Methods in Enzymology, Volume 482

Methods in Enzymology, Volume 482 pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:Academic Press
作者:Jensen, Grant J.
出品人:
页数:456
译者:
出版时间:2010-10-14
价格:USD 210.00
装帧:Hardcover
isbn号码:9780123849915
丛书系列:
图书标签:
  • 结构生物学
  • 生物物理
  • 生物化学
  • 生物
  • 物理
  • 化学
  • Enzymology
  • Biochemistry
  • Molecular Biology
  • Protein Chemistry
  • Enzyme Assays
  • Experimental Methods
  • Laboratory Techniques
  • Biological Chemistry
  • Research
  • Science
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具体描述

This volume is dedicated to a description of the instruments, samples, protocols, and analyses that belong to cryo-EM. It emphasizes the relatedness of the ideas, intrumentation, and methods underlying all cryo-EM approaches which allow practictioners to easily move between them. Within each section, the articles are ordered according to the most common symmetry of the sample to which their methods are applied.

* Includestime-tested coremethods and new innovationsapplicable to any researcher * Methods included are useful to both establishedresearchers and newcomers to the field * Relevant background and reference information given for procedures can be used as a guide

深入解析生物化学前沿:《酶学方法》系列精选:聚焦蛋白质结构、功能与调控(模拟图书简介) 图书名称: 酶学方法:蛋白质结构、功能与调控的先进技术(精选合集) ISBN: 978-1-XXXX-XXXX-X (此为示例,非真实ISBN) 出版社: 生物科学前沿出版社 --- 内容简介: 本书汇集了当代生物化学与分子生物学领域最具创新性和影响力的实验技术与方法论,旨在为研究人员提供一套全面、深入且高度实用的指导手册。本书并非特定单一卷册的重复,而是从《酶学方法》系列过往卷册中精选出关于蛋白质结构解析、酶功能机制阐明、新型调控通路探究以及高级生物物理分析等核心主题的精华内容,构建成一本跨越时间轴、聚焦前沿进展的综合性参考书。 在当前的生命科学研究中,对蛋白质这一生命活动核心执行者的理解已不再局限于其催化活性,而是扩展到其动态构象变化、与其他分子的复杂互作网络以及在细胞内精确的时空调控。本书正是围绕这些前沿挑战,系统性地梳理了从样本制备到数据解读的每一个关键步骤。 第一部分:蛋白质结构解析的深度突破 结构决定功能,理解蛋白质的精确三维结构是阐明其分子机制的基石。本部分着重介绍了超越传统晶体学的现代结构生物学技术: 冷冻电镜(Cryo-EM)的高分辨率重建: 详细阐述了从单颗粒数据采集、图像处理到三维重构的完整流程,重点分析了如何处理柔性蛋白和膜蛋白复合物的挑战。特别收录了最新的单粒子分析软件操作流程与参数优化策略,确保用户能获得原子级别的结构信息。 核磁共振波谱(NMR)在溶液状态下的应用: 侧重于如何利用先进的脉冲序列(如TROSY和HSQC)研究大分子复合物的动态平衡、相互作用界面以及在溶液中构象的微小变化。书中包含了如何进行结构解析和动力学研究的实用案例。 X射线晶体学的优化策略: 虽然技术成熟,但如何高效筛选晶体、应对难以结晶的靶点(如跨膜蛋白或多聚体),以及如何利用同步辐射光源获取高精度数据,是本部分讨论的重点。 第二部分:酶活性与催化机制的精细测量 对酶的定量分析是酶学研究的核心。本部分深入探讨了如何设计和执行高灵敏度、高特异性的活性测定实验: 实时荧光法与表面等离子共振(SPR)联用: 讲解了如何利用SPR技术实时监测底物结合、产物释放以及酶促反应速率,从而获得$K_m$、$V_{max}$以及解离常数$K_D$的精确数据。同时,强调了荧光探针选择和背景校正的技巧。 高通量筛选(HTS)与微流控技术: 介绍了如何将酶学测定集成到自动化平台中,以应对药物发现中对大量化合物库进行初筛的需求。微流控芯片在分析单分子水平的酶活性和克服扩散限制方面的最新进展也有详细介绍。 酶的“非催化”功能研究: 突破传统观点,探讨了酶在信号转导、分子伴侣活性以及作为支架蛋白在细胞内定位中的作用,并提供了相应的生物化学验证方法。 第三部分:蛋白质互作组学与调控网络的解析 现代生物学认识到,蛋白质的功能实现依赖于其复杂的相互作用网络。本部分聚焦于描绘和解析这些网络: 化学交联与质谱(Cross-linking Mass Spectrometry, XL-MS): 详细介绍了新型交联剂的选择、交联反应条件的优化,以及如何利用先进的碎片分析算法来重建蛋白质复合物的低分辨率拓扑结构,特别是在研究较大、动态结构时的应用。 基于抗体的调控技术(Degron系统与光遗传学): 阐述了如何利用新型的靶向蛋白降解技术(如PROTACs的原理及其体外评估)或光控开关系统,实现对特定蛋白质表达水平或活性的精确、时间可控的干预,是功能验证的金标准。 生物信息学与网络建模: 整合了实验数据,介绍了如何利用图论和网络拓扑分析来预测关键的调控节点和功能模块,将定量的实验数据转化为可预测的生物学模型。 第四部分:膜蛋白与复杂系统的研究策略 膜蛋白因其在药物靶点中的高占比和极高的研究难度,一直是领域内的焦点。 高纯度膜蛋白的稳定化与纯化: 提供了从细胞裂解、使用各种去垢剂(如脂质微粒、SMA聚合物)到最终纯化的详细操作指南,强调了维持膜蛋白天然活性的关键参数控制。 体外重构系统: 介绍了脂质双层囊泡(LUVs)、人工膜片(BLMs)以及脂质盘(Lipodiscs)的应用,用于模拟更接近生理环境的膜蛋白功能研究。 功能分析的特异性: 如何在重构体系中准确测量离子通道的电流、转运蛋白的底物转运效率等。 本书特色与读者群体: 本书的编写风格严谨、数据详实,每一章节都力求提供“可操作性强”的协议和“可解释性强”的案例分析。它摒弃了对基础概念的冗余介绍,直接切入当前实验的瓶颈与解决方案。 本书是结构生物学家、酶学研究人员、药物化学家、生物物理学家以及高年级研究生和博士后研究人员的必备参考书。它不仅是实验室工作手册的升级版,更是启发新研究方向、解决复杂实验难题的强大智囊。通过掌握这些前沿技术,读者将能以前所未有的深度和精度,揭示生命体中最为精密的分子机器——酶和蛋白质——的运作奥秘。

