Nucleic Acid and Peptide Aptamers

Nucleic Acid and Peptide Aptamers pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:
作者:Mayer
出品人:
页数:408
译者:
出版时间:
价格:$ 157.07
装帧:
isbn号码:9781934115893
丛书系列:
图书标签:
  • 核酸适配体
  • 多肽适配体
  • 适配体
  • 生物传感器
  • 药物发现
  • 分子识别
  • 生物技术
  • 化学生物学
  • 诊断
  • 生物医学
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具体描述

After the deciphering of the human genome and the genomes of many other organisms, the investigation of the function of gene products and their orchestral interplay is now one of the most important challenges in the life sciences. In "Nucleic Acid and Peptide Aptamers: Methods and Protocols," expert researchers contribute state-of-the-art methods focused on these two vital molecule types which are so often employed for in vitro selection procedures. Divided conveniently into two distinct parts beginning with nucleic acid aptamers and ending with peptide aptamers, the volume provides methodologies for the isolation, characterization, and application of both types. Written in the highly successful Methods in Molecular Biologya" series format, all chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible laboratory protocols, and Notes sections, which highlight tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls. Cutting-edge and easy to use, "Nucleic Acid and Peptide Aptamers: Methods and Protocols" will provide researchers with an inspiring and helpful guide to the application of these compounds to their own distinct research issues.

《生物大分子相互作用的动力学与调控机制》 内容提要 本书深入探讨了生物体内各种关键大分子(如蛋白质、脂质、核糖核酸等)之间相互作用的分子基础、动力学过程及其在细胞信号传导、代谢调控和疾病发生发展中的核心作用。全书结构严谨,内容涵盖了从基础的物理化学原理到复杂的多尺度生物物理模型,旨在为生命科学、生物化学、生物物理学以及药物研发领域的研究人员和高级学生提供一个全面、前沿的知识框架。 第一部分:分子识别的物理化学基础 第一章:非共价键合的能垒与熵驱动力 本章系统回顾了构成生物分子识别(如蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子)的主要非共价相互作用力,包括范德华力、静电相互作用、氢键和疏水效应。重点分析了这些力在水溶液环境中如何共同决定结合亲和力($K_d$ 和 $Delta G$)。我们详细阐述了结合过程中熵变(构象变化、溶剂重排)与焓变(成键能量)之间的权衡,并引入了热力学敏感性分析工具,用于区分驱动结合的主要力量。特别关注了分子表面电荷分布和局部介电常数对长程静电相互作用强弱的影响。 第二章:分子对接与结合位点的结构特征 本章聚焦于识别界面的结构生物学。通过对大量已解析的复合物结构数据进行统计分析,归纳了高亲和力结合位点的几何特征,如口袋深度、形状互补性(形状匹配度)和化学等排性。详细介绍了如何利用计算化学方法(如分子动力学模拟的能量最小化和自由能微扰理论)来预测和优化界面残基的贡献。此外,探讨了界面水分子在介导或阻断相互作用中的双重角色,强调了“结构水”的稳定性分析在理解结合特异性中的关键地位。 第二部分:动力学过程的精细解析 第三章:结合与解离的反应速率常数 本章从动力学角度审视分子识别。讨论了与结合速率常数 ($k_{on}$) 和解离速率常数 ($k_{off}$) 相关的过渡态理论。详细解释了如何通过飞秒/皮秒级别的分子动力学模拟来捕捉结合路径中的能量鞍点,从而解释为什么某些高亲和力的分子对(低 $K_d$)具有极慢的解离速率(高 $K_d$ 值的分子,其 $k_{on}$ 速率可能受到扩散限制或构象筛选的限制)。我们提供了利用表面等离子共振(SPR)和生物层干涉测量(BLI)数据进行动力学参数拟合的实用方法,并讨论了时间分辨光谱技术在监测超快结合事件中的应用潜力。 第四章:构象异构体与诱导契合模型 分子识别很少是静态的。本章深入探讨了结合前(Pre-binding)、结合中和结合后的构象变化。我们比较了“钥匙与锁”(刚性匹配)和“诱导契合”(动态适应)模型在不同生物系统中的适用性。通过分析变构效应和蛋白质的柔性区域(如环区和铰链区)在结合事件中的作用,阐明了构象选择机制。引入了基于多态性(Ensemble)的理论框架,用于解释低复杂度序列(IDPs)如何通过“摇摆”机制实现对多个配体的广谱识别。 第三部分:调控机制与系统生物学 第五章:修饰对相互作用的影响 本章专注于后翻译修饰(PTMs)如何作为“开关”精确调控分子相互作用。详述了磷酸化、泛素化、甲基化和糖基化如何通过改变局部电荷、空间位阻或诱导构象重排来影响蛋白质间的亲和力或亚细胞定位。通过特定的案例研究,如激酶级联反应中的信号放大,展示了PTMs在构建复杂调控网络中的中心地位。本章也涵盖了糖链修饰(糖萼)在细胞表面识别中的重要性。 第六章:多价结合与聚集现象 在细胞环境中,许多相互作用是多价的,涉及多个结合位点的同时参与。本章阐述了多价性如何通过“滴定效应”和“结合钳制”机制,极大地提高有效亲和力(Avidity)。我们探讨了分子聚集、纤维化和沉积等宏观现象的微观动力学基础,特别是在理解病毒入侵、细胞黏附和神经退行性疾病(如淀粉样蛋白形成)中的作用。引入了临界浓度模型和聚合物物理学原理来描述链增长和网络形成。 第七章:相互作用网络的拓扑分析 本章将分子间的点对点相互作用提升至系统层面。利用图论理论分析蛋白质相互作用组(PPI)的拓扑结构,识别核心模块、枢纽蛋白和边界蛋白。讨论了如何利用大规模筛选数据(如酵母双杂交、蛋白质质谱)来构建和可视化复杂的相互作用网络。重点分析了网络拓扑结构如何决定系统的鲁棒性、脆弱性和信息流动的效率,为理解疾病状态下的网络重组提供了理论工具。 结论:面向应用的展望 本书最后总结了理解分子相互作用动力学的必要性,并展望了该领域在药物发现中的应用前景。重点讨论了如何利用高通量筛选技术结合计算模拟,设计具有高特异性、可逆性(或时间可控性)的新型生物分子探针和治疗剂,以期更精准地干预疾病相关的分子通路。 本书面向对分子生物学、生物物理学有浓厚兴趣的科研人员、博士后、研究生以及从事生物技术和生物制药领域的工作者。全书配有大量图表和结构模型示意图,以增强对复杂概念的理解。

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