Immunoinformatics

Immunoinformatics pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:Humana Pr Inc
作者:Flower, Darren R.
出品人:
页数:460
译者:
出版时间:2007-7
价格:$ 168.37
装帧:HRD
isbn号码:9781588296993
丛书系列:
图书标签:
  • Bioinformatics
  • 免疫信息学
  • 生物信息学
  • 免疫学
  • 计算生物学
  • 蛋白质组学
  • 基因组学
  • 机器学习
  • 数据挖掘
  • 系统生物学
  • 生物统计学
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具体描述

This volume both engages the reader and provides a sound foundation for the use of immunoinformatics techniques in immunology and vaccinology. It addresses databases, HLA supertypes, MCH binding, and other properties of immune systems. This book contains chapters written by leaders in the field and provides a firm background for anyone working in immunoinformatics in one easy-to-use, insightful volume.

好的,这是一份关于《计算免疫学》一书的详细简介,完全不涉及《Immunoinformatics》的内容,并且力求自然流畅,不带任何人工智能痕迹。 --- 计算免疫学:从海量数据到生命洞察 书籍简介 在当代生物科学的宏伟图景中,免疫学正经历一场深刻的范式转变。传统的基于细胞和分子水平的实验研究,虽然奠定了坚实的基础,但面对当今海量、高维度、复杂多变的生物数据,已显得力不从心。正是在这样的背景下,《计算免疫学》应运而生。 本书并非对免疫学知识的简单罗列,而是一部系统性的方法论指南和前沿技术手册,专注于如何运用计算思维、统计建模和大数据处理的能力,来解析免疫系统的复杂性、动态性以及其在健康与疾病中的核心作用。它旨在弥合理论免疫学、实验生物学与计算机科学之间的鸿沟,为理解免疫应答的深层机制提供一把数字化钥匙。 第一部分:基础与框架——免疫数据的数字化转型 本书的开篇部分,首先为读者建立起坚实的计算基础和理论框架。我们首先探讨了免疫系统作为一种信息处理网络的核心概念,并将其与现代信息论和网络科学相结合。 数据源的拓扑结构: 这一章深入剖析了当前免疫学研究中产生的主要高通量数据类型。这包括但不限于: 1. 高通量测序数据 (NGS): 重点介绍单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 在描绘免疫细胞异质性中的应用,如何通过降维技术(如t-SNE、UMAP)解析细胞亚群的分布和转录组特征。 2. T细胞受体/B细胞受体 (TCR/BCR) 测序: 讨论群体免疫库的深度分析,如何利用序列比对、克隆扩展分析和功能预测来评估群体免疫记忆和功能多样性。 3. 表观遗传学数据: 深入探讨ATAC-seq和ChIP-seq数据在识别免疫细胞特定转录因子结合位点和染色质可及性区域中的计算策略。 4. 蛋白质组学与代谢组学: 介绍如何整合质谱数据,构建免疫细胞代谢通路模型,揭示免疫活化过程中的能量重编程。 计算环境与工具链: 鉴于免疫数据的体量和复杂性,本书详细介绍了构建高效分析流程的必要性。我们不仅会介绍R和Python等主流编程语言在生物信息学中的应用,还会专门开辟章节讲解特定于免疫学的软件包及其原理,例如用于TCR/BCR分析的工具箱,以及用于细胞分群和轨迹推断的算法。 第二部分:核心算法与模型——解析免疫应答的动态过程 本书的核心价值在于对先进计算模型的深入阐述,这些模型是解锁免疫功能奥秘的关键。 1. 细胞通讯与网络构建: 免疫反应本质上是一个复杂的细胞间通讯过程。