《生物信息学方法指南》分5篇28章，对生物信息学的主要内容进行了全面系统地阐述。第一篇介绍序列分析软件包，主要有基于各种平台的常用序列分析软件包，如GCG、OMIGA、DNASTAR等。第二篇介绍常用分子生物学软件的功能和使用方法。第三篇介绍如何使用网络上的分子生物学信息资源。第四篇介绍分子生物学信息通过计算机在网络上发布极其限制。第五篇介绍分子生物信息学课程设置和教学安排及虚拟图书馆提供的文献检索功能和使用方法。
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