Advanced Bacterial Genetics

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出版者:Academic Press
作者:Kelly T Hughes
出品人:
页数:320
译者:
出版时间:2007-03-13
价格:USD 175.00
装帧:Hardcover
isbn号码:9780123737496
丛书系列:
图书标签:
  • 细菌遗传学
  • 分子生物学
  • 基因组学
  • 遗传工程
  • 细菌学
  • 生物技术
  • 进化生物学
  • 微生物学
  • DNA
  • RNA
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The critically acclaimed laboratory standard for more than fifty years, Methods in Enzymology is one of the most highly respected publications in the field of biochemistry. Since 1955, each volume has been eagerly awaited, frequently consulted, and praised by researchers and reviewers alike. Now with over 400 volumes (all of them still in print), the series contains much material still relevant today-truly an essential publication for researchers in all fields of life sciences. This new volume presents methods related to the use of bacterial genetics for genomic engineering. The book includes sections on strain collections and genetic nomenclature; transposons; and phage.

好的,这是一份关于一本名为《Advanced Bacterial Genetics》的图书的简介,该简介聚焦于该书不包含的内容,并力求详尽、自然。 --- 图书简介:《Advanced Bacterial Genetics》——聚焦其未涵盖的主题 本书《Advanced Bacterial Genetics》旨在为初学者和中级读者提供细菌遗传学基础原理的坚实概述,侧重于核心的概念模型、经典实验方法以及当前分子生物学视角下的基因调控机制。然而,为了保持其聚焦的清晰度和教学的针对性,本书在内容选择上进行了审慎的取舍。以下将详细阐述本书明确未纳入的重点领域,这些领域通常属于更专业化或更前沿的微生物学、生物化学或生物信息学范畴。 一、 宏基因组学与环境微生物学的前沿应用 尽管本书会涉及经典的微生物种群遗传学概念,但它不深入探讨当前环境微生物学中占据核心地位的宏基因组学(Metagenomics)技术及其在生态系统功能解析中的应用。 具体而言,本书不会详细涵盖: 1. 高通量测序技术在宏基因组学中的实操细节:例如Illumina、PacBio或Oxford Nanopore等平台的文库构建流程、测序误差分析,以及大规模数据的质控流程(如Trimmomatic、FastQC的高级参数设置)。 2. 基于组装和功能注释的分析流程:本书不会详细介绍如何从海量的短读长序列数据中重建微生物基因组(MAGs,Metagenome-Assembled Genomes),也不会深入讲解使用MetaPhlAn、Kraken2或MEGAN等工具进行物种分类学和功能基因丰度分析的具体步骤和算法基础。 3. 功能基因的生态学关联:对于如何通过宏基因组数据分析特定环境(如土壤、海洋深处或人类肠道)中的碳循环、氮固定或抗生素抗性基因(ARGs)的群体动态和进化压力,本书选择了保持概述层面,而不提供具体的案例研究和数据处理流程。 二、 细菌细胞壁合成与抗生素作用机制的药理学深度 本书的核心在于遗传调控和基因操作,因此,它不会将重点放在细菌细胞壁生物合成的生化细节或抗生素作用的药理动力学(PK/PD)模型上。 这包括但不限于: 1. 肽聚糖(Peptidoglycan)合成途径的酶学动力学:关于MurA到Daptomycin靶点(Lipid II)合成通路中各个酶(如转肽酶、转糖基化酶)的精确三维结构解析、底物特异性以及抑制剂结合的分子动力学模拟结果,均不在本书的讨论范围之内。 2. 广谱抗生素的靶点特异性研究:对于新一代氟喹诺酮类或大环内酯类抗生素如何与DNA旋转酶或核糖体进行亚基特异性结合的详细结构生物学分析(如Cryo-EM解析图),本书仅会提及这些靶点,但不会深入讲解实验获取这些结构信息的具体技术流程。 3. 耐药性的表型量化:本书可能讨论耐药性基因的遗传,但不会深入探讨最低抑菌浓度(MIC)的测定标准、药敏试验的数据解释,或群体水平上耐药性如何在特定药剂压力下通过选择系数(Selection Coefficient)进行量化评估的复杂数学模型。 三、 先进的合成生物学工具与高级系统生物学建模 虽然细菌遗传学是合成生物学的基础,但本书的侧重点在于“经典”和“基础”的高级概念。因此,排除了当前快速发展的合成生物学工具箱中的许多高度工程化和系统层面的内容。 具体未涵盖的领域包括: 1. 基因线路(Genetic Circuits)的设计与优化:关于构建双稳态开关、振荡器或逻辑门所需的详细电路图设计原则、元件的参数化选择(如选择具有特定翻转速率的启动子或核糖体结合位点(RBS))以及消除“串扰”的工程策略,本书未予深入介绍。 2. CRISPR-Cas系统的高级工程化应用:本书可能提到CRISPR/Cas9作为基因编辑工具的原理,但不会涉及其在非模式生物中的脱靶效应最小化策略、基于Prime Editing或Base Editing的精确碱基修饰技术,或使用Cas12/Cas13进行RNA编辑或诊断(如SHERLOCK/DETECTR)的具体操作指南。 3. 代谢网络的系统级建模:对于使用约束优化(如FBA, Flux Balance Analysis)来预测大肠杆菌或特定微生物在不同营养源下最大产率的计算模型构建方法、网络拓扑分析或通量分配矩阵的求解过程,本书不予涵盖。这些内容通常属于生物工程或计算生物学的专业课程。 四、 细菌病原体的毒力因子的免疫逃逸机制(宿主-病原体相互作用的深度剖析) 本书的遗传学视角倾向于细菌自身的内在调控,而非与宿主细胞的复杂互动。因此,在涉及细菌病原体时,本书侧重于毒力基因的表达调控(如Quorum Sensing),而回避了宿主免疫学与之交叉的复杂领域。 本书不包含以下内容: 1. 细菌分泌系统(Type I-VI Secretion Systems)的生化组装与结构:关于这些复杂多蛋白复合体如何跨膜运输效应蛋白的具体分子机制、能量依赖性或其在细胞膜上的动态重构过程,均不属于本书的讨论范畴。 2. 效应蛋白(Effectors)与宿主信号通路的精确干扰:例如,沙门氏菌或志贺氏菌的效应蛋白如何通过磷酸化或泛素化直接靶向宿主细胞内特定激酶或转录因子,从而重塑细胞骨架或阻断凋亡的详细生化路径分析,本书未予详述。 3. 宿主免疫识别机制的深入解析:关于Toll样受体(TLRs)、NOD样受体(NLRs)如何识别细菌特征分子(PAMPs),以及细菌如何通过修饰其脂多糖(LPS)或鞭毛蛋白来逃避这些识别的分子细节,本书仅作背景提及,不展开。 总结 《Advanced Bacterial Genetics》是一本致力于构建坚实理论框架的教科书。它成功地梳理了基因组、转录、翻译、重组修复及经典调控网络的原理。然而,读者应当注意,本书的内容边界清晰地划定了其不涉及宏大的环境组学分析、高精尖的结构生物学解析、前沿的系统工程方法,以及深入的宿主-病原体免疫生化交锋。这些专业领域需要读者在掌握本书内容后,再进一步深入探索特定分支的进阶文献或专业教材。

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