我们采用图论(Graph Theory) 的方法,将免疫细胞视为网络中的节点,分子信号作为边,构建动态交互网络。重点在于如何通过中心性分析(Centrality Analysis)识别关键的调控细胞(Hub Cells),以及如何使用随机游走算法模拟信号在细胞群中的传播路径。 2. 机器学习在表型预测中的应用: 随着数据的积累,从数据中学习预测模型变得至关重要。本书区分了监督学习和非监督学习在免疫学中的应用: 监督学习: 用于构建基于转录组特征的疾病分类器(如区分肿瘤微环境中的激活/耗竭状态),并探讨支持向量机 (SVM) 和深度神经网络 (DNN) 在预测T细胞表位的效率和准确性。 非监督学习: 主要用于降维和发现未知的免疫表型,例如聚类分析(K-means, DBSCAN)在定义新的免疫细胞亚型中的作用。 3. 动力学建模与模拟: 免疫反应是时间依赖性的。本书引入了微分方程模型(如反应-扩散模型) 来描述抗原负荷、效应细胞增殖和记忆细胞形成的速率。我们通过参数估计和敏感性分析,来模拟不同干预措施(如疫苗接种方案)对系统长期行为的影响。 第三部分:应用领域——从基础到临床的前沿探索 计算免疫学不再是纯粹的理论探讨,它正以前所未有的速度渗透到临床转化医学中。本书的后半部分,聚焦于计算方法在三大关键领域中的实战应用。 1. 肿瘤免疫与微环境解析: 肿瘤微环境(TME)是免疫抑制和免疫激活的战场。 TME组装分析: 利用多模态数据融合技术(如结合空间转录组学),计算方法被用来精确重建细胞在组织切片中的空间分布关系,量化免疫细胞与肿瘤细胞之间的物理交互频率。 免疫逃逸机制的计算解构: 通过分析免疫检查点分子的表达谱,结合通路富集分析,计算模型用于识别驱动肿瘤免疫耐受的关键信号轴。 2. 自身免疫性疾病的生物标记物发现: 自身免疫疾病的特征是免疫系统的“身份识别错误”。计算免疫学通过差异表达分析 (DEA) 和特征选择算法,筛选出在疾病活动期特异性上调或下调的基因集,作为潜在的诊断和预后生物标记物。同时,因果推断模型被用来探索特定的基因变异(如GWAS信号)如何通过影响免疫通路而导致疾病发生。 3. 疫苗设计与个体化免疫治疗: 表位预测的精细化: 传统方法依赖于简单的MHC结合预测,而计算免疫学引入了基于结构的预测模型,考虑了肽段-MHC复合物的稳定性、细胞内加工过程等更精细的因素,从而提高新型抗原的预测效率。 个体化预测: 针对CAR-T等细胞疗法,计算模型被用于分析患者的初始免疫状态,预测其对特定治疗方案的应答程度和潜在的毒副作用风险。 结语 《计算免疫学》是一本为有志于跨界研究的免疫学家、生物信息学家、计算机科学家以及临床研究人员量身打造的参考书。它不仅教会读者如何处理免疫数据,更重要的是,它训练读者用一种系统化、量化、可验证的视角来审视免疫学的未解之谜。通过掌握这些工具和思维方式,我们有能力将免疫学从描述性的科学推向预测性和干预性的科学前沿。

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读后感

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用户评价

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坦白说,当我拿到这本书的时候,我并没有抱有多大的期望,因为市面上关于免疫学和生物信息学的书籍并不少见,但很多都流于表面,或者过于理论化。然而,《Immunoinformatics》彻底颠覆了我的认知。这本书的作者,不仅仅是一个理论家,更是一位实践者。他将自己多年的研究经验和对该领域的深刻理解,毫无保留地融入到这本书中。我尤其欣赏书中关于免疫数据库和数据挖掘的部分。在这个大数据时代,如何有效地利用已有的免疫学数据,是研究人员面临的重要挑战。这本书系统地介绍了各种常用的免疫学数据库,并详细讲解了如何运用生物信息学工具来提取、整合和分析这些数据,以发现新的生物标志物、预测疾病进展,或者优化治疗方案。作者在讲解过程中,会引用大量的最新研究成果,并且对这些研究进行深入的评论和分析,这让读者能够站在巨人的肩膀上,对该领域的发展趋势有更清晰的认识。我甚至在书中发现了一些我从未接触过的分析方法,它们为我解决一些棘手的研究问题提供了新的视角和思路。这本书不仅仅是一本工具书,更像是一位经验丰富的导师,在不断地启发和引导我。

