利用机器学习算法来分析基因组学数据以预测药物反应?我对这本书能够为我提供关于如何利用自动化技术革新药物研发和临床应用的研究思路和实践方法充满期待。

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我最近在探索如何将自动化技术应用到我正在进行的蛋白质组学项目中,尤其是在高通量筛选和定量分析方面。我的工作流程中,样本的准备和处理占据了大量的实验时间,而且人工操作容易引入批次效应和变异性。因此,我对《Automation in Proteomics and Genomics》这本书寄予厚望,希望能从中找到关于自动化液体处理系统、肽段消化自动化、色谱分离优化以及质谱数据采集自动化等方面的具体指导。我特别关注的是,书中是否会介绍一些经过验证的自动化方法,这些方法能够在保证数据质量的同时,显著提高实验通量,甚至实现24/7不间断运行?另外,对于基因组学部分,我同样好奇自动化是如何应用于DNA/RNA提取、文库构建、PCR扩增以及高通量测序样本的准备的。我希望这本书能够详细阐述这些自动化流程的设计原则、关键参数的设置以及常见的故障排除方法。此外,这本书是否有关于如何选择合适的自动化设备和软件的建议?例如,在预算有限的情况下,如何权衡自动化程度和成本效益?或者,对于特定的研究问题,哪些自动化解决方案是最优的选择?我对这本书能够提供可操作的见解,帮助我优化现有的实验流程,并为未来的项目设计提供新的思路充满期待。

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这本书的书名《Automation in Proteomics and Genomics》触及了我近期非常感兴趣的一个方向,那就是如何利用新兴技术来加速生物标志物的发现过程。在疾病诊断和治疗监测中,准确可靠的生物标志物至关重要,而蛋白质组学和基因组学技术是发现这些标志物的两大主力。然而,传统的生物标志物发现流程往往耗时且成本高昂,这大大限制了其在临床应用中的推广。我希望这本书能够深入探讨自动化技术如何在生物标志物的筛选、验证和临床转化过程中发挥关键作用。例如,自动化高通量筛选平台如何能够快速、高效地检测和量化潜在的生物标志物?自动化样本制备和数据分析流程如何能够确保生物标志物数据的可靠性和可重复性?此外,我特别关注书中是否会介绍一些将蛋白质组学和基因组学数据相结合的自动化方法,以期发现更具诊断价值的多模态生物标志物。这可能涉及到如何自动化整合和分析来自不同组学层级的数据,并利用机器学习算法来识别复杂的生物标志物模式。我对这本书能够提供关于利用自动化技术加速生物标志物发现和临床转化的前沿见解和实践指导充满期待。

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作为一名在基因组学领域工作多年的研究者,我深知数据处理和分析是整个研究链条中最耗时且最容易出错的环节。从海量的测序数据中提取有价值的信息,需要高效且可靠的生物信息学工具和流程。《Automation in Proteomics and Genomics》这本书名让我对它在自动化数据分析方面的潜力产生了浓厚的兴趣。我希望书中能够深入探讨如何利用自动化脚本、工作流管理系统(如Nextflow, Snakemake)以及容器化技术(如Docker, Singularity)来构建可重复、可扩展的基因组学数据分析流程。这包括从原始测序数据(FASTQ)的质量控制、比对、变异检测、基因注释到更高级别的功能富集分析和通路分析。此外,对于蛋白质组学数据,我同样期待看到关于自动化质谱数据处理、肽段和蛋白鉴定、定量分析以及下游生物学功能推断的自动化流程的介绍。书中是否会提供一些关于如何开发和优化这些自动化分析管道的实用技巧?例如,如何选择合适的算法参数?如何评估和验证分析结果的准确性?以及如何将这些自动化流程整合到更大的数据管理和共享平台中?我对这本书能够为我提供构建稳健、高效数据分析框架的知识和工具充满期待。

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