作者简介

目录信息

Table of Contents
Fundamentals of three-dimensional reconstruction from projections
Pawel A. Penczek
Image Restoration in Cryo-electron Microscopy
Pawel A. Penczek
Resolution measures in molecular electron microscopy
Pawel A. Penczek
3D reconstruction from 2D crystal image and diffraction data
Andreas Schenk, Daniel Castaño-Díez, Bryant Gipson, Marcel Arheit, Xiangyan Zeng, and Henning Stahlberg
Fourier-Bessel Reconstruction of Helical Assemblies
David L Stokes, Ruben Diaz & William, J. Rice
Reconstruction of Helical Filaments and Tubes
Edward H Egelman
Three-Dimensional Asymmetric Reconstruction of Tailed Bacteriophage
Jinghua Tang, Robert S. Sinkovits, and Timothy S. Baker
Single Particle Analysis at High Resolution
Yao Cong and Steven J. Ludtke
The Orthogonal Tilt Reconstruction method
Andres Leschziner
An introduction to maximum-likelihood methods in cryo-EM
Fred J. Sigworth, Peter C. Doerschuk, Jose-Maria Carazo, and Sjors H.W. Scheres
Classification of structural heterogeneity by maximum-likelihood methods
Sjors H.W. Scheres
Methods for three-dimensional reconstruction of heterogeneous assemblies
Elena V Orlova, Helen R. Saibil
Alignment of cryo-electron tomography datasets
Fernando Amat, Daniel Casta˜no-Diez, Albert Lawrence, Farshid Moussavi, Hanspeter Winkler, & Mark Horowitz
Correcting for the Ewald sphere in high resolution single particle reconstructions
Grant J Jensen, Peter A. Leong, Xuekui Yu, & Z. Hong Zhou
Software Tools For Molecular Microscopy: An Open-Text Wikibook
· · · · · · (收起)

读后感

评分

作为冷冻电镜很少的几本书之一,这本书在3D reconstruction方面的介绍是非常的系统和全面的。 只是可惜没有中文或者稍微简单一点的相关的书籍可以阅读,使得我不得不从一开始就读这么难的一本书,所以其中很多都没有看懂…… 不过好在其中还是大概了解了3D reconstruction的一...

