譯者序前言和緻謝第一章 引言 1.1 技術介紹 1.2 發展概況 1.3 簡要概述 參考文獻第二章 實驗設計基礎 2.1 生物芯片基因錶達測量中的變異來源 2.2 對照和重復 2.3 實驗設計 2.4 小結 參考文獻第三章 生物芯片的設計和製備 3.1 探針的選擇 3.2 cDNA和擴增産物探針 3.3 寡核苷酸探針 3.4 生物芯片的製備 3.5 小結 參考文獻第四章 樣本收集和標記 4.1 樣本收集和RNA提取 4.2 RNA的質量評價 4.3 cDNA的閤成 4.4 標記方法 4.5 信號放大 4.6 RNA擴增 4.7 擴增方法的比較 4.8 熒光標記樣本的質量控製 4.9 小結 參考文獻第五章 雜交和掃描 5.1 雜交 5.2 數據獲取 5.3 信號點定位 5.4 方法比較 5.5 數據提取 5.6 質量控製基本要求 5.7 小結 參考文獻第六章 數據預處理 6.1 預處理基本原理 6.2 係統誤差的來源 6.3 背景校正 6.4 數據過濾、標記和加權 6.5 缺失值的處理 6.6 數據轉換 6.7 空間效應的處理 6.8 Print-Tip Group Loess歸一化 6.9 二維(2D)Loess 6.10 復閤Loess歸一化 6.11 加權Loess歸一化 6.12 使用重復探針增強歸一化效果 6.13 “片間”歸一化 6.14 關於質控的其他注意事項 6.15 生物芯片質量控製協會(MAQC) 6.16 外源RNA對照協會(ERCC) 6.17 EMERALD協會 6.18 Affymetrix GeneChip數據的預處理 6.19 探針校正和整閤 6.20 背景校正 6.21 歸一化 6.22 小結 參考文獻第七章 差異錶達 7.1 引言 7.2 統計學推斷 7.3 參數統計 7.4 生物芯片數據的綫性模型(LIMMA) 7.5 非參數統計 7.6 基因-類彆檢驗 7.7 小結 參考文獻第八章 聚類和分類 8.1 引言 8.2 相似性度量 8.3 無監督分析方法：聚類和分區 8.4 評價聚類質量 8.5 維數減少 8.6 有監督的方法 8.7 模型質量評價 8.8 小結 參考文獻第九章 生物芯片數據的存儲和數據倉 9.1 引言 9.2 ArrayExpress數據庫 9.3 Gene Expression Omnibus(GEO) 9.4 其他數據存儲和數據倉 9.5 小結 參考文獻第十章 基因組芯片分析 10.1 基因組芯片 10.2 外顯子芯片 10.3 疊瓦芯片 10.4 擴增子及BAC芯片 10.5 寡核苷酸疊瓦芯片 10.6 疊瓦芯片的應用 10.7 疊瓦芯片的分析 10.8 小結 參考文獻第十一章 生物芯片技術在醫學中的應用 11.1 引言 11.2 病原體研究：瘧疾 11.3 人類疾病錶達譜研究 11.4 比較基因組雜交芯片 11.5 SNPS和基因分型 11.6 小結 參考文獻第十二章 其他種類的生物芯片技術 12.1 蛋白質結閤芯片 12.2 細胞和組織芯片 12.3 蛋白質芯片 12.4 小結 參考文獻第十三章 生物芯片的未來與展望 13.1 生物芯片技術 13.2 標記和檢測技術 13.3 成像技術 13.4 分析技術 參考文獻索引
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