本書共分為十六章，分屬於三大部分，第一部分為基礎知識，包括概述、微陣列基因芯片製備和檢測技術以及統計學基礎；第二部分內容是數據處理方法，包括實驗設計、圖像的獲得和數據的前處理、數據的預處理和歸一化、差異錶達基因分析、芯片數據的可靠性分析、聚類分析和可視化以及微陣列實驗中的分類方法；第三部分主要是與數據挖掘和應用相關的內容，包括微陣列技術的標準化、基因芯片數據的基因注釋和功能分析、係統生物學及基因調控網絡、基因芯片技術的應用——從基因篩選到臨床診斷、主要數據分析軟件的介紹和展望。
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