具体描述
This textbook covers a course of computer simulation of proteins for science major students， It consists of two knowledge blocks： Molecular Dynamics （MD）and Full Electron Structure Calculation of Proteins. We shall also discuss two main subjects: Knock-off Proteins and Protein-Lig and Interactions. However we shall not discuss the folding dynamics of proteins. These are discussed in "Cluster-Linux-Parallel Calculation System".
The Full Electron Structure Calculation of Proteins is one of the new features of this textbook.
We assume the readers have the basic knowledge of computer languages， proteins and physics. Still， information on Unix， TCL and Phthon are included briefly in this textbook as a refreshing exercise.
The keystone of this textbook is to elaborate the computer simulation of proteins. Therefore， merely reading this textbook is not enough. The students must practice all the problem examples on computers while studying. Otherwise， the students will not understand the topics discussed in this textbook.
作者简介
周麟祥，物理学教授。1939年12月生，原籍浙江嘉兴。1960年毕业于厦门大学物理系。
1993-1997年任美国林肯大学客座教授。曾在厦门大学任教。目前在复旦大学物理系主要从事蛋白质分子动力学和全电子结构的计算机模拟研究工作。
帅建伟，物理学教授。1968年6月生，原籍四川。1995年毕业于厦门大学物理系。1996-2007年在香港、日本、德国、美国任职。2007年回国前，在美国加州大学Irvine分校工作。现在厦门大学物理系任闽江学者特聘教授，从事生物系统计算机模拟的研究工作。
目录信息
PART Ⅰ PRIOR KNOWLEDGE
Chapter 1 EDITING AND MANAGING FILE
1.1 LOGIN AND LOGOUT
1.1.1 Login and Logout
1.1.2 File andCommand
1.1.3 Set Up
1.2 EDITOR vi
1.2.1 Login and Logout
1.2.2 Two Statuses
1.2.3 Command
1.3 MANAGING FILE
1.3.1 Login/Logout
1.3.2 Create/Delete
1.3.3 List/Read
1.3.4 Editing File
1.3.5 Grep/Find
1.3.6 Check
1.3.7 Encode
1.3.8 Crypt
1.3.9 Tar
1.3.10 Compress
1.3.11 Symbols
1.3.12 Echo
1.3.13 Awk‘{...}'（Aho, Weinberger and Kernighan）
1.3.14 Print
1.3.15 Calculator bc
1.3.16 Format Converting
Chapter 2 ENVIRONMENT
2.1 KERNEL AND SHELL
2.1.1 Three Layers: User-shell-kernel
2.1.2 Four Kinds of Shells
2.1.3 Shell Tree and Top-level Directories
2.2 FILEPERMISSION
2.2.1 Permission
2.2.2 Change Mode
2.2.3 Default Perrrussion in the cshrc File
2.3 CUSTOMIZING ENVIRONMENT
2.3.1 User's Environment Files
2.3.2 How to Edit Environment Files
2.3.3 Set Up in .cshrc File
2.4 INTERNET IN UNIX SYSTEM
2.4.1 Internet Program in Unix
2.4.2 Email
2.4.3 FTP
2.4.4 Telnet
2.5 MANAGING SYSTEM
2.6 CUSTOMIZING NET SERVER
2.6.1 Three Commands
2.6.2 SevenFiles
Chapter 3 SHELL SCRIPT
3.1 WHATISSCRIPT
3.2 SHELL SCRIPT LANGUAGE
3.2.1 Shell Variable