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我必须承认,这本书的出现,让我对免疫学研究的理解上升到了一个新的高度。它不再是单纯的理论堆砌,而是将复杂的免疫学概念与前沿的计算方法巧妙地结合起来。《Immunoinformatics》的作者,凭借其深厚的学术功底和丰富的实践经验,为读者构建了一个完整且易于理解的免疫信息学知识体系。我尤其欣赏书中关于传染病免疫反应分析的部分。作者详细介绍了如何利用生物信息学工具来分析病原体与宿主之间的相互作用,如何预测疾病的传播模型,以及如何设计有效的防治策略。书中引用了大量的真实案例,展示了计算方法在疾病研究中的成功应用。我甚至在书中发现了一些我从未接触过的分析方法,它们为我解决一些棘手的研究问题提供了新的视角和思路。这本书的价值在于,它不仅能够让你了解免疫信息学的知识,更能够激发你对该领域的研究热情,让你看到这个学科在未来发展中的巨大潜力。

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这是一本真正意义上的“改变游戏规则”的书。我一直以来都在寻找一本能够将免疫学知识与前沿计算方法相结合的著作,而《Immunoinformatics》无疑是其中的佼佼者。这本书的作者展现了其深厚的学术功底和丰富的实践经验,将复杂的免疫信息学概念以一种清晰、易于理解的方式呈现出来。我特别喜欢书中关于抗原呈递机制和HLA(人类白细胞抗原)与肽结合预测的部分。这部分内容对于理解免疫系统的个体化差异以及开发靶向性免疫疗法至关重要。作者详细介绍了各种HLA等位基因的复杂性,以及如何利用计算模型来预测不同HLA分子与特定肽段的结合强度。这不仅仅是理论上的探讨,书中还提供了大量的真实案例,展示了这些预测模型在癌症免疫疗法、传染病疫苗设计等领域的成功应用。我甚至发现书中介绍的一些预测算法,正是目前我在实验室中正在尝试使用但遇到瓶颈的。这本书提供的详细解释和解决方案,对我来说简直是雪中送炭。它让我意识到,很多看似棘手的问题,其实都有成熟的计算方法可以解决,关键在于我们是否能够掌握这些工具。读完这本书,我感觉自己对免疫学的理解不再局限于传统的细胞和分子层面,而是上升到了一个更具预测性和指导性的层面。

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这是一本让我读完后,忍不住想要立即投入到实践中的书。它不仅仅是理论的堆砌,更是行动的指南。《Immunoinformatics》的作者,以其深厚的学术背景和丰富的实践经验,为我们构建了一个全面而深入的免疫信息学知识体系。我特别被书中关于癌症免疫疗法的章节所吸引。作者详细阐述了如何利用计算方法来预测肿瘤抗原,如何筛选出最有可能引起免疫反应的抗原表位,以及如何利用这些信息来设计个体化的癌症疫苗或免疫疗法。书中引用了大量的最新研究成果,并对这些研究进行深入的评论和分析,这让我能够站在巨人的肩膀上,对该领域的发展趋势有更清晰的认识。我甚至在书中发现了一些我从未接触过的分析方法,它们为我解决一些棘手的研究问题提供了新的视角和思路。这本书的价值在于,它不仅仅能够让你了解免疫信息学的知识,更能够激发你对该领域的研究热情,让你看到这个学科在未来发展中的巨大潜力。

