《工程免疫计算》通过分析人工免疫系统所要解决的各种工程实际问题的共性特点和聚类特征，提炼形成了工程免疫计算的概念，系统阐述了工程免疫计算的有关原理及其应用。《工程免疫计算》内容共分为8章。第1章是作为《工程免疫计算》导引的绪论，第2 章则是对人工免疫系统的概述性说明。由第3～5章组成的原理篇围绕所提出的工程免疫计算研究框架展开，包括工程免疫计算总论、工程免疫计算的基本原理与求解算法、工程免疫计算的技术实现等3章内容，乃是《工程免疫计算》的主体部分。第6～8章分别讨论了基于工程免疫计算的机构轨迹综合、智能优化和产品功能规划等问题，构成了《工程免疫计算》应用篇。上述3章介绍的应用成果分别对应了识别、优化、学习三类典型工程问题的求解。
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