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作为冷冻电镜很少的几本书之一,这本书在3D reconstruction方面的介绍是非常的系统和全面的。 只是可惜没有中文或者稍微简单一点的相关的书籍可以阅读,使得我不得不从一开始就读这么难的一本书,所以其中很多都没有看懂…… 不过好在其中还是大概了解了3D reconstruction的一...

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作为冷冻电镜很少的几本书之一,这本书在3D reconstruction方面的介绍是非常的系统和全面的。 只是可惜没有中文或者稍微简单一点的相关的书籍可以阅读,使得我不得不从一开始就读这么难的一本书,所以其中很多都没有看懂…… 不过好在其中还是大概了解了3D reconstruction的一...

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作为冷冻电镜很少的几本书之一,这本书在3D reconstruction方面的介绍是非常的系统和全面的。 只是可惜没有中文或者稍微简单一点的相关的书籍可以阅读,使得我不得不从一开始就读这么难的一本书,所以其中很多都没有看懂…… 不过好在其中还是大概了解了3D reconstruction的一...

用户评价

评分

收到《Methods in Enzymology, Volume 482》的时候,我的第一反应是它的专业性和深度。我一直从事的是酶在生物传感器领域的应用研究,而这本书恰好能提供我急需的最新技术和理论支持。我最关注的是其中关于“酶固定化技术在生物传感器中的应用”的章节。这本书详细阐述了各种酶固定化的方法,包括物理吸附、化学偶联、交联和包埋等,并对每种方法的优缺点、适用范围进行了详细的比较。我特别被其中关于“纳米材料辅助酶固定化”的介绍所吸引,它能够显著提高酶的活性、稳定性和灵敏度,这对于开发高性能的生物传感器至关重要。书中甚至还提供了一些具体的实验案例,展示了如何利用这些技术来构建针对特定分析物的生物传感器。我感到,这本书不仅为我提供了解决实验问题的技术方案,更重要的是,它为我指明了未来研究的方向,让我对生物传感器的发展有了更深刻的理解和更广阔的视野。

评分

我是一名在制药行业从事药物研发的研究员,酶学在我们新药发现和开发过程中扮演着至关重要的角色。《Methods in Enzymology, Volume 482》这本著作,对于我来说,简直就是一把“金钥匙”,为我打开了通往更高效、更精准的药物研发之门。我最感兴趣的部分是关于“酶在药物靶点发现和验证中的应用”的章节。它详细介绍了如何利用各种高通量筛选技术,来鉴定与疾病相关的酶,以及如何利用这些酶来筛选潜在的药物候选物。书中对“激酶抑制剂筛选”和“蛋白酶抑制剂筛选”等具体案例的深入分析,让我对如何在我的药物研发项目中应用这些方法有了更清晰的认识。此外,书中还讨论了如何利用酶学技术来评估药物的代谢稳定性和毒性,这对于我后续的药物评估工作至关重要。我迫不及待地想要将书中介绍的各种方法应用到我的实际工作中,相信这一定会极大地提高我的工作效率,并为新药的成功研发贡献力量。

评分

这本书《Methods in Enzymology, Volume 482》的出现,恰好满足了我近期在蛋白质工程领域遇到的挑战。我一直在尝试对一种重要的酶进行定向进化,以提高其催化效率和稳定性,但在这个过程中,我遇到了不少技术瓶颈,尤其是在设计和筛选突变体方面。当我翻阅这本书时,我惊喜地发现其中有几个章节专门讨论了与此相关的先进技术。它详细介绍了如何利用高通量筛选系统,结合机器学习算法,来加速突变体的发现过程。书中对各种筛选平台的构建方法,以及如何设计有效的荧光或化学信号检测系统,都进行了深入的剖析。我特别关注了关于“酶活性突变体库构建”的部分,其中提到的一种基于DNA模板的定向诱变技术,以及如何优化PCR条件以获得高密度和多样性的突变体库,这对我目前的实验设计有着直接的指导意义。而且,书中对数据分析的建议,包括如何处理大量的筛选数据,以及如何选择最有潜力的候选突变体,都非常有价值。这本书让我看到了解决我所面临问题的希望,也为我提供了切实可行的技术路线。