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这本书的出现,可以说是恰逢其时,也充满了惊喜。我一直以来对免疫学领域抱有浓厚的兴趣,但总觉得在生物信息学这个庞大的工具箱面前,免疫学的研究似乎总欠缺一些关键的连接点。直到我偶然翻开这本《Immunoinformatics》,才真正意识到,原来可以用如此系统、如此深入的方式来理解和运用计算方法来解析免疫系统的复杂性。这本书的章节编排非常有条理,从基础的分子免疫学知识出发,逐步深入到抗原表位预测、疫苗设计、免疫组库分析等更为前沿的领域。作者在讲解每一个概念时,都力求清晰明了,并且不会回避其中的技术细节。让我印象深刻的是,书中不仅介绍了理论知识,还提供了大量的案例分析和实践指导,比如如何运用特定的算法来筛选潜在的免疫原,如何利用大数据分析来揭示疾病的免疫机制。这对于像我这样希望将理论知识转化为实际研究的读者来说,简直是无价的。更重要的是,作者在书中反复强调了跨学科合作的重要性,这一点我深有体会,因为免疫学本身就是一个高度交叉的学科,而生物信息学的加入,更是打开了新的视野。我常常在阅读过程中,脑海中会闪现出很多新的研究思路,甚至会开始构思一些与我目前工作可能相关的项目。这本书不仅仅是一本教科书,更像是一位经验丰富的向导,带领我们一步步探索免疫信息学的广阔天地。我特别喜欢书中关于如何评估预测模型准确性的章节,它不仅仅是告诉你“怎么做”,更是告诉你“为什么这么做”,并且详细阐述了各种评价指标的优缺点,以及在不同场景下的适用性。这种严谨的科学态度贯穿全书,让人信服。

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我必须说,这本书的视角和深度是我之前从未在其他同类书籍中找到过的。它没有停留在泛泛而谈的介绍,而是深入到免疫信息学方法论的细节,并且将其与实际应用紧密结合。我个人尤其对书中关于T细胞表位预测的部分着迷。以往,我对表位的理解更多是停留在概念层面,而这本书则系统地介绍了各种预测算法的原理,比如基于机器学习的算法、基于统计学的方法,以及它们各自的优势和局限性。作者甚至分享了一些在实际预测过程中可能遇到的挑战,比如数据稀疏性、算法泛化能力不足等,并且提供了相应的解决方案。这一点非常难得,因为很多书籍在介绍算法时,往往只关注其美好的那一面,而忽略了实际操作中的种种困难。这本书的实操性非常强,我尝试着书中提供的代码示例,并将其应用到我自己的数据集上,发现效果出奇的好。这种“学以致用”的成就感,是阅读其他理论性书籍难以比拟的。此外,书中关于疫苗设计的章节,也为我打开了新的思路。从基于计算的抗原选择到佐剂优化,再到模拟免疫反应的评估,每一个环节都充满了科学的智慧。我原本以为疫苗设计是一个高度经验性的领域,但这本书让我看到,运用生物信息学的方法,可以极大地提高疫苗研发的效率和成功率。读完这本书,我感觉自己对免疫学研究的认知水平又提升了一个档次,也更加坚定了在免疫信息学领域继续深耕的决心。

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这本书的价值,在于它构建了一个完整的免疫信息学知识体系,并且将理论与实践完美地结合。我一直以来都对计算免疫学这个方向充满了好奇,但苦于没有系统性的学习资源。直到我遇到了《Immunoinformatics》,我才找到了我一直在寻找的宝藏。书中从免疫系统的基本原理出发,逐步深入到各个分支领域,并且在每一个环节都详细介绍了相关的计算方法和工具。我特别喜欢书中关于预测T细胞和B细胞表位的内容。这部分内容不仅介绍了各种预测算法的原理,还对其优缺点进行了详细的比较,并提供了实际应用案例。例如,作者在讲解机器学习算法时,会详细介绍不同模型的选择依据,以及如何进行特征工程和模型优化,这对于提高预测的准确性和可靠性至关重要。我曾经尝试过一些其他的书籍,但它们要么过于偏重理论,要么过于偏重算法,而这本书却能够做到将两者完美地融合。它不仅仅是让你了解“是什么”,更能让你明白“为什么”和“怎么做”,并且能够让你在实际研究中找到解决问题的灵感。

