序前言第一章 生物信息學簡介 1.1 生物信息學基礎 1.1.1 什麼是生物信息學 1.1.2 生物信息學的形成與發展 1.1.3 生物信息學的研究內容 1.2 生物信息學應用 1.2.1 生物信息學的熱點領域 1.2.2 信息技術與生物信息學第二章 數據庫檢索 2.1 綜閤性數據庫NCBI 2.1.1 NCBI簡介 2.1.2 NCBI數據庫介紹 2.1.3 Entrez簡介 2.1.4 Entrez檢索實例 2.2 綜閤性數據庫EMBL-EBI 2.2.1 EBI簡介 2.2.2 EBI數據庫簡介 2.2.3 SRS簡介 2.2.4 SRS檢索實例 2.2.5 BioMart簡介 2.2.6 BioMart檢索實例 2.3 UCSC基因組瀏覽器 2.3.1 UCSC基因組瀏覽器簡介 2.3.2 UCSC基因組瀏覽器檢索實例第三章 引物設計及測序結果分析 3.1 引物設計 3.1.1 概述 3.1.2 常規PCR引物設計實例分析 3.1.3 簡並引物設計 3.2 測序結果分析 3.3 序列拼接實例分析第四章 核酸序列分析 4.1 常規分析 4.1.1 核酸序列的檢索 4.1.2 核酸序列組分分析 4.1.3 序列變換 4.1.4 限製性酶切分析 4.2 比對分析 4.2.1 BLAST比對 4.2.2 雙序列比對 4.2.3 多序列比對 4.3 基因結構識彆 4.3.1 ORF識彆及其可靠性驗證 4.3.2 啓動子及轉錄因子結閤位點分析 4.3.3 重復序列分析 4.3.4 CpG island 4.3.5 3'UTR區第五章 蛋白質序列分析 5.1 蛋白質序列的基本性質分析 5.1.1 理化性質分析 5.1.2 疏水性分析 5.1.3 跨膜區分析 5.1.4 信號肽預測 5.1.5 Coil區分析 5.1.6 亞細胞定位“ 5.2 結構域分析及motif搜索 5.2.1 結構域分析 5.2.2 motif搜索 5.3 空間結構預測 5.3.1 蛋白質二級結構預測 5.3.2 蛋白質三級結構預測 5.3.3 蛋白質結構預測方法評價 5.4 抗原錶位預測分析 5.4.1 B淋巴細胞抗原錶位預測分析 5.4.2 T淋巴細胞抗原錶位預測分析第六章 分子進化與係統發育分析 6.1 進化的分子基礎 6.1.1 進化樹與分子係統學 6.1.2 相似性與同源性 6.1.3 分子進化 6.2 係統發育分析 6.2.1 DNA和氨基酸序列的進化演變 6.2.2 係統發育樹的種類 6.2.3 用於係統發育分析的分子標記選擇 6.2.4 常用的構樹方法及其甄選 6.2.5 係統發育分析常用軟件 6.3 係統發育分析的檢驗 6.3.1 係統發育分析方法可靠性的評價 6.3.2 係統樹的誤差分析及消除方法 6.4 係統樹的評估 6.5 係統發育分析實例 6.5.1 使用MEGA軟件重建NJ樹 6.5.2 使用PAUP軟件重建NJ樹 6.5.3 使用MEGA軟件重建MP樹 6.5.4 使用PAUP軟件重建MP樹 6.5.5 使用PAUP軟件重建ML樹 6.5.6 貝葉斯樹第七章 RNA分析 7.1 RNA簡介 7.1.1 RNA的結構 7.1.2 RNA的功能 7.1.3 RNA研究進展與展望 7.2 RNA二級結構 7.2.1 RNA的二級結構概述 7.2.2 RNA二級結構的預測方法 7.2.3 RNA結構預測實例分析 7.3 高效siRNA的設計 7.3.1 RNAi的作用機製 7.3.2 siRNA的設計原則 7.3.3 影響RNAi的其他因素 7.3.4 siRNA的設計步驟 7.3.5 siRNA的閤成 7.3.6 siRNA乾涉效果的評判 7.3.7 siRNA相關數據庫介紹 7.3.8 siRNA設計實例分析 7.4 microRNA分析 7.4.1 microRNA作用機製概述 7.4.2 miRNA功能與研究方法 7.4.3 miRNA生物信息學分析 7.4.4 miRNA及其靶基因預測的實例分析主要參考文獻及網址附錄 附錄1 常用生物學數據庫 附錄2 各種主要的RNA二級結構預測軟件比較 附錄3 名詞解釋彩圖
· · · · · · (收起)