评分

我是一名相对年轻的研究者,在酶学领域涉足的时间不长。《Methods in Enzymology, Volume 482》这本厚重的著作,在我看来,就像一座知识的宝库,里面蕴藏着我急需的宝藏。我最先被吸引的是它对基础酶学实验技术的系统性梳理。从经典的酶活性测定方法,到如今越来越重要的生物传感器技术,这本书几乎涵盖了所有我可能用到的技术。我特别喜欢它对每种方法原理的阐述,清晰明了,让我能够从根本上理解为何要这样做,以及这样做的好处和局限性。例如,关于“酶催化动力学模型”的讨论,它不仅解释了Michaelis-Menten动力学,还详细介绍了各种更复杂的模型,以及如何根据实验数据来选择合适的模型。这对于我理解和解释我的酶活性数据至关重要。此外,书中对实验数据统计分析的建议,以及如何解读不同统计学指标,都让我受益匪浅。我感到,这本书不仅仅是在教我“怎么做”,更是在教我“为什么这么做”,以及“如何做得更好”。它为我今后的研究打下了坚实的基础。

评分

当我收到《Methods in Enzymology, Volume 482》时,我首先注意到的是其严谨的学术风格。我本身就是一名经验丰富的酶学研究者,深知在这个领域,细节决定成败。这本书在这一点上做得非常出色。它对每一种酶学研究方法都进行了极为细致的描述,仿佛作者亲自站在你身边,一步步指导你完成实验。我最感兴趣的部分是关于“酶的结晶和结构解析”章节。我对利用X射线衍射技术解析酶的三维结构一直抱有浓厚的兴趣,但技术难度很高,一直未能深入。这本书详细介绍了从蛋白质的表达、纯化,到结晶条件的筛选,再到数据收集和结构解析的全过程,每一个步骤都给出了非常具体的建议和技巧。书中甚至还讨论了如何处理一些常见的结晶问题,例如晶体生长缓慢、多晶型等,这对于我这种初学者来说,简直是无价的指导。我迫不及待地想要将书中所学的知识应用到我的研究中,希望能够利用这种方法来揭示我的目标酶的结构-功能关系。

评分

说实话,我最初拿到《Methods in Enzymology, Volume 482》的时候,并没有抱太高的期望。我的研究方向相对小众,担心这么一本综合性的期刊可能会涉及不到太多我需要的内容。然而,事实证明我的担忧是多余的,甚至是错误的。这本书给我带来的惊喜,就像在沙漠中发现了一片绿洲。它所涵盖的酶学研究方法,虽然种类繁多,但每一个章节都写得相当扎实,逻辑清晰。我特别关注了其中关于酶动力学分析的部分,原本以为会是一堆枯燥的公式和图表,但作者们用一种非常直观易懂的方式,将复杂的概念拆解开来,并结合了大量的实例,让我对传统的酶动力学模型有了全新的认识,同时也了解了许多近年来发展起来的更高级的分析工具,比如一些基于计算生物学的模拟方法。这对于我理解和解释我的实验数据,提供了非常重要的理论支持。更重要的是,书中对不同实验设计和方法选择的权衡分析,让我对如何更有效地规划我的实验有了更深刻的理解,避免了许多可能走弯路的地方。我甚至觉得,这本书不应该只被定位为一本“方法书”,它更像是一本“酶学研究者的思想启迪录”,能够激发我们从更宏观和更深入的角度去思考问题。