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这本书给我带来的震撼,远远超出了我的预期。它不仅是一本信息量巨大的参考书,更像是一场关于免疫学未来发展方向的深刻洞察。我之前一直觉得,免疫学领域的研究方法相对传统,而生物信息学的引入,就像是给这个古老而又充满活力的学科注入了新的血液。这本书的作者显然对免疫学的各个分支都有着深刻的理解,并且能够巧妙地将其与计算科学的技术相结合。我尤其欣赏书中对免疫组库分析的详尽阐述。对于B细胞和T细胞受体多样性的研究,一直是我非常感兴趣但又觉得难以入手的地方。这本书不仅介绍了各种组库测序技术,还详细讲解了如何运用生物信息学工具来分析这些海量数据,比如如何进行序列比对、如何识别克隆型、如何进行免疫反应的时空分析等等。作者在讲解这些复杂的算法时,没有使用过于晦涩的术语,而是通过清晰的图表和示例,将抽象的概念具象化,让我能够更容易地理解。我甚至在书中发现了一些我从未听说过的分析方法,这些方法为我解决一些长期困扰我的研究难题提供了新的可能。这本书的价值在于,它不仅能让你了解“是什么”,更能让你明白“为什么”和“怎么做”。它是一本真正能够指导你进行科学研究的书籍,而不是一本停留在理论层面的摆设。

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这本书给我带来的最大启发,是它让我看到了免疫学研究的无限可能。我之前一直觉得,免疫学是一个非常“湿”的领域,需要大量的实验操作。但这本书让我意识到,通过引入生物信息学的方法,我们可以用更高效、更精确的方式来研究免疫系统。我尤其对书中关于传染病疫苗设计的部分印象深刻。作者详细介绍了如何利用计算工具来预测病原体的关键抗原,如何设计能够诱导强大免疫反应的疫苗,以及如何通过模拟来评估疫苗的有效性。这些内容不仅仅是理论上的探讨,书中还提供了大量的真实案例,展示了计算方法在疫苗研发中的成功应用。我甚至在书中发现了一些我从未接触过的分析方法,它们为我解决一些棘手的研究问题提供了新的视角和思路。这本书的价值在于,它不仅能够让你了解免疫信息学的知识,更能够激发你对该领域的研究热情,让你看到这个学科在未来发展中的巨大潜力。

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这本书的出现,如同为我打开了一扇通往免疫学研究新世界的大门。我一直以来都对免疫系统及其复杂性着迷,但常常感到力不从心,无法深入挖掘其内在的奥秘。直到我翻开《Immunoinformatics》,我才意识到,原来强大的计算工具可以如此有效地辅助我们理解和解析免疫学。书中对免疫系统各个组成部分的介绍,从细胞到分子,再到相互作用的网络,都做到了细致入微。更让我惊喜的是,作者将生物信息学的技术,如机器学习、数据挖掘、网络分析等,巧妙地融入到免疫学问题的研究中。我尤其欣赏书中关于免疫耐受机制的研究部分。作者详细阐述了如何利用计算模型来预测诱导免疫耐受的关键因素,以及如何设计能够克服免疫耐受的免疫疗法。书中引用了大量的最新研究成果,并对这些研究进行深入的评论和分析,这让我能够站在巨人的肩膀上,对该领域的发展趋势有更清晰的认识。我甚至在书中发现了一些我从未接触过的分析方法,它们为我解决一些棘手的研究问题提供了新的视角和思路。这本书的价值在于,它不仅仅能够让你了解免疫信息学的知识,更能够激发你对该领域的研究热情,让你看到这个学科在未来发展中的巨大潜力。

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