3.2.2 Operator
3.2.3 Control
3.2.4 Function
3.2.5 110
3.2.6 Access to Database or Another Shell Script
Chapter 4 COMPILING,DEBUG AND RUNNING
4.1 COMPILING A SIMPLE SOURCE CODE
4.1.1 Compiling Process
4.1.2 Compiling Command and Its Options
4.2 MAKEFILE AND COMMAND:MAKE
4.2.1 The Static Library and Dynamic Library
……
PART Ⅱ PROTEIN MOLECULAR DYNAMICS
PART Ⅲ FULL ELECTRON STRUCTURE CALCULATION OF PROTEIN
Answer for Some Programs
INDEX
REFERENCES
· · · · · · (收起)
读后感
评分
评分
评分
评分
用户评价
我必须说，这本书的结构设计简直是教科书级别的范例，尤其是在处理多时间线叙事方面，展现了作者对叙事逻辑的强大掌控力。它并非简单地将时间并置，而是通过精妙的场景转换和象征性的物品串联，让过去、现在与未来在读者的脑海中形成一个立体的交叉网格。这种处理方式极大地增强了故事的悬念和张力，读者总是在期待着“下一个片段”会如何解释或颠覆前一个片段所建立的认知。此外，作者对于环境氛围的营造也极为出色，书中描绘的那个特定历史时期的社会风貌、阶级差异以及弥漫在空气中的那种特有的压抑感或狂欢感，都塑造得无比真实可信，仿佛读者真的身临其境。阅读过程中，我不断地被作者的叙事技巧所折服，那种欲扬先抑、峰回路转的布局，让人欲罢不能。它成功地将一个宏大的社会图景，浓缩在了几位核心人物的命运轨迹之中，展示了时代的巨轮是如何无情地碾压和重塑个体的生命的。全书的叙事声调保持了一种冷静而克制的距离感，反而使得那些爆发性的情感瞬间更具震撼力。
评分这部作品的语言风格是极其罕见的，它似乎在刻意模仿一种古老的、几乎失传的叙事腔调，但又巧妙地融入了现代的俚语和观察视角，形成了一种既古典又前卫的奇特美感。作者在词汇的选择上表现出了惊人的精准性和广博性，很多描述性的词语，我甚至需要停下来查阅字典，才能完全体会到它在特定语境下所蕴含的微妙色彩。这种对语言的极致打磨，使得整本书的“质感”非常厚重，捧在手中阅读时，都能感受到文字本身的重量。此外，作者非常擅长运用“留白”，他不会把所有的细节都一一告知读者，而是留出大量的想象空间，让读者自己去填补那些未言明的动机和情感。这种与读者的默契配合，使得每一次阅读都带有一种“共同创作”的参与感。总而言之，这本书在语言艺术和修辞手法上的探索是令人振奋的，它证明了文学的边界仍然有待拓展，值得所有热爱文字的读者细细品味。
评分这部作品的文学价值实在令人惊叹，它巧妙地融合了现实主义的细腻笔触与超现实主义的奇幻想象。作者对于人物心理的刻画达到了炉火纯青的地步，那些在时代洪流中挣扎的小人物，他们的每一个微表情、每一次犹豫，都仿佛能被清晰地捕捉并呈现在读者眼前。叙事节奏的处理更是高明，时而如涓涓细流般缓慢渗透，将情感的张力层层积蓄，时而又如山洪暴发般猛烈倾泻，令人措手不及。更值得称道的是其语言的雕琢，那些对自然景物和城市风貌的描摹，充满了诗意的韵味和独特的意象，读起来简直是一种享受。故事的主线虽然错综复杂，但作者总能以一种近乎魔术般的手法，在关键时刻将所有看似无关的线索串联起来，揭示出隐藏在表象之下的深刻主题。它探讨了记忆的不可靠性、身份的构建与消解，以及个体在宏大历史背景下的无力与抗争，这些都使得阅读过程充满了智力上的愉悦和情感上的共鸣。这本书绝对不是那种可以轻松读完就束之高阁的作品，它需要你沉下心来，反复咀嚼其中的深层含义，每一次重读都会带来新的感悟。
评分从纯粹的娱乐性角度来看，这本书也绝对称得上是一流的佳作。它的情节铺陈极为紧凑，几乎没有一处是多余的笔墨。那些精心设置的误会、追逐与反转，其节奏感拿捏得恰到好处，让人肾上腺素飙升。特别是中间部分高潮迭起的几次冲突戏，作者在描绘动作场面时的精准度令人称赞，仿佛能清晰地看到每一个角色的动作轨迹和力量的对抗。但这种紧张感并非廉价的刺激，而是建立在扎实的背景铺垫之上的，使得每一次危机都显得真实且后果深远。书中那些充满异域风情的场景描写，也极大地满足了读者的想象空间，仿佛进行了一场身临其境的冒险之旅。它在保证故事推进速度的同时，并没有牺牲人物弧光的塑造，主要角色在经历这些磨难后，其心性的成熟或转变也显得水到渠成，逻辑自洽。对于追求阅读快感和高质量剧情体验的读者来说，这本书无疑是一个绝佳的选择。
评分这本书最引人注目的地方在于其哲学思辨的深度，它远超出了一个普通故事的范畴，更像是一场关于“存在”的深刻对话。作者似乎对人类心智的边界、道德的相对性以及自由意志的局限性有着独到的见解，并将这些宏大的命题巧妙地融入到了日常生活的琐碎细节之中。书中那些看似漫不经心的对话，实则暗藏玄机，每一个隐喻、每一个象征符号都值得反复推敲。例如，书中反复出现的那种关于“镜子”与“倒影”的意象，就引发了我对自我认知和外界投射之间关系的长时间思考。我特别欣赏作者处理复杂道德困境时的那种毫不回避的态度，他没有给出简单的答案，而是将选择的重担完全交给了读者，迫使我们去审视自己内心深处的价值体系。这种挑战读者的创作态度，使得这本书拥有了极强的“生命力”，它不是被动地被阅读，而是在读者心中持续地被“激活”和“辩论”。阅读完毕后，那种意犹未尽的思索感，是许多畅销小说难以给予的。
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