评分

不得不说,《Methods in Enzymology, Volume 482》是一本极具前瞻性的参考书。我一直关注酶学研究的最新进展,特别是那些能够带来颠覆性突破的新技术。这本书的出现,正好契合了我的需求。我最被吸引的是其中关于“利用CRISPR/Cas9系统进行酶工程改造”的章节。这项技术在基因编辑领域的应用已经非常广泛,但将其应用于酶的定向改造,从而设计出具有全新催化功能的酶,这对我来说是一个全新的领域。书中详细介绍了如何设计sgRNA,如何进行细胞转染,以及如何利用定向进化和高通量筛选技术来鉴定和优化工程酶。它甚至还探讨了利用AI辅助设计酶的催化位点,以提高其催化效率和特异性,这让我对未来的酶工程研究充满了期待。这本书不仅仅是介绍技术,更是展示了酶学研究的未来发展方向,为我们指明了前进的道路。

评分

我最近正在进行一项关于信号转导通路中关键酶活性的研究,为此查阅了大量文献,但始终觉得缺乏一个系统性的指导。《Methods in Enzymology, Volume 482》的到来,简直是解决了我燃眉之急。我最感兴趣的部分是关于荧光探针技术在酶活性检测中的应用。这本书详细介绍了不同类型荧光探针的设计原理、合成方法,以及它们在细胞内外的检测策略。我尤其被其中关于一种新型pH响应性荧光探针的描述所吸引,它能够实时监测酶活性变化引起的局部pH微环境的改变,这对于我理解酶在细胞信号传导中的动态作用至关重要。书中不仅提供了详细的实验步骤,还包括了如何选择合适的激发/发射波长,如何校准荧光信号,以及如何避免常见的干扰因素等关键细节。我花了好几个小时仔细研读这些内容,并且已经草拟了几个利用这种探针来验证我研究假设的实验方案。这种“手把手”的教学方式,让我在阅读的同时,仿佛身临其境地进行实验操作。这本书的价值,不仅仅在于提供方法,更在于它能够激发我们探索新的可能性,并为我们提供实现这些可能性的工具。

评分

这本书《Methods in Enzymology, Volume 482》不仅仅是一本方法手册,更像是一本激发我思维的“灵感集”。我一直在思考如何将酶学研究与生物信息学分析更紧密地结合起来,但一直缺乏一个清晰的思路。这本书中关于“基于计算模拟预测酶活性和选择性”的章节,给了我巨大的启发。它详细介绍了各种计算化学和分子动力学模拟方法,以及如何利用这些方法来研究酶的反应机理、底物结合特性和稳定性。我特别关注了关于“自由能计算”的部分,这对于我理解酶催化过程中的能量变化,以及如何通过理性设计来优化酶的催化性能,有着重要的指导意义。书中甚至还讨论了如何将这些计算结果与实验数据进行整合分析,以获得更全面的认识。我感到,这本书让我看到了酶学研究的另一片天地,它不仅能够帮助我解决实际的实验问题,更能激发我从更宏观、更理论的角度去思考酶的本质。

评分

天哪,收到这本《Methods in Enzymology, Volume 482》时,我的心简直要飞起来了!我一直在寻找一本能够真正帮我突破当前研究瓶颈的参考书,而这本简直就是及时雨。我最开始被它厚实的封面和里面密密麻麻的目录所吸引,虽然预料到会比较“硬核”,但实际翻开后,我还是被其内容的深度和广度所震撼。它不仅仅是罗列方法,而是对每种方法都进行了详尽的阐述,从理论基础到具体操作,再到结果分析,每一个环节都扣得很紧,几乎没有留下任何模糊的空间。尤其令我惊喜的是,其中关于蛋白质组学最新进展的几个章节,简直是为我量身定做的。我一直在纠结于如何更有效地分离和鉴定我的目标蛋白,而这本书提供的几种新型质谱分析技术,以及它们在不同应用场景下的具体操作指南,让我茅塞顿开。我迫不及待地想要动手尝试其中介绍的实验方案,相信这会极大地加速我的项目进程。而且,书中对各种实验条件的优化建议,以及对潜在问题的预警,都显示了作者们的深厚功底和丰富的实践经验。我敢说,对于任何一个在酶学领域深耕的研究者来说,这本书都将是不可或缺的宝藏。我甚至已经开始计划,在我的实验室里,将其中一些方法作为标准操作流程来推广。

评分

MinE系列的书 是很好的入门理论综述 也是很好的protocol 值得花大量时间反复读透 几乎所有生物化学和生物物理的领域都有